印尼社會事務部先前曾表示這次地震的遇難者人數為4983人。該部門一位官員表示，在這場裡氏6.3級的地震當中遇難的大多數人員，即3080人都是生活在震中附近的古都日惹南部的班圖爾縣等地的居民。
地震發生後，日惹面臨著可能發生瘟疫的巨大威脅。由於印尼地處熱帶，氣溫高達三四十攝氏度，遇難者眾多，加上救援進展緩慢，因此印尼和國際衛生機構特別擔心遇難者的屍體迅速腐爛後會導致瘟疫的發生和蔓延。為此日惹地方政府呼籲遇難者的親朋好友和救援機構加快對屍體的處理，迅速開展對災區的防疫消毒工作，一定不能讓瘟疫暴發。
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