台湾故宫博物院外景
1948年秋天，国民党政府行政院（政府的行政机构）向故宫博物院院长马衡下达了一道紧急命令，要求后者为北平故宫博物院的文物精品编制一份名单并配以详细说明，同时准备安排这些文物用飞机分批运往南京。此时的国民党政府正在制定预备方案，打算从中国东海岸撤退到台湾岛。国民党的高级军官希望国宝都能聚集在南京，这样一旦需要，他们就可以把这些珍宝安全地带到台湾去。
12月，故宫博物院理事会秘书、中央博物馆和中央图书馆的馆长杭立武电告马衡前往南京参加一个重要会议。马衡回电说自己身体不适不能出席会议。在马衡缺席的情况下，这次会议做出了决议：尽可能快地将珍宝运往台湾，任命杭立武负责运送工作。
文物运台，蒋介石拨款800万元
杭立武没能取得马衡的合作，国民党政府不得不抛下紫禁城大量的皇家珍宝逃往台湾。他们撤退到台湾的时候只带走了南京所有藏品中的大约20％，包括1935年到1936年间在伦敦展出的那80箱精品。
台湾故宫博物院藏品：翡翠白菜
台湾故宫博物院藏品：珐琅瓷器
当时，所有的运输都由国民党军方控制。蒋介石很赞同文物运台的决定，专门拨出一笔800万元的款子用于这项计划。故宫工作者那志良细致地记录了这场大规模迁移的细节。本来计划共运送五次，不过实际只运了三次。总共有约4000箱珍贵文物运到了台湾。马衡的同事和老朋友庄严被指派护送第一次文物运输，这次运送包括了所有参加伦敦艺展的箱件。
把珍宝箱件从存储地送到码头时相当混乱，庄严曾描述过这一情形：当时他和博物馆的工作人员还不知道船上给他们空出的地方有多大；码头工人有意拖延怠工，两个人能抬的箱子他们要三个人一起搬，后来甚至四个人一起搬，直到搬运工作几乎无法继续。1948年12月22日，庄严随同第一批文物乘坐“中鼎”轮从上海前往台湾北部的基隆港。他后来回忆了那次可怕的五日之旅，海面上波涛汹涌，装满奇珍的箱子在船舱内左右摇晃，每一次摇晃都伴随着几声狗吠。
那志良参加了第二批文物运输。这次运送的文物包括来自中央博物馆和中央图书馆的珍贵图书。中日战争以后，杭立武向日本索回了很多珍贵的图书和艺术品，运往台湾的精品文物之中就有这部分图书和艺术品。那志良先生在1949年1月9日离开上海，搭乘的是商业性的招商局“海沪”轮。
运送第三批文物的“昆仑”号于1949年1月29日离开港口，直到2月22日才到达基隆港，漫长的旅程让盼望货轮到达的工作人员等得心焦。庄严说这次运输包括了大部分1933年从北平运到南部的书籍，但“昆仑”号启航时还是在码头上留下了60个箱子。
第四次运输还没有着手的时候，蒋介石就辞去了总统的职位，继任的李宗仁下令停止所有的文物运送。文物运台的行动中并没有美国船只加入，美国曾一度认为应该动用美国船只协助文物运台的行动。
总共有3824箱文物被运到了台湾，仅是1933年从北平运至南方的所有箱子的五分之一，然而这五分之一却包括了大部分精品文物。其中绝大多数是举世无双的大幅挂轴画作，它们都出自唐宋时期的名家之手。而北平的故宫博物院则保留了一部分最重要的书法作品及小型手卷绘画作品。北平和台湾两处收藏存在这些差异的一个重要原因是：溥仪和溥杰离开紫禁城时夹带了部分皇家藏品，他们挑选的自然是最容易携带的物件——尤其是那些手卷和册页，由此便将大幅的挂轴画卷留下了，被国民党带到台湾去，最终成为台北故宫博物院的馆藏。
据那志良说，在文物运台的过程中，很多箱件由于无法运送而不得不留了下来。比如像著名的秦代石鼓，在临出发时不得不把它放在了码头上，尽管都已经精心包装好了。
国民党在即将逃往台湾的最后关头还奇迹般地获得了一些珍品。比如，1948年12月，杭立武和其他几个人正准备从成都乘坐最后一班飞机赶往台湾，艺术大师张大千提出了一个紧急请求。据杭立武的记载：
他（张大千）匆忙中捡出七十余帧，请搭此机空运台湾，以保存国家文化。但那时飞机载重已达饱和，驾驶人员不答应再增加重量，在此情形下，我为保存重要文物，决定抛弃了我的行李三件，以换载张大千的国画。惟当时我提一条件，这批国画运到台湾后，请他赠予政府，张氏立表同意，当时就写了一张名片，作为赠送的证明。
实际上，这些画最后是给了台湾的历史博物馆。
三次运输的文物在台湾聚集成了一个新的收藏。最终它发展成为世界上最重要的艺术博物馆之一，拥有举世罕见的、最丰富的青铜器、书法、手卷画作、珍贵典籍等藏品。
台湾故宫博物院建立
在台湾盘踞多年后，国民党当局才开始考虑找一个能和紫禁城的宫殿相媲美的地方来长期安置运到台湾的藏品。形势越来越明显，国民党撤退台湾之举已经不仅仅是一个暂避之策了，台湾当局开始为皇家珍宝筹划长期的安排。起初，存放宫廷珍宝的地址选在靠近台中的台湾中部高地地区，就在台中糖厂的两间库房里。到1949年4月，又新建了三个仓库。与此同时，工作人员又立即对文物进行了一次彻底的点查，并编制了一份“故宫运台文物清单”。打开箱子晾晒文物的做法很快也重新恢复了，这是文物当年存在中国西部的10年间养成的习惯，那时藏在山洞和庙里的文物每隔6个月就要打开晾晒一次。
