吕秀莲表示，她对两岸关系的前景持审慎乐观的态度。她说，没有人喜欢战争，尽管目前两岸情势仍有潜在的威胁存在，但并没有立即发生战争的理由，不过她也要提醒国人要有敌我意识，保持警觉。
她指出，商业往来是自然的全球趋势，任谁也挡不住，但全球化绝不是“中国化”，我国企业如果仅把中国大陆视为发展的终站，她很担心，十年后的台湾是否会因没有建设、没有回馈而逐渐地“澎湖化”。因此，她呼吁企业应以台湾为枢纽，根留台湾、心留台湾、钱流台湾，把台湾建设成为世界岛，让世界走进来，使台湾走出去。
吕秀莲说，美国九一一事件之后，国际局势已起了一些变化，而“台湾问题”并不是中华人民共和国政府所要处理的主要问题，只要理性看待，现阶段台海不会有立即的危机，而欧洲议会也刚通过有关中国政策的报告，该报告指出，欧洲联盟各国应改善与台湾的关系，重视两岸问题，任何对现状的改变，须经由台湾人民的同意。
她表示，中国大陆自身亟待解决的问题很多，“他们解决他们的问题，而台湾的问题，我们自己解决。”中国大陆应该放弃对台湾的敌意，因为吞下台湾对中国大陆没有好处，双方应发挥柔性国力，合作分享，她相信，台湾一定是中国大陆发展的一座灯塔。
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