从共产党员到经济学家
取得古巴政权后，卡斯特罗庄严宣告，他和他的人民要为这个崭新的国家，创办一所同样崭新的银行，所急需的，是一个 “好的经济学家”。卡斯特罗想知道，他的同志中，是否就有他需要的人。
又是格瓦拉，他总是习惯第一个举手。让人难以置信，连卡斯特罗也诧异道：“切，我不知道你还是一个好的经济学家！” 格瓦拉笑了：“对不起，我听错了，我以为你说你要的，是一个好的共产党员！”
这不知是事实还是传说。总之1959年11月，格瓦拉被任命为国家银行行长。这个昔日的医生、革命者在一瞬间成为了国家核心管理层中的一员。他还先后当上了工业部长、中央计划委员会委员、经济委员会委员等，成为一个国家经济的掌舵人。
胜利后从战士成为国家管理者，这是许多革命者都必须经历的角色转换。但轮到格瓦拉身上，他虽然雄心勃勃，但其执政业绩却遭致不少非议。
格瓦拉有革命的激情，但却未必有恰当管理国家经济的能力，所有的经济事务在他看来，似乎都能通过革命激情来弥补。作为国家银行行长，他却主张废除货币建立 “不用钱的文明”。从事建设时，他反对“物质动力”，主张消灭个人主义，要求用劳动竞赛来驱动工作。他固然可以身先士卒，但可惜不能要求别人也同他有一样的觉悟。人民归根到底，所要求的还是吃饭穿衣。
1959年在古巴市场上有5.1亿比索在流通，而次年，流通比索的总量就达到了10亿，几个月后更是飙升到11.8 亿，而此时还有约4.7亿面值的比索即将投放。
格瓦拉还曾动员古巴人参加义务劳动。修建学校，码头搬货，去农场种地，工厂做工。记者的胶片一次次地记录下格瓦拉在田间劳动的场景，并被当作一种革命宣传而四处散发。但好景不长，随着人们热情的退却，劳动不再义务。到1964年，格瓦拉所宣传的这种义务劳动已然名存实亡。
古巴是一个缺乏资源的国度，长久以来的经济命脉都是糖业。但在格瓦拉统领古巴经济期间，他似乎完全忽略掉了这一古巴经济的先天缺陷，一味强调劳动积极性，强调革命理想。他治理经济的理念就是一种完全超脱物质层面，讲求精英效应的方式，格瓦拉不止一次地谈到过他的“新人”理论，但这种新人理论超过当时古巴民众甚远，注定无法企及。
在格瓦拉成为工业部长以后，他更是将自己的革命经济理念发挥到极致。格瓦拉从不讨论如何进行“物质刺激”，只是一味强调 “精神鼓励”的重要。他说：“社会应该成为一个巨大的学校”，在经历过社会的“直接教育”以后，人就完全摆脱自身的“异化”得到“全面发展”从而达到“共产主义”的境界。
格瓦拉还在古巴推行工业体化过程，要求各种门类的工业体系都要健全，他理想中的工业古巴将能制造大型船舶、机械，还能利用榨糖的废渣造纸，为工业提供原料。格瓦拉完全忽视了古巴没有矿产，原油需要进口，没有专业人才等一系列事实。他认为只要依靠苏联，这个他所认为的“ 全世界最好的国家”，这一切就都不是问题了。但苏联给予古巴的许诺，在导弹危机后也变得飘渺虚无。
1962年，在格瓦拉担任工业部长一年后，古巴经济开始滑坡，蔗糖产量甚至低于50年代中期500万吨的最低数。大米、玉米产量也大幅下滑，导致卡斯特罗不得不在3月12日宣布，从 1962年3月19日起实行食品配给制。
1964年，针对前两年甘蔗歉收的情况，格瓦拉定出1964年的蔗糖产量应达到 550万吨，1965年应是700万吨，更提出在1970年将要达到1000万吨。工业化道路的失败，只能让古巴选择单一蔗糖经济，但结果只是古巴由美国的“糖罐”变成了苏联的“糖罐”。
格瓦拉未必需要对所有的这些状况负责，但从破坏者到建设者，他和他的同事们，的确有很多东西需要学习。
“完美的人”？
1965年3月，切在埃及开罗和《大金字塔日报》一个记者观赏夜景，一个烟花女子向他暗送秋波。他不顾记者劝阻将这个女子带进了下榻的酒店，还让警卫再送几个姑娘来。
