余秋雨无疑是30多年来中国文化界最富争议且争议最为持续的人之一。其主要存于三个方面：一是在“文革”中从事过写作，二是他的文章中有不少“文史差错”，三为“文化人不该上电视”。今次，更添一笔人品低下，其在四川大地震中“事不关己”的言论和其假捐款事件，引发更多挞伐。而余秋雨曾对这些“争议”颇为诧异，认为争议与他写作和演讲的观点无关。
“文化口红”规避道德
1999年文化批评家朱大可在《抹着文化口红游荡文坛》一文中，讲述了在上海文化圈流传很广的一件趣事：在上海的一次“扫黄行动”中，警方从某妓女的手袋里查出了三件物品——口红、避孕套和《文化苦旅》。朱大可认为这具有重要的象征意义：《文化苦旅》与口红、避孕套一样是“日用消费品”，余秋雨的作品就是点缀生活的“文化口红”，并且还是规避道德病毒的“文化避孕套”。甚至获封“文化太监”。
1999年12月，北大中文系学生余杰发表《余秋雨你为何不忏悔》一文，声称据一个“当年同事”的揭发，余秋雨在文革中参加过一个叫“石一歌”的写作组，写过几十篇有严重政治问题的文章，因此是“文革余孽”、“文化流氓”。这篇文章立即引起全国轰动，多数媒体作了报道。
2004年7月底 当余秋雨得知《南方周末》要发表该报驻上海记者写的《余秋雨文革调查》时，一会儿用“自杀”方式威胁该报，一会儿又苦苦哀求他们不要刊登这类文章。（肖夏林：《我所知道的余秋雨“自杀”风波》，《新周报》2004年11月3日）
不和谐的退役之言
余秋雨近十多年受中共官方大力抬捧而再次走红的文人，同时也是被海内、外异见人士斥骂为文痞、犬儒代表者，因而纽约大大小小的中文报纸、杂志在华人社区新闻版面上都曾报导余秋雨