「黨政合議」怎麼做？實際上是總統府、內閣、民進黨三者關係如何處理的問題。這裡主要又是兩大關係，一是總統放權，讓內閣與黨做更多的事情；一是內閣與黨積極進言，以集思廣益。由於最後決定權仍然在總統手裡，所以如何處理好放權與決定權的關係至關重要。
阿扁總統的任期還有兩年，有的媒體喜歡炒作「跛腳總統」，藉以離間總統與其他「天王」的關係。其實泛藍的焦土政策，才是對阿扁與臺灣最大的傷害。至於執政團隊內部，只要大家目標一致，誰多做，誰少做；誰做這個，誰做那個；只是分工合作而已，根本談不上是否跛腳。
以此來看新的團隊，根據以往的經驗與教訓，權責與分工可以有如下的考量︰
一、阿扁身為總統，除了外交、國防之外，根據臺灣的特殊國情，應該著重考慮國家的正常化。除了元旦文告中的制憲問題，平時中國不斷侵蝕臺灣的主權也是其中的重點。特別是二○○八年北京奧運日近，總統應該多思考這方面的問題。
二、政府部門的日常工作與黨的改革主張與選舉，就由閣揆與黨主席多承擔責任，總統不必事必躬親。不用太早考慮二○○八年誰出來選，根據政績和民望，自有既定機制決定。各個派系應以大局為重。
三、朝野合作問題。馬英九為了二○○八年總統大位，基本上會繼續以焦土政策讓蘇、游提前折損。相信執政團隊對此會有清醒認識，但是對理性與以臺灣（不是共產黨）大局為重的政治人物，還是要以誠相待，爭取他們的合作。最主要讓民眾看清楚是非黑白，因此要多用技巧，少噴口水。可以先由黨對黨來商討能否合作，由行政院對立法院進行溝通來維持國家的運轉。總統保持超然態度。
不管在野政客態度如何，執政團隊的服務對象是扎根在土地上的臺灣民眾，因此必須讓焦土恢復為綠土。
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