中草药的命名有很多方法，首先以形状命名，如：人参根外型似人，因而叫人参。（图片来源：Adobe Stock）
中国人对命名向来视为神圣的事情，考究必详，象数含蕴，寓有哲理，形象生动，还需有文化色彩。
中草药的命名有很多方法，首先以形状命名，如：人参根外型似人，因而叫人参；牛膝的茎节膨大似牛的膝盖，因而名之；百合因其生长在地下的鳞茎重重叠叠，像百叶而合。
性状不同而起名，如：向日葵因花盘倾向日光而得名；睡莲因其花午开晚闭而名之；含羞草则因受刺激时，叶面会收缩起来。
颜色不同也有不同的名称，如：红花、红枣、赤芍、赤石脂、丹参、丹皮、紫草、紫苏、黄连、黄柏、白豆蔻、白芥子、黑芝麻、黑胡椒、乌梅、乌梢蛇、玄参、青皮、赭石、银耳等。
不同的气味给予不同的名称，如：香薷、香橼、藿香、茴香、丁香、檀香、沉香、臭梧桐、臭牡丹、鱼腥草、鸡屎藤、败酱草、辛夷、辣蓼、酸模、酸橙、苦参、苦丁茶、甘草、甘松、甜杏仁、淡竹叶、淡竹茹、龙胆草、五味子等。
质地不同有不同的名称，如：厚朴因皮厚又质地朴素得名；石莲子因硬如石头得名；海螵蛸与桑螵蛸的命名，据《本草纲目》记载：“螳螂子房名螵蛸者，其状轻飘如绡也。”《日华子本草》记载：“螳螂卵簇聚之房曰螵蛸，乌贼骨形似之，因名海螵蛸。”
新鲜陈久，也入命名之列，如：夏日口干，要喝鲜生地、鲜石斛、鲜茅根的汁液；咳嗽一定要用陈皮，用新鲜橘皮效果不好。
因生长季节命名，如：半夏因黄历五月中旬，夏之半，生长最旺盛故名；而夏枯草因夏至后花絮枯焦而得名；六月雪因六月花开茂盛似白雪；冬青因叶经冬不凋；腊梅花因寒冬腊月开花。
因药用部位而得名，如：板蓝根、葛根、白茅根、桂枝、桑枝、钩藤、桑白皮、牡丹皮、艾叶、荷叶、白果、芡实、诃子、火麻仁、益母草等。
性能功效不同有名之，如：升麻可升阳举陷、发表透疹；番泻叶可泻下通便；骨碎补可疗骨折；防风可发表散风。
因人名而命名，如：徐长卿可利水消肿，活血解毒，原名却是一位古代名医，他常用此药救治病人，为纪念他而用此名；何首乌可补益精血，固肾乌须，本为古代人名，因祖孙三代长服此药而延年益寿。
因避讳而得名，如：山药原名薯蓣，因唐代宗名李豫，遂改名为薯药，后宋英宗称为赵曙，再改名为山药；玄胡索改名为延胡索，也因避讳的缘故。
有些是译音，如：诃子、毕拨、毕澄茄、阿魏、没药、密陀僧等，其中有许多充满释教文化的意涵。
因产地而得名，如：四川的川芎、川乌、川贝；产于东北的关木通、关鹿茸、关白附、辽细辛、辽人参；产于浙江的浙贝母、杭菊、杭白芍、温郁金、于白术（浙江省於潜县）；产于两广的广佛手、广木香、广藿香；产于山东的东阿胶、东白薇、东山楂；产于福建的建泽泻、建神曲、建莲子、建君子（使君子）；产于河南的怀地黄与怀山药、怀菊花、怀牛膝，并称为四大怀药；其他如：云当归、南沙参、北五味子、滁菊花、宣木瓜、潞党参、高丽参、西洋参等。
