北京中华工商时报报导，东方航空集团总裁叶毅干预测，如果SARS影响持续的话，集团到六月份的累计亏损将达二十三亿元人民币。SARS对中国大陆民航业的影响不仅甚于美国“九一一事件”和美伊战争，而且远远超过曾重创亚洲经济的亚洲金融危机。
报导指出，目前中国大陆三大航空公司都在缩减航班，旅游地航班陆续取消。据了解，在广州白云机场起飞的航班，原来飞往北京每天有近二十架次，减少到现在只有三个航班。同样，从广州飞往上海的航班，东航、国航、南航三大航空公司每天原来都各有六个航班，但现在都缩减到一至二班。部分飞往旅游城市，如丽江、黄山、武夷山等地的航班全被取消。
疫情对航空业的打击不仅体现在客运量下降和航班缩减上，由于在疫情期间必须做好大量的消毒和防治工作，使得营运成本不断上升。目前，几乎国内所有的航空公司都已承认，疫情对自身业务的影响是空前的。
虽然中共财政部和国家税务总局已经决定今年五月至九月对民航企业实行免征营业税、免征基础设施建设基金，减免总额达到百分之八，但多数航空公司认为政府补助仍然不够。
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