平定雲南的大將傅友德，父子同時綁赴刑場腰斬。平定廣東的大將朱亮祖，父子同時慘死在鋼鞭之下。大臣李仕魯在金鑾殿上辭職，朱元璋認為是看不起他這個皇帝，當即命武士將李仕魯摔下殿堂，腦漿崩裂而死。在所有共患難的朋友中，只有三個人沒有被扣上謀反的帽子，一是常遇春，一是徐達，一是湯和。常遇春運氣最好，天下還沒太平就早早地死掉。徐達的死和處決沒啥分別，他患一種疽瘡，最忌鵝肉。朱元璋偏偏送一碗鵝肉給他，並命送鵝肉的宦官在旁監視他吃掉，徐達一面吃一面流淚，當晚毒發身死。只有湯和一人壽終正寢，因為他看上去傻乎乎的，不具備承載野心的智商。在朱元璋統治時期，朝中人人自危，每時每刻都擔心飛來橫禍，官員們每天早上入朝，即跟妻子訣別，到晚上平安歸來，合家才有笑容。
李善長是朱元璋的第二大謀臣和功臣，和朱元璋是兒女親家。但朱元璋對他仍不放心，必欲去之而後快。恰好其弟李存義和胡惟庸聯姻，朱元璋便藉此大做文章，指使坐罪胡惟庸案的丁斌（李善長的私親）告發李存義曾串通胡惟庸謀反。獄吏對李存義父子施以重刑，二人熬刑不過，只好按獄吏的主意（實則是朱元璋的主意）「承認」是奉了李善長的指使。那時一班朝臣，希承意旨，聯章交劾善長，統說是大逆應誅，一樁「謀反案」就此製造出來。此時朱元璋還要故作姿態，說李善長是大功臣，應法外施恩。偏偏太史又奏言星變，只說此次占星，應在大臣身上，須加罰殛，於是太祖遂下了嚴旨，賜善長自盡。此時李善長已七十七歲，所有家屬七十餘人，盡行處斬。只有一子李琪，曾尚臨安公主，得蒙免死，流徙江浦。外如吉安侯陸仲亨、延安侯唐勝宗、平涼侯費聚、南雄侯趙庸、江南侯陸聚、宜春侯黃彬、豫章侯胡美即胡定瑞、滎陽侯鄭遇春等，一併押赴刑場處斬。
關於朱元璋瘋狂屠殺功臣元勛的心理動因，後世歷史學家有不同的解釋，最有代表性的解釋是，朱元璋看到皇太子懦弱，擔心他死後強臣壓主，所以事先消除隱患。這種解釋有一則宮廷秩聞可為佐證：有一天皇太子勸說父親不要殺人太多，朱元璋把一根長滿了刺的棍子丟在地上，命皇太子用手拾起來。皇太子一把抓住刺棍，結果給扎破了手掌並連聲呼痛。朱元璋說：我事先為你拔除棍上的毒刺，你難道不明白我的苦心嗎！就算上面的解釋是真實的，也說明被殺的功臣全蒙受不白之冤，「謀反」根本是莫須有的罪名，而在屠殺功臣的同時也助長了司法制度的黑暗。
皇太子懦弱而皇太孫年幼也許是原因之一，但恐怕不是主要的原因。之所以如此，主要是朱元璋的自卑心理在作祟。朱元璋出生於一個極度貧苦的家庭，父母雙雙死於瘟疫，很小就成了孤兒。他放過牛，當過干粗活的小和尚，天下大亂時又被迫落草為寇，在底層社會受盡欺凌。因為出身過於卑賤的緣故，朱元璋對上流社會既羨慕又仇恨，既想拚命擠進去又恨不得把上層人士踩在腳下報復蹂躪。他沒有機會接受系統的教育，缺少做人的崇高理想和高貴情操，因此不可能把苦難身世演變為改造社會普濟天下蒼生的動力，相反因為自己沒有學問，便對有學問有才能的人嫉妒得發狂。像胡惟庸、李善長、劉基等人，都是運籌帷幄、決勝千里的智囊策士，朱元璋的江山是他們三人智慧的結晶。在本質上，自卑感過重的領袖跟有才幹的部屬不能並存，因此他們三人在朱元璋的力量不夠強大時還可被委以重任，一旦朱元璋意識到自己沒有他們也有足夠的安全保障時，他們的生命也就完結了。宋濂也是出身貧寒，身世和朱元璋相近，按理會同病相憐，但宋濂太有學問，朱元璋最終還是容忍不了。
如果僅僅是出身低賤和沒有文化，朱元璋大可不必有如此濃厚的自卑心理。出身高貴的人也有曾經貧寒的歷史，靠自己的努力取得的成就比從祖先那裡繼承來的果實更能得到社會的認同; 人的才能是多方面的，沒有文化的人不見得就沒有能力;中國歷代的開國皇帝除了李世民出身高貴且受過良好的教育外，其餘的不是市井流氓就是草莽英雄，文盲絕不是個別現象。劉邦和朱元璋的身世大同小異，可劉邦沒有那麼濃烈的自卑心理，對出身和文化比他高的人兼容並蓄，依其才能和特長分別委以重任。劉邦的智囊張良、陳平、蕭何和胡惟庸、李善長、劉基是同一類型的人物，但命運有天壤之別;前者一直得到劉邦的禮敬並壽終正寢，後者則被朱元璋處以極刑且屠滅三族。朱元璋屠殺功臣，不僅對當世的社會和國家造成了極為惡劣的影響，而且把人們的歷史觀導入了一個非常危險的誤區：即皇帝屠殺功臣是逼不得已的，是為了國家的千秋大計和王朝的長治久安，不殺掉那些打天下的患難兄弟，他們就會造反作亂。
朱元璋對功臣實行滅種式的屠殺後，以為自此國泰民安，沒想到他剛剛進入墳墓，他的第四個兒子，分封在北平的燕王朱棣便舉兵反叛，開始了宗族血親間復仇式的自相殘殺。因為功臣被屠殺罄盡，中央軍沒有傑出的統帥，叛軍輕而易舉地取得了勝利，皇帝朱允炆在首都陷落之時永遠失蹤了，野史傳說他遠逃海外做了和尚。
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