格瓦拉说：“从来没有人规定一个男人必须一辈子和一个女人过日子。不要偏袒妇女，并且认为男人是罪魁祸首，这本身就是瞧不起女人。马克思主义不是清教主义。”看到未婚妻奇奇娜给他的断交信，他说：“我相信她是爱我的，我应当用思想去征服她。她是我的，我曾经跟她睡过觉！”
这些或许仅仅属于私德，那种放浪不羁甚至可能让浪漫青年们着迷。但格瓦拉身上的另一些东西，或许不仅仅关乎他个人。
Fontova的书中一份文件记录了1961年４月，哈瓦德.安德森被处死时，体内的血液被抽干。从古巴逃出的奎斯塔博士和其他一些在南佛罗里达的古巴流亡者也证明了在被处死前，受害者的血液被抽出。这些人并非遭受了什么酷刑，而是被格瓦拉授意，将他们的血卖到了越南。受害人的血液被抽出后就存在血液银行中，然后再运到亚洲。一些受害者因体力不支被抬上刑场，还有一些身体不好的受害者在抽血过程中就死去。
格瓦拉的卖血运动从1961年他担任工业部长就已开始， 这种行为对格瓦拉来说似乎是革命的另一种方式。1967年4月7日，美国人权委员会对这一行为发布了一份详细报告。但在此之前，这一卖血计划没有引起主流媒体和一般学者的任何注意。
1965年，反革命行动在古巴放慢了。肯尼迪与赫鲁晓夫的交易使反卡斯特罗抵抗组织沉寂下来，于是卡斯特罗政权将反革命罪行稍微放宽，变为“反社会分子 ”，而如“行为不轨者”、“有违法倾向者”和“流浪者、无业游民”则是由格瓦拉提出，尤其长头发的青年更是其打击目标。不仅如此，欣赏西方音乐、穿紧身裤、公开的基督教信仰等都会被视作违反了革命道德。关押这些违规人员的劳动营被称作 “帮助生产的军事单位”。而此时的格瓦拉则丝毫没有掩饰自己对高尚生活的喜好，带名牌手表，打高尔夫，更在一年后迷恋上了“甲壳虫”乐队。
格瓦拉对待自己和对待别人似乎永远都是双重标准，而他也似乎是一个矛盾的人。1959年1月4日，在《纽约时报》对格瓦拉的访谈中，格瓦拉就说：“我从来不曾是一个共产主义者。被称为共产主义者给我带来巨大的痛苦。”
与此相似，在格瓦拉任古巴工业经济要职期间，其紧缩政策使很多古巴艺术珍品游荡海外市场。其中一部分是流亡国外古巴人的财产，这些艺术品被古巴政府没收，又私下卖给了欧美的私人收藏者和部分博物馆。其中的绝大多数流落到了美国。对反美的坚定斗士格瓦拉而言，这确为一个悖论。这些艺术品的原主人几乎不可能收回自己的财产。对于他的行为，格瓦拉在1960年3月23日，作为国家银行行长的演讲中说：“为了征服某些东西，我们不得不从某些人手中拿走它。”而他们所拿走的，从美国商人手中换来了20亿美金。
这些光环后的事实，很难和人们想象中的格瓦拉连接起来，人们想象中的格瓦拉是一个圣哲式的人物，但现实中的他，却带有对血的嗜好。真实的格瓦拉和那个符号化的他之间有一条不可跨越的鸿沟，但真实的格瓦拉，才是一个立体的人。
病人格瓦拉
很多人为格瓦拉的死亡迷醉，那圣人般的最后一瞥，让他迅速成为60年代青年人的偶像。但是，恐怕很少有人知道，其实，死亡，正是格瓦拉的独特嗜好。
“他的做法就是在最危险的境地里，用最冒险的方法解决问题……”，古巴领导人卡斯特罗这样评价他的老搭档。如果缺少格瓦拉自己写下的日记，我们现在就很难看到一个走下神坛的格瓦拉。
1967年4月，在和别人谈论作战经验的时候，格瓦拉将他的经验总结为：“仇恨是斗争的一个要素，对敌人刻骨的仇恨能够让一个人超越他的生理极限，成为一个有效率的，暴力的，有选择性的，冷血的杀戮机器。” 格瓦拉在他的早期著述中也体现了这一思想。在他的《摩托日记》中有这样一段文字：“我觉得我的鼻孔在不停的扩张，因为它闻到了火药的强烈味道和敌人的身体散发出的血腥味。”
在其他时候，这个年轻的革命者更是分不清普通的死亡和殉难之间的轻重。1954年格瓦拉在危地马拉写了一封信给母亲，当时，他们亲眼看到革命政府被推翻。格瓦拉在信中叙述：“这真是太有趣了，我看到炸弹，然后是一场场的演讲。这里有太多好玩的事为我平淡的生活带来了乐子……”
