一、頻繁的洪澇災害威脅著經濟社會的發展。受季風氣候影響，中國是一個洪澇災害嚴重的國家。洪澇災害對中國的威脅主要表現在：一是大部分江河的防洪工程系統還沒有達到規劃標準，尤其是蓄滯洪區建設嚴重滯後，尚未形成完善的防洪減災體系。二是河流眾多，流域面積在100平方公里以上的有5萬多條，大量中小河流防洪標準低。三是已建成的水庫中有3萬多座為病險水庫，防洪危險極大。四是局部性的山洪、泥石流、滑坡災害點多面廣，防禦難度大，颱風所造成的災害難以防禦。
二、水資源緊缺已經成為經濟社會發展的主要制約因素。目前中國約有3億農村人口喝不上符合標準的飲用水。農田受旱面積年均達3億畝，年均減產糧食280多億公斤。工業和城市用水的緊張狀況不斷突出，已經成為一些城市發展的主要制約因素之一。
三、水土流失、生態惡化的趨勢沒有得到有效遏制。目前中國水土流失面積356萬平方公里，佔國土面積的37%，每年流失的土壤總量達50億噸。嚴重的水土流失，不僅導致土地退化、生態惡化，而且造成河道、湖泊泥沙淤積，加劇了江河下游地區的洪澇災害。牧區草原沙化嚴重，全國牧區33.8億畝可利用草原中有90%的牧區草地退化問題突出。地下水超採嚴重，大量湖泊萎縮，灘塗消失，天然濕地乾涸，水源涵養能力和調節能力下降，水生態失衡呈加重趨勢。
四、水污染嚴重。中國工業和城鎮生活污水的年排放總量從1980年的239億立方米增加到2003年的680億立方米。大量未經處理的污水直接排入水體，江河湖海遭受嚴重污染。2003年，據對13.46萬公里河流水質進行評價，五類或劣五類河長佔26.5%，與2002年相比有所增加。
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