(一) 取消本地组织从属于已遭中央禁制的内地组织的有关条款；
(二) 为加强保障公众人士，特别是传媒界的利益，在有关非法披露官方机密的条文中，加入以公众利益作为抗辩理由；
(三) 取消警方在没有法庭手令，也可入屋行使紧急调查权力的有关条文。
但在七一大游行前，保安局长叶刘淑仪曾在6月29日表示，当局不会再就《国家安全（立法条文）条例草案》提出修订。之前民主派亦曾提出过以上修订，曾却被叶刘淑仪反驳。以下为叶刘淑仪的言论：
取消本地组织从属于已遭中央禁制的内地组织的条款
6月17日
叶刘淑仪回应指有关言论“匪议所思”、“与事实不相符”、“令人难以接受”。她表示，内地的社会团体登记条例可以取缔在内地进行非法行为的组织。而国安条例草案亦订定，中央取缔内地组织需要明令颁布，亦会发出证明书，香港在收到有关证明书才会根据香港的法例进行调查，视乎香港有关组织的行为是否危及国家安全才决定是否需要取缔，有关草案并没有要求内地额外立法，而草案中订明需要在中央公开宣布禁制组织的情况下，香港才会展开调查，增加了机制的透明度。她再次强调：“两地的法制并没有挂?。”
6月21日
叶刘淑仪称，香港绝对不会硬性取缔一些“受欢迎”的组织，有关的禁制机制也不是针对任何组织。
民主派议员提出政府取缔从属内地非法组织的机制，会令内地都要修改法例配合，影响内地的法例，更表示担心此举会影响内地的自由度。
6月24日
叶刘淑仪强调政府不会自动取缔有关从属的本地组织。她说，若有组织在内地被全国禁制，香港也有责任看看从属的本地组织会否危害国家安全。
她举例，若这些从属组织筹集资金或征集人手，用作购买化武或聘请化武专家，政府便会考虑取缔。
加入以公众利益作为抗辩理由
6月20日
叶刘淑仪指很多普通法地区的条例都没有公众利益辩解，故此香港无此需要。港府建议的立法条文，已在维护国家利益和资讯自由方面取得平衡。
取消警方在没有法庭手令也可入屋调查权力
6月24日
叶太表示警方入屋搜查的范围，是任何相信可能属于或包含对调查有重大价值的证据物品。
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