这次大肠杆菌疫潮源头指向有机豆芽，再令人关注有机耕种和有机食物的安全问题，尽管有些有机食物组织坚称，从长远来看，该事件不会打击人们对有机食物业的支持，因为大公众在比较之下，更担心传统农业大量使用化肥农药所造成的危害。
有机食物强调不采用化肥。有学者质疑，有机农场使用动物粪便作肥料，可能会把动物肠道内的大肠杆菌带入泥土，亦有可能污染灌溉用水，让农作物受污染。 1996年美国即发生过一宗大型大肠杆菌爆发，多人吃了受污染菠菜后感染，而源头是一家加州小型有机农场。该农场强调不用化肥，但处理菠菜地点附近有牛只，让菠菜受粪便污染。美国药管局(FDA)此后便加强对有机食物的监管。
堆肥未完全熟成 易受病原污染
浸会大学“香港有机资源中心”主任黄焕忠指出，有机种植的堆肥会以动物粪便、腐烂果水等堆成，若堆肥未完全熟成，有可能受病原体如粪生大肠杆菌的污染。虽然豆芽毋须用堆肥泥种植，但以相关的培养液发芽时，这些芽菜便有机会受大肠杆菌污染。他续称，有机水耕更容易受大肠杆菌污染的原因是：相关蔬菜主要是以豆子发芽，5至7日便有收成，大肠杆菌亦可在水中滋长，反之，若以堆肥泥作种植，在1至2个月内，泥土会经过阳光照射杀菌。
但美国明尼苏达大学一项调查亦指出，有机食物发现大肠杆菌比例，并不比非有机食物多，但指出无牌照(uncertified)有机食物发现大肠杆菌的比例较大。事实上，美国过往很多食物污染事故，都跟有机耕种无关，处理食物程序是否安全卫生才是关键。此外，有机耕种亦不一定使用粪肥，香港大部分有机农场即使用花生碎粉及动物骨粉等做肥料。
黄焕忠说，获“香港有机资源中心”认证的有机农场，所用堆肥质量内含的粪生大肠杆菌，必须达到每克少于1000mpn的指标。但他提醒市民，若自行在后院用厨馀堆肥未熟成，以相关培养液种植有机沙拉菜自家食用，同样有大肠杆菌污染的风险。研究亦显示，以腐烂果加水作堆肥材料，若处理不妥，其大肠杆菌含量可超标近200倍。
