她的出訪引起了北京方面的憤怒反應。中國外交部發言人章啟月說，中國強烈反對臺灣政界人物在海外參加旨在分裂的活動。
呂秀蓮在凡蒂岡會晤了凡蒂岡外交部長紅衣大主教土蘭。
BBC中文部記者自平電話採訪了呂秀蓮：
問：凡蒂岡與中國大陸和臺灣的關係一直相當微妙。有消息說，羅馬教廷有可能拋棄臺灣，而與中國大陸建交。您在與羅馬教廷外長的會談中，是否談到了這一問題？
我們覺得兩岸領導人不應該怒目相向。我甚至覺得我們都可以互相以甜言蜜語，促成兩岸的和平共存之道.
臺灣副總統呂秀蓮
"教廷與中華民國維持良好的邦交關係，教廷對於在臺灣的言論自由，宗教自由，信仰自由，特別是天主教教徒們在臺灣可以自由活動，表示非常滿意。臺灣與教廷追求的和平與愛的理想是一致的。沒有理由教廷會拋棄和犧牲臺灣的利益。當然教廷也很關切在中國大陸非常多的天主教徒，他們的宗教信仰和自由沒有受到應有的尊重。有些人甚至隨時面臨被迫害。就這一點來講，臺灣政府，臺灣人民，包括我本人，也表示高度的關切。人權立國是陳總統和我的一個基本信念。我們也衷心希望教廷與中華人民共和國的關係能有建設性的改善。我們也衷心希望大陸人民的言論和宗教信仰自由能早日獲得保障。"
問：分析人士說，教廷與臺灣斷交只不過是個時間問題，您如何看？
"我不這樣認為。因為如果教廷要保護大陸的天主教徒而犧牲了臺灣的天主教徒，我想這違反了天主教教義。我認為教廷可以以平行的方式善待兩邊的天主教徒，善待兩邊的政府。"
問：您是說雙重承認？
"我不願用這樣的政治語言，因為我想教庭本身是一個宗教的聯合國。在神權的領域裡有一些更高超的思維和價值觀。"
問：曾有一些歐洲國家因為大陸的阻撓，而拒絕了臺灣官員的簽證。這次臺灣方面直到您臨行前才宣布，您獲得了匈牙利的簽證。這是不是顧忌到大陸方面的反應呢？
"我想也不盡然。這個消息在一個多星期前在倫敦也就曝光了。但是我們也是覺得非常珍惜和尊重地主國匈牙利的善意，我覺得不必要引來過早和過多的困擾。我們非常感謝匈牙利政府。"
問：您這次出訪引起了北京方面的憤怒反應，中國外交部發言人說中國強烈反對臺灣政界人物在海外參加"旨在分裂"的活動。您對此如何回應？
"北京講這樣的話已經不是第一次了。北京的蠻橫無理，這樣的噪音，對臺灣人民來講只有更加的反感。我想我們都邁向21世紀，都是世界經貿組織的一員，我們應該以理性看待問題，沒有一個人有權利來剝奪別人的權利。我有旅行的自由，就像北京的領導人也有旅行的自由。應該互相尊重。"
問：外界有報導說，您和陳水扁總統在兩岸政策上存在較大的分歧。您主張強硬對北京，陳水扁總統則頻頻向大陸伸出橄欖枝。實際情況是不是這樣呢？
"應該不是這樣講。因為陳總統他站在第一線，他所用的語言當然是比較周嚴，比較溫婉。我個人一向的主張非常清楚。事實上，我絕對與陳總統一樣對中國非常的善意，而且誠意。我一直提倡的是柔性的外交。所以我們覺得兩岸領導人不應該怒目相向。我甚至覺得我們都可以互相以甜言蜜語，促成兩岸的和平共存之道。"
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