1953年，工作人员在存储藏品的仓库附近挖了一些山洞用来展出藏品。显而易见，这些文物急需一个条件好些的地方长期保存，因为山洞对这些文物来说太过潮湿了。1954年2月，亨利·卢斯（HenryLuce）来台湾访问并参观了这些皇家藏品。亨利·卢斯是美国《时代》和《生活》杂志的出版商，非常有钱，他同时也是蒋介石和国民党集团的热情支持者。在他的影响下，当时的美国新一届政府（和美国中央情报局）建立了一个亚洲基金会，这个基金会提供资金在台中郊区北沟建了一个小型博物馆。1957年，新建的小博物馆正式开放。
1955年11月，这个新建的小博物馆和“中央”博物馆、“中央”图书馆合并成一个统一的行政单位，就是现在人们熟知的台湾故宫博物院。在那以后不久，“教育部”决定刊印一份出版物，向公众介绍这部分皇家收藏中的精品绘画、瓷器、织锦和刺绣。一个主要由台湾故宫博物院的工作人员组成的委员会成立了，他们亲自到北沟去为这份出版物挑选艺术品。这个委员会的成员有：王世杰、罗家伦、蒋毂孙和叶公超。学识渊博的故宫工作者如庄严、那志良都担任了这次活动的顾问。
首次赴美展出
很多美国人一直以来都期盼中国的皇家藏品能赴美国做一次展览，1936年在伦敦艺展之后就有人第一次提出这个想法，1948年又有人提出，但是这个提议始终没被通过。
出版商亨利·卢斯上世纪50年代访问台中的时候，重提了在美国展出的事情，但是一开始并没有什么结果。故宫藏品在美国展出一直是美国著名博物馆工作人员和亚洲艺术研究者的心愿，他们催促台湾当局考虑这一提议。这些人中有纽约大都会博物馆的阿希文·利普（AschwinLippe）、华盛顿弗利尔美术馆的约翰·博璞（JohnPope）和密歇根大学的理查德·爱德华兹（RichardEdwards）。台湾有两位高级“外交官”也为这一提议摇旗呐喊，他们是王世杰和叶公超。其中前者在20世纪30年代和40年代曾为故宫收藏工作过，当时是台湾当局里一位老牌的政治家，而叶公超曾任“外务部”部长，后来担任过驻华盛顿的“大使”。
亨利·卢斯是在1935年到1936年的伦敦艺展时认识王世杰的，上世纪50年代卢斯访台时两人再次见面。卢斯最终说服了王世杰，使后者承认在美国举办一次中国艺术品展览对台湾是十分有益的，事实上这已有日本方面的例子。从1948年起，日本在美国举行了一系列的艺术品展览，这些展览影响了美国人对日本人的看法，缓和了战后美国公众对日本的抵触情绪。这一例证不仅更加坚定了卢斯促成此事的决心，也使王世杰彻底折服。作为台湾故宫博物院理事会的成员，王世杰开始在“行政院”游说，争取获得“行政院”对赴美国展览的支持。1960年，这一提议最终被通过，藏品将在1961年到1962年间从台湾赴美，在美国的几个城市展出。
这次艺术品展览会获得了极大的成功。尽管展出的画作只有当初伦敦艺展的一半，但这次选择的都是质量最高的作品，展会的氛围严肃静穆，丝毫没有媚俗的味道（比如用镶边的卷轴作为背景装饰展出的瓷器）。随珍宝参展的李霖灿在他的日记里记下了参观的人数：1961年5月到8月在华盛顿有144358人；1961年9月到11月在纽约有105061人；1961年12月到1962年1月在波士顿有47896人；从1962年2月到4月在芝加哥有59637人；从1962年5月到6月在旧金山有108254人。
此次展览为美国人了解中国的艺术传统做出了很大的贡献。在展览的过程中，山水画受到了观赏者极大的青睐，尽管有些人还并不懂得怎样欣赏这些画的运笔技巧，对元代晚期学院派画家的作品也缺乏了解，但并不妨碍他们的喜爱和赞美。美国方面在对这次展会的详细评论中谈道：“中国艺术复杂的表现形式如同一道巨大的鸿沟，它使得西方常去画廊、受过普通教育的人与中国艺术隔膜起来，这种现象永远都不会改变，除非中国和印度艺术从一开始就是西方艺术教育的一部分。”为了消除这种隔阂，相关工作人员结合每一个城市的展出安排了一系列讲座，有相当多的人参加了这些讲座，许多优秀的市民被邀请参加开幕式和其他一些特殊的活动。纽约的亚洲组织（AsiaSociety）还举行了有关展会的学术研讨会。
李霖灿还记述了他在运输过程中的许多担忧：卡车没有火车安全；有一次，调度过来的火车突然找不到装有全部展品的货车了，虽然在24小时内货车又找回来了，但着实让人后怕。在美国展出一年半之后，所有的珍宝被安全运回台湾。展品在台湾又展出了一次，这次展出很大程度上也是为了让台湾民众确信：国宝已经安然无恙地回来了。
