1966年6月11日，历史系教授汪钱（竹字头）喝杀虫剂敌敌畏自杀身亡。
1966年7月28日，数学系讲师董怀允自杀身亡。
1966年8月4日，西语系教授吴兴华在校园内“劳改”时，红卫兵学生强迫他喝水沟里从附近化工厂流入的污水。他中毒昏倒，却被红卫兵说成是“装死”。当天晚上吴兴华死亡。
1966年8月24，英文教授俞大因（丝字旁＋因）在被抄家和殴打侮辱之后，在家中自杀身亡。
1966年9月2日，中文系中共总支书记程贤策，被当作“黑帮份子”遭到“斗争”和侮辱以及毒打后服毒自杀身亡。
1966年10月9日，哲学系心理学教授沈乃章被“批判斗争”和羞辱后自杀身亡。
1968年4月19日，19岁的北京地质学院附属中学学生温家驹，因进入北大图书馆翻阅期刊，被北京大学的主要“群众组织”“新北大公社”的驻二体武斗连抓到生物小楼低温实验室，进行“审讯”，毒打致死。
1968年4月20日，北京大学中国古代史教员李原，被说成“中统特务”，被关押进北京大学办公楼。当晚即死在办公楼三楼的一间房子里。关押他的人说他是自杀的，但他身上伤痕累累，所以他的妻子从大连赶到北京见到尸体后，认为是被打死的。他的妻子一直写信上告，没有结果。
1968年6月24日，化学系副主任、副教授卢锡锟自杀身亡。在“清理阶级队伍”中，卢被审查“历史问题”（他在抗日时期曾参加军队当翻译），他在喝下“敌敌畏”后因为非常痛苦，又用刀砍伤自己的手臂。
1968年7月19日，化学系器材室职员林芳（化学系副主任、副教授卢锡锟的妻子）自杀身亡。
1968年8月28日，生物系教授陈同度服毒自杀身亡。
1968年10月16日晚北京大学教务长崔雄昆，从“清理阶级队伍”的集中地（当时全校教师、干部被命令集中食宿，不得自由回家。）28楼出走，在北京大学红湖游泳池自杀身亡。
1968年10月16日，物理系著名老教授饶毓泰，在北京大学燕南园51号上吊身亡。
1968年10月18日，数学力学系教授董铁宝，在“隔离审查”中自杀身亡。
1968年11月4日晚上，历史系办公室主任吴伟能自杀。在“火线学习班”，他在1959年的言论被揭发。他说过“幸福公社不幸福”，关于他的父亲在江苏北部的一个“幸福人民公社”没饭吃的事情。他投圆明园小湖自杀。第二天开了他的批判会，他被扣上 “反革命”“叛党”（指自杀）等六顶帽子。
1968年11月11日，数学系教师陈永和作为“反革命小集团”成员在学校被关押时，跳楼自杀身亡。
1968年12月18日，北京大学历史学教授、副校长翦伯赞夫妇一起自杀于北京大学燕南园64号。
1968年“清理阶级队伍”中，东方语言系教师汤家汉被“审查”。当时的运动领导者声称要通过汤家汉“炸开东语系黑堡垒”。汤家汉自杀身亡。
1968年“清理阶级队伍”中，西语系德语专业干部徐月如自杀身亡。
1968年“清理阶级队伍”中，西语系德语专业教师程远自杀身亡。
1968年“清理阶级队伍”中，西语系西班牙语专业教师蒙复地自杀身亡。
1968年“清理阶级队伍”中，数学系老师张景昭被关押在学校的时候，一天夜里死在厕所里。
1975年4月16日，北京大学图书馆系教授王重民上吊自杀身亡
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