疑问一：孙被黄村派出所拘押后，孙的亲友即前来“保释”，但黄村派出所的答复是，这个人不可以，很明显，黄村派出所是要“教训”一下孙志刚。
疑问二：但后来，奇怪发生了，对这样一个需要“教训”的家伙，黄村派出所居然“仁慈”了，孙因称病即被送救治所救治，这是常人无法理解的；即便可以理解，孙当时处于怎样状态？
疑问三：法医尸体解剖报告表明，孙“背部可见多处条形下出血”，条形大小分别为16×0.3cm、12×0.3cm、87×0.3cm、75×0.3cm，而从公诉书披露案情，206室内八人对孙的殴打是拳打脚踢，不可能导致这种伤痕；孙还有多处疑为烧烫的“黑印”，这也一样不可能由206室内八人所为。救治站护工吕二鹏也只是用“塑胶警棍向其胸腹部连捅数下”，不是背部。
疑问四：《起诉书》说，“经法医鉴定，被害人孙志刚因背部遭受钝性暴力反复打击，造成背部大面积软组织损伤致创伤性休克死亡”，表明，《起诉书》是认可孙案的唯一一次法医鉴定的，那么何不对上述伤痕加以调查？
在孙案中，存在的疑问其实远不止这些，但是这些疑问大部分都涉及到政府部门的痛处，政府对此一直是采取回避的态度，从孙案进行专案调查开始，政府已经是有预谋的在想办法找替罪羊糊弄过这件事情，政府并不想将这件事情过于深究下去，以免局面不可收拾。
在孙案中，普遍认为至少有两人的审判是明显偏轻的，一是原广州市脑科医院江村住院部副主任张耀辉，另一个则是原广州市公安局天河区黄村街派出所民警李耀辉，他们都是被判2─3年有期徒刑。
对于张耀辉，检察机关对他的指控称，“该住院部的护工几乎都是由原来的保安转的，从没有进行过任何的相关培训，且管理混乱。”有检察官指出，去年以来，该住院部已经发生了多起被收容人员被殴打事件，一起护工对被收容人员敲诈勒索事件，但并没有引起张的重视。甚至孙志刚事件发生后，依然没有引起张的重视。
据报道称，黄村街派出所专区中队长李耀辉在天河区法院受审，他被检察机关指控在收容孙志刚的过程中犯有玩忽职守罪。李耀辉及其辩护人在庭上进行了无罪辩护。
李的律师称，李耀辉在本案中的行为完全是按广州市对收容遣送的有关规定来进行的。律师称，广州市政府的一份文件和2002年广州市公安局和民政局的另一份文件，都能说明广州市的收容标准与广东省和国家的不同。同时，律师还认为，事件中只有李一人被指控有失公平，为什么派出所所长、副所长没有被指控？”李本人则对控方提交的证言一概否定，认为自己无权决定收容谁，且自己也没有签名。他还表示，出事后，有关人员一直告诉他“没事”。李情绪激动地说：“我充其量是个替罪羊，我要把所知道的一切都说出来。”
李耀辉说他是个“替罪羊”，那些被收容的人员就更可以自称是“替罪羊” 的“替罪羊”。对于起诉书上指控他们殴打孙志刚的内容，他们大多承认属实，但又都齐声喊“冤”，据有关资料，他们喊“冤”的理由有三：孙志刚在被他们打之前已被人打过，及被他们打之后也可能被人打过；他们的殴打只是孙志刚的一个死因而非全部死因；他们在打孙之前都挨过暴打，他们打孙时曾受到胁迫。
被告们称，救治站里的护工其实是“保安”，因为他们都穿保安服和带橡胶棍。里面的病人都非常怕他们。每间病室在被告们口中都有一个带“监房” 色彩的名称“仓”，每个“仓”中都有“仓头”。“仓头”由护工指定，可以享受靠窗的铺位。206室的仓头是李海鹰和钟辽国。来这里的人都要挨打，有的挨护工的打，有的挨先来的病人的打。他们也都挨过打，而且还不止一次。而就在打孙志刚之前，他们还打了另一个病人。
据有关报道，四川南部籍被告张明君称，他其实是和孙志刚一样的受害者。他被抓时身上还带着身份证和所在工厂的厂牌。由于腿伤，他被送到救治站，他只比孙志刚早进来几小时，已挨过3次打。他被打时的情形也和孙志刚差不多。当他被命令打孙时曾问了一句“为什么要打他？”结果遭到李海鹰的威胁“你不打就整死你”。被告钟辽国也称如果当时他不动手打孙，那么他自己就会成为第二个孙志刚。“自己不动手就也会被打”，这是8名动手者都提到的辩护理由。
从孙案所有被收容的被告的笔录上来看，在侦查机关问他们为什么要打被害人时，所有的人的回答竟然惊人的相似，也就是包括李海婴在内的被告，殴打被害人孙志刚的理由都极其简单，那就是“如果我们不打他，护工就要打我们”
已经沸沸扬扬了数月的孙志刚案在社会的舆论下最终有了结果，但有关方面始终在逃避些问题，操纵孙志刚事件的幕后真凶也并没有得到惩罚，为对目前的结果也是非常失望。有专家认为，刑不上大夫，在孙志刚案中，死者和被告都只是某些人滥用收容制度下的受害者和牺牲品。
(原载《亚洲时报在线》)(文章仅代表作者个人立场和观点)
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