疑問一：孫被黃村派出所拘押後，孫的親友即前來「保釋」，但黃村派出所的答覆是，這個人不可以，很明顯，黃村派出所是要「教訓」一下孫志剛。
疑問二：但後來，奇怪發生了，對這樣一個需要「教訓」的傢伙，黃村派出所居然「仁慈」了，孫因稱病即被送救治所救治，這是常人無法理解的；即便可以理解，孫當時處於怎樣狀態？
疑問三：法醫屍體解剖報告表明，孫「背部可見多處條形下出血」，條形大小分別為16×0.3cm、12×0.3cm、87×0.3cm、75×0.3cm，而從公訴書披露案情，206室內八人對孫的毆打是拳打腳踢，不可能導致這種傷痕；孫還有多處疑為燒燙的「黑印」，這也一樣不可能由206室內八人所為。救治站護工呂二鵬也只是用「塑膠警棍向其胸腹部連捅數下」，不是背部。
疑問四：《起訴書》說，「經法醫鑑定，被害人孫志剛因背部遭受鈍性暴力反覆打擊，造成背部大面積軟組織損傷致創傷性休剋死亡」，表明，《起訴書》是認可孫案的唯一一次法醫鑑定的，那麼何不對上述傷痕加以調查？
在孫案中，存在的疑問其實遠不止這些，但是這些疑問大部分都涉及到政府部門的痛處，政府對此一直是採取迴避的態度，從孫案進行專案調查開始，政府已經是有預謀的在想辦法找替罪羊糊弄過這件事情，政府並不想將這件事情過於深究下去，以免局面不可收拾。
在孫案中，普遍認為至少有兩人的審判是明顯偏輕的，一是原廣州市腦科醫院江村住院部副主任張耀輝，另一個則是原廣州市公安局天河區黃村街派出所民警李耀輝，他們都是被判2─3年有期徒刑。
對於張耀輝，檢察機關對他的指控稱，「該住院部的護工幾乎都是由原來的保安轉的，從沒有進行過任何的相關培訓，且管理混亂。」有檢察官指出，去年以來，該住院部已經發生了多起被收容人員被毆打事件，一起護工對被收容人員敲詐勒索事件，但並沒有引起張的重視。甚至孫志剛事件發生後，依然沒有引起張的重視。
據報導稱，黃村街派出所專區中隊長李耀輝在天河區法院受審，他被檢察機關指控在收容孫志剛的過程中犯有玩忽職守罪。李耀輝及其辯護人在庭上進行了無罪辯護。
李的律師稱，李耀輝在本案中的行為完全是按廣州市對收容遣送的有關規定來進行的。律師稱，廣州市政府的一份文件和2002年廣州市公安局和民政局的另一份文件，都能說明廣州市的收容標準與廣東省和國家的不同。同時，律師還認為，事件中只有李一人被指控有失公平，為什麼派出所所長、副所長沒有被指控？」李本人則對控方提交的證言一概否定，認為自己無權決定收容誰，且自己也沒有簽名。他還表示，出事後，有關人員一直告訴他「沒事」。李情緒激動地說：「我充其量是個替罪羊，我要把所知道的一切都說出來。」
李耀輝說他是個「替罪羊」，那些被收容的人員就更可以自稱是「替罪羊」 的「替罪羊」。對於起訴書上指控他們毆打孫志剛的內容，他們大多承認屬實，但又都齊聲喊「冤」，據有關資料，他們喊「冤」的理由有三：孫志剛在被他們打之前已被人打過，及被他們打之後也可能被人打過；他們的毆打只是孫志剛的一個死因而非全部死因；他們在打孫之前都挨過暴打，他們打孫時曾受到脅迫。
被告們稱，救治站裡的護工其實是「保安」，因為他們都穿保安服和帶橡膠棍。裡面的病人都非常怕他們。每間病室在被告們口中都有一個帶「監房」 色彩的名稱「倉」，每個「倉」中都有「倉頭」。「倉頭」由護工指定，可以享受靠窗的鋪位。206室的倉頭是李海鷹和鐘遼國。來這裡的人都要挨打，有的挨護工的打，有的挨先來的病人的打。他們也都挨過打，而且還不止一次。而就在打孫志剛之前，他們還打了另一個病人。
據有關報導，四川南部籍被告張明君稱，他其實是和孫志剛一樣的受害者。他被抓時身上還帶著身份證和所在工廠的廠牌。由於腿傷，他被送到救治站，他只比孫志剛早進來幾小時，已挨過3次打。他被打時的情形也和孫志剛差不多。當他被命令打孫時曾問了一句「為什麼要打他？」結果遭到李海鷹的威脅「你不打就整死你」。被告鐘遼國也稱如果當時他不動手打孫，那麼他自己就會成為第二個孫志剛。「自己不動手就也會被打」，這是8名動手者都提到的辯護理由。
從孫案所有被收容的被告的筆錄上來看，在偵查機關問他們為什麼要打被害人時，所有的人的回答竟然驚人的相似，也就是包括李海嬰在內的被告，毆打被害人孫志剛的理由都極其簡單，那就是「如果我們不打他，護工就要打我們」
已經沸沸揚揚了數月的孫志剛案在社會的輿論下最終有了結果，但有關方面始終在逃避些問題，操縱孫志剛事件的幕後真凶也並沒有得到懲罰，為對目前的結果也是非常失望。有專家認為，刑不上大夫，在孫志剛案中，死者和被告都只是某些人濫用收容制度下的受害者和犧牲品。
(原載《亞洲時報在線》)(文章僅代表作者個人立場和觀點)
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