鲍彤一案恐怕是牵涉八九民运最敏感的个案，也最令中共棘手，掌权者们在决定如何处置他的问题上不得不小心从事。因为鲍彤是“六四”事件中被当局逮捕的职务最高的人，掌握着最高层权力斗争的大量机密，而且对鲍彤的审判，无疑涉及到赵紫阳和当年高层的决策。
曾有消息说，鲍彤被捕后关押在北京北郊的秦城监狱，当与鲍彤一同人狱的其他政治犯待遇都有所改变，唯他例外。他在狱中被单独关押，有四个狱吏轮流看守。与其他政治犯不同，鲍彤不得离狱回家，很长时间也不允许家属探监。
也有消息说，鲍彤每天只能吃窝窝头度日，副食为白菜、萝卜。因为营养不良，鲍彤有很长一段时间心力不支，肠胃病不断恶化，血液中的白血球数量也在减少。
事后，香港《前哨》杂志的一位作者去拜访已获释的鲍彤，问及为何一直不获准提前假释或保外就医，鲍彤摊摊手说：“我不值钱嘛！没有人把我拿来做交易，我也不想像黑奴一般被人买卖。”
但是，鲍彤说在狱中并没有受到肉体上的折磨，“只有精神上的，没有肉体上的折磨。我在监狱里边他们给我住的房子是好的，吃的饭是好的，医疗条件是好的。我想很可能即使在监狱里边也并不是人人平等的。大概他们对我还有点优待吧，不过这个优待我觉得很不安。”
鲍彤是武侠小说名家金庸的热心读者急开玩笑说要成立“金学会“所以在密友间有“鲍大侠”外号。在狱中，他倒真是有“大侠”之气。在监狱中．一直坚持练瑜伽功，坚持练习他所喜爱的书法，现在他基本能够做到左右手书写同样流利，他还一直研读他喜爱的龚自珍诗选、坚持自学英文。
平均三天，鲍彤就被狱方提审一次，但他拒不承认加予他的种种“罪名”。
审问者说有大量证据，鲍彤嗤之以鼻。他说：“我没有做过任何错事，没有违反党纪或者国法，为什么要我作检查？”
鲍彤的妻子蒋宗曹，原在中共中央编译局某局任副局长，曾写信给邓小平和中共中央总书记江泽民，指责北京市市长陈希同诬陷她的丈夫。
鲍彤的儿子鲍朴（在美国留学）和女儿鲍简（在北京某公司工作）也大胆地要求当局对非法拘禁他们的父亲作出解释，并呼吁当局调查是否滥用了权力。
这一切并没有改变中共新权贵要整肃鲍彤的决定。鲍彤被捕三年之后，被判七年，剥夺政治权利两年。
指责陈希同诬陷他泄露机密
尽管如此，经受了多年政治惊涛骇浪的鲍彤没有被摧毁。当一九九八年五月他获得自由之后，便开始放言无忌地抨击中共，甚至直指邓小平、江泽民、李鹏。
鲍彤目前每天在家主要是读书、打太极拳锻炼身体，所以身体状况比出狱时有了明显的好转。“我仍以我是一个中共党员为傲”，但他认为，“中国共产党做了许多傻事”。
在被问到当年被秘密逮捕监禁的原因，鲍彤对西方记者说，“一直到现在，他们对我说的理由，没有一条有事实依据。正因为如此，北京中级人民法院对我的判决，我表示不服。这很多人都是知道的。但是二 级法院驳回了我的上诉。我不能再上诉，就不上诉了。”
鲍彤指责陈希同诬陷他泄露机密，“我想举一个简单的例子。在一九八九年六月底，国务院，也就是中国最高行政机关，向中国的最高权力机构的常设委员会，也就是人大常委会做的报告当中提到的，报告据说是陈希同代表国务院作的。”
“但我不是因为陈希同如今如何如何，我就怎么怎么样，我就事论事”报告说，我向学生泄漏了北京即将戒严的机密，但这事根本不存在。之所以不存在，最雄辩的证明是二年后，一九九二年七月，北京中级法院对我审判的时候，根本不敢再提到这件事。审判也说我泄密，但一个字都没有提到我泄密是泄的即将戒严这样一件事情。要么国务院向人大撒谎，要么法院判决的时候包庇了我。如果国务院不向人大撒谎，那么法院应该在它的判决书当中说，鲍彤泄露了戒严的命令。因此可见，经过两年调查后，即使想欲加之罪何患无词，也找不出半个证人来证明我向学生泄漏了要戒严的机密。”
“很多人说：六四是鲍彤弄出来的。我不敢贪天之功。我没有这么大的能力和野心，想把六 四算到自己帐上，我只能说，在六 四这个问题上，我没有起什么作用，非常惭愧。我很想起作用，但没有能起到应有的作用。”
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