人们发现一张格瓦拉在1957年写下的工作部署，这时的格瓦拉和卡斯特罗正从墨西哥转移到古巴。格瓦拉写到：“这里是古巴丛林，我们生龙活虎地战斗着，我们渴望的是敌人的鲜血。格瓦拉认为对敌人绝不能手软，一定要用酷刑。”
1957年格瓦拉枪杀了一个游击队员欧蒂米奥，因为他怀疑欧蒂米奥向敌人透露信息。“我用32口径的手枪解决了这个麻烦，就站在他脑袋的右边……现在，他的一切都是我的了。”杀完人后，格瓦拉如是说。
然后，他又把枪对准一个乡下人，只因为他为欧蒂米奥求情。在完成这一切后，他在寄给父亲的信中写道：“我得承认，爸爸，在那一刻，我发现我真的喜欢杀戮。”
格瓦拉还非常残酷地对待那些不是敌人的敌人，当一个17岁的童军被押到格瓦拉面前时，格瓦拉没有丝毫犹豫地枪杀了他，美国裔古巴作家Fontova在《探寻真实的格瓦拉》一书中叙述了这件事：尽管这个孩子一再求饶，述说自己是一个寡妇的独子，手上从未沾染过鲜血，参加巴蒂斯塔的军队也只是为了那份饷金，好每个月寄给自己的母亲。
一些新的著作披露，在反对巴蒂斯塔的战斗胜利后，格瓦拉的部队开进哈瓦那，他策划处死以及放纵私刑致死的人就有12 个。这些人中包括证据确凿的敌人，嫌疑人，以及一些不该在错误时间在那个地方出现的无辜的人。
格瓦拉在1959年最初的几个月的大屠杀有的与复仇和正义都没有关系，而是理性而冷血的行为。这似乎是他对保护革命成果的一种认识——为了防范复辟。他看到过危地马拉总统阿本斯被推翻，他认为阿本斯的错误在于没有及时处死他潜在的敌人。
在巴蒂斯塔政权垮台后，卡斯特罗让格瓦拉掌管卡瓦尼亚堡监狱。格瓦拉命令他的手下给所有的人定罪，“要用革命的手段毫不留情地铲除敌人。”
Fontova还得到了当时卡瓦尼亚堡监狱牧师沙勿略的证词。沙勿略作为当时安抚这些死囚的牧师，这样描述当时的状况：“那里大概有800个死囚，他们挤在只能容下300个人的房间里。这些人是前巴蒂斯塔政府的宪兵和警察，也有的人是记者，以及少部分的商人……切.格瓦拉负责上诉法庭的工作，但是，他从来都是维持原判——死刑。”“我在 5月就离开了，就我看到的而言，他们处死了55个人……我们称他为屠夫，因为他喜欢杀人……”
1959年年初，一位名叫斯台芬的罗马尼亚记者有幸拜见格瓦拉，会见的地点即在卡瓦尼亚堡监狱的格瓦拉办公室里。斯台芬准时到达，正好听见格瓦拉向他的执刑队下达命令“Fuego”，一个人抽搐着倒下。这位受到刺激的记者立刻离开，并为此写下一首诗歌，题目是：《我不再歌唱切》。据记载，在这次屠杀中，共有600多人丧生。
两个研究格瓦拉文稿的研究员发现了一份前革命军指挥官吉米.科斯塔的证词。他说很多死刑的命令都是格瓦拉的意思。格瓦拉一直坚持 “如果有疑点，干掉他”。甚至在胜利前夕，格瓦拉还命令他的纵队在古巴中部处死了24个嫌疑人。
1959年9月，格瓦拉便不再在卡瓦尼亚堡监狱任职，但他所建立的审判系统却一直在有效地运行。1961年4月17 日，一位名叫阿米莉娅的女青年被当作反革命者处死。圣诞前夜，一名身怀六甲的妇女被处死。据记录共有219名妇女经过审判被处死，其余被处死的妇女则未经审判。在这些被处死的人中还有两名修女。
格瓦拉是检察院的首脑，但很多死刑却未经审判。一名叫帕德罗的古巴军队上尉被法庭裁决为无罪，最终还是在格瓦拉的要求下被执行死刑。格瓦拉的一个亲信，检察官费纳多这样解释这一行为，他说：“我们把死刑作为社会预防的一种手段。”
《探寻真实的格瓦拉》引用的资料认为，1961年，杀戳也不仅仅限于卡瓦尼亚堡监狱以及数十个与之相似的官方死刑场。军队、警察在街头搜索着他们的目标。在6400万古巴人中，有30万人被投入监狱。不过，书中未注明上述数据的来源。
1962年，格瓦拉发表名为“一个年轻社会主义者应该是怎样的”的演讲，他说：“一个年轻人一生中最快乐的日子就是当他把子弹射向敌人的时候……”
