週三在日本南部島嶼沖繩(Okinawa)附近首次發現該神秘潛艇，此後日本海軍便進入警戒狀態。東京派出偵察機和驅逐艦追蹤該潛艇，潛艇在日本水域游戈了約兩小時之後朝北方駛去。
日本外務省一位不願透露姓名的發言人說，外務大臣町村信孝(Nobutaka Machimura)召見了中國外交使節程永華（譯音：Cheng Yong-hua）就潛艇事件向其正式抗議並要求解釋。
發言人說，程表示，中國當局正在調查此事，他將向北京轉達日本的抗議。日本共同通訊社(Kyodo News)援引程的話說，他無法立即表示道歉。
小泉純一郎首相說：「潛艇事件令人十分遺憾。為了避免此類事件再次發生，我們必須瞭解為什麼會發生這樣的事，我們在等待中方的答覆。」
早些時候，內閣長官細田博之(Hiroyuki Hosoda)說，東京在對一系列因素進行考慮之後，得出結論是中國的核潛艇，考慮到的因素包括潛艇似乎朝中國方向駛去。
細田說，雖然東京願意維持與中國的和平外交關係並促進與其友好，但日方期望北京能夠給予適當回應。
他說：「現在要看下面事態如何發展。我們必須考慮許多方面，例如中國做何反應和日本的公眾輿論如何。問題在於我們如何在大環境下處理此事。」
此次爭端竟然是在中國和日本官員正在盡力在本月下旬智利舉行的APEC亞太經濟合作首腦會議期間為小泉首相和中國國家主席胡錦濤安排會晤的背景下發生的。
小泉首相週五指出，他認為事件不會對日中關係產生長期傷害。
他說：「我們同中國的關係很重要，雙方必須努力使其避免受到負面影響。」
週四中國外交部發言人章啟月說，她不知道潛艇是否是中國的，並且要大家「不要就此事胡亂推測。」
（大紀元編譯報導）
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