新华社报道称，审计中发现的主要问题是，中央政府投资管理中，未下达投资计划结转下年国债投资；有的补助地方投资项目还存在计划安排过细，不利于更好地发挥中央政府投资效益的问题；有的部分专项投资存在内容交叉，资金多头审批安排的现象。个别项目预算执行和部分专项经费管理不够规范；预算未细化到具体单位和项目；预算项目执行不及时；有些项目未按进度申报预算，财政资金闲置；未将国有资产收益纳入预算管理。
另外，一些单位存在历年结余资金未及时安排使用，虚列外事经费，自行处置资产，形成账外资金，挤占、挪用、截留财政专项资金，挪用科研专用基金，转移财政项目资金，未按规定权限批复基建项目等问题。
审计报告显示，2000年2月，国家体育总局用2787.4万元彩票公益金在该中心建立奥运争光和全民健身专项基金，基金的使用权属于国家体育总局。当年，该中心未经批准，将上述资金用于股票投资，截至2005年底尚未收回。上述做法，不符合财政部《彩票发行与销售机构财务管理办法》关于“彩票公益金和发行经费按收支两条线原则进行管理，专款专用”的规定。
2002年2月至2003年12月，发展改革委所属中国机电设备招标中心未经批准，使用由其投资兴办的中招国际招标公司出资的958.87万元为本中心职工购置商品房14套。上述做法，不符合财政部《关于企业住房制度改革中有关财务处理问题的补充通知》关于“实行住房分配货币化后……企业不得再为修建、购置职工住房提供资金”的规定。
2002年5月至2005年6月，全国大学英语四、六级考试委员会集中各考点上交的考试费2.34亿元，已上缴财政专户1.86亿元，应缴未缴 4771.45万元。上述做法，不符合国务院《关于加强预算外资金管理的决定》关于“部门和单位的预算外收入必须上缴同级财政专户，……实行收支两条线管理”的规定。
2000至2004年，北京铁路局将所属西山疗养院改造工程拆分立项，在未经原国家计委和铁道部审批的情况下，动用更新改造资金6524万元、公益金 9829万元，建成集住宿、餐饮及娱乐为一体的别墅式酒店，并于2003年2月以北京西山翠源山庄有限责任公司名义对外营业。
上述做法，不符合原国家计委《关于重申严格执行基本建设程序和审批规定》关于“任何部门、地方和企业……不得采取'化整为零’等方式逃避上级主管部门的审批管理”和铁道部《铁路运输设备更新改造计划管理办法》关于“严禁用更新改造资金建设楼堂馆所”，以及财政部《关于加强国有企业财务监督若干问题的规定》关于“企业提取的公益金应主要用于企业集体福利设施建设”的规定
2002至2005年，中国国土资源航空物探遥感中心未按规定编制某专项经费预算，多申报并获得财政资金3939.64万元；2003至2004年，信息中心重复申报项目预算，多获得财政资金656万元；2003至2005年，中国地质调查局发展研究中心和中国地质环境监测院多编报人员工作量，多列预算 858.71万元。
从2001年10月至审计时，国家人事部将外交部汇入的临时国际职员上缴收入160.86万元一直在“其他应付款”科目挂账，未按比例上缴财政。截至2005年底，人事部本级管理的6515.37万元财政周转金未按规定清理。
2004年6月，交通部批复由北京市自筹资金改建110国道。2005年10月，发展改革委核准该项目由北京国投公路建设发展有限公司出资及申请国内银行贷款解决建设资金问题。在此情况下，2004至2005年，交通部又将3800万元交通专项建设资金拨付到北京市交通委员会用于补助该项目建设。2001 至2005年，交通部在安排西部科技项目经费9.68亿元时，其中的管理费1637万元，占项目经费总额的1.69％，超过规定多安排668.86万元。
北京市交通委员会滞留3.08亿元交通专项建设资金。2000至2001年，北京市交通委员会采取虚列基建支出的方式，将交通专项建设资金（车辆购置附加费）3.08亿元滞留在委本级，并违规用其中1.06亿元核销原所属企业的借款。
截至2005年底，卫生部本级累计闲置卫生专项资金2.84亿元，中国疾病预防控制中心闲置2003至2005年卫生专项项目资金3.28亿元，不符合规定。2004年，卫生部未报经财政部批准，同意中国疾病预防控制中心调整正在执行的防治防疫项目预算6813万元。中国医学科学院及所属单位对外投资， 3567.48万元资产面临损失。
2005年，海关总署在编报总署机关经费预算时，以综合楼物业管理费的名义编列支出预算500万元，实际是用于总署机关服务局所属鑫海锦江酒店的开办费支出。海关总署科技发展司工作人员违规取得利益共141.48万元。海关总署物资装备采购中心变相挪用财政资金132.02万元用于出国考察。
在2005年度预算中编列预算外资金支出2.19亿元，用于补助非所属单位。其中1.72亿元作为扶贫资金用于补助地方，4050万元用于补助非所属教育院校。2005年度，国家电影事业发展专项资金管理委员会办公室在规定的支出范围外，使用国家电影事业发展专项资金4437万元。
国家林业局私存私放账外资金3519.63万元，国有资产1696.5万元面临损失。用账外资金120万元为职工个人支付投资款。违规套取财政贴息资金 45万元。挪用国家造林项目还贷准备金5.67亿元。所属单位将林业项目贴息贷款、造林周转金借给所办实体，国有资产1005万元损失和存在损失风险。
截至2004年底，新华社本级住房改革支出累计结余1.4亿元，未纳入预算安排使用。2002至2005年，新华社河北分社、中国图片社有关人员在图像采集工作中，未按规定将收入1084万元纳入单位账内核算，而是以个人名义开立5个存款账户存储。
中国科学院2005年度，有预算资金19.46亿元未细化到具体项目和单位。所属生态环境研究中心参股的北京中科膜技术有限公司转移挪用高技术产业发展项目资金600万元。所属工程热物理等5个研究所少结转收入1979.27万元。所属微电子等7个研究所挤占科研经费1120.12万元。
国家邮政局邮政储汇局未经银监会批准，分别于2004年3月和5月运用邮政储蓄资金向某基金管理有限公司认购南方现金增利基金10亿元和南方避险增值基金 10亿元（于当年12月底赎回）。1999至2005年底，中邮国际邮政咨询有限公司截留翻译收入、外事服务收入等90.54万元存入个人储蓄存折，目前已支出88.45万元，用于发放职工奖金、过节费等。
文化部自1996年起，文化市场发展中心受文化部委托，在未报经有关部门审核批准的情况下，向音像企业收取音像制品统一防伪标识费用，截至2005年底，累计收费1.08亿元，支出8842万元，结余2013万元。(文章仅代表作者个人立场和观点)
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