日本醫生給汪精衛進行手術治療後，汪精衛有短暫的好轉。但是沒過幾天，病情繼續惡化。汪精衛也感到自己來日無多，1944年10月，他在日本的病床上，口授最後一篇文章《最後的心情》。雖然此時日本還沒有投降，但是，汪精衛已經預感到日本即將失敗，因此，在這篇由他老婆陳璧君筆錄的文章裡，汪精衛替自己投降日本成立偽政府的舉動百般辯解，並一再強調自己「自毀人格」的所作所為是為了「保全中國」，而且還說正是他委曲求全地順應日本，才保全了蔣介石，也為中國的抗日獲得了喘息的機會。至於汪精衛的投降理論，下次專門再說，今天只說他死後的狀況。
1944年11月9日，名古屋又遭到美軍飛機轟炸，醫院不得不將汪精衛轉移到室外的防空壕。由於11月的日本已經非常寒冷，防空壕也沒有暖氣，病重的汪精衛受寒後高燒不退。轟炸過後移回病房也不見好轉。拖到11月10日下午4時多，停止了呼吸，終年62歲。
11月12日，汪精衛的屍體運回南京，舉行葬禮，陵墓位置定在與中山陵不遠的梅花山上。據說汪精衛的陵墓圖案完全模仿中山陵的設計。核心工程剛建完，日本就宣布了無條件投降。汪精衛的屍體和棺木匆匆下葬。然而，汪精衛的陵墓只存在了半年不到的時間。
1946年1月，國民黨軍隊已經回到南京。眼看蔣介石也即將回南京，1月中旬的一個晚上，陸軍司令何應欽在南京召開了一個秘密會議。參加會議的有國民黨南京市政府、陸軍工兵部隊、南京憲兵司令部和74軍負責人。何應欽在會上說了一個原則意見：在蔣介石回南京之前，將汪精衛的陵墓「遷掉」，具體如何遷法，大家商量，並且一再囑咐要嚴守機密。說完這番話，何應欽離開了會場。此後，何應欽的參謀長蕭毅肅明確指示：10天之內處理好，並對各個部門的分工進行了協調。討論認為，10天之內遷走汪精衛的陵墓，唯一的辦法只有炸掉。
1946年1月18日，中山陵與明孝陵之間由軍警封閉所有道路，斷絕行人往來，也暫停了遊覽。為防止有人躲在暗處窺探，封閉清理工作持續了3天。1月21 日，74軍51師工兵營負責爆破，他們共使用了150公斤TNT炸藥。第一步炸開外層鋼筋混凝土，第二步炸開盛棺的內窖。
據目擊者回憶，內窖炸開後，就發現了汪精衛的棺材。揭開棺蓋，汪精衛的屍體上蓋著一面國民黨黨旗，汪精衛身著民國政府的文官禮服——藏青色長袍、黑色馬褂，頭戴禮帽。汪精衛面部略呈褐色，並有黑色斑點。由於使用過防腐劑，屍身還沒有腐爛。經檢查，在汪精衛馬褂的口袋裡有一張白紙條，上面用毛筆寫了「魂兮歸來」四個字，據說是汪精衛老婆陳璧君寫的。
汪精衛的棺材被搬出後，當天晚上，工兵將墓地全部平整乾淨，原先的混凝土碎渣全部被運走，陵墓原址看不到任何一點以前的痕跡。此後，在汪精衛陵墓的原址上建了一個小亭子。汪精衛的棺材連同屍身當晚被軍用卡車運到清涼山的一個火葬場，全部被火化，火化後的灰燼不知下落。一個漢奸的下場彷彿像煙一樣消失了。
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