禮拜堂的前段，現在架起了離地三尺高的木地板，上鋪地毯。這塊場地是供舉行秘密會議之用。木地板上放置電子器材，防止手機或任何監聽裝置泄漏或竊聽秘密會議的內容，木地板可防止這些電子器材損壞禮拜堂的珍貴地磚。
禮拜堂的後段，則佈置成投開票所。十二張長條桌子面對著禮拜堂牆上著名的米開朗基羅壁畫「最後的審判」，排成一個馬蹄形。原本鋪著紅布的長桌，現在加鋪了棕色桌罩，桌子後面則是一張張木椅子。
樞機主教們將以抽籤方式決定座位，投票時把選票當眾舉起，放在集票盤上，收集好後交由坐在「最後的審判」壁畫下的三位樞機主教監票唱票。
以耶穌基督為中心人物的「最後的審判」壁畫，在選舉過程中具有布達聖靈、警醒良知的作用。前教宗若望保祿二世在遺囑中，要求樞機主教們在秘密會議期間默想這幅壁畫的意義，表示：「米開朗基羅必將教導他們」，作出超越私心的虔正決定。
在秘密會議期間，樞機主教們每天早晚各投票兩次，每次計票完畢後，選票就會送到放在壁畫右下方一處角門後面的爐子裡燒掉，焚燒選票時會加入不同化學物質以產生黑煙或白煙，煙會經由管線安排從禮拜堂向外冒出，讓外界知道投票結果。黑煙表示本次投票並未選出教宗，白煙則表示教宗已經選出。
教宗選出後，將會在羅馬聖教會總司庫的陪伴下進入禮拜堂後面的「眼淚室」默禱。據說過去有多位教宗在當選後在此默思神意、念及未來任重道遠時不禁哭泣落淚，「眼淚室」因此得名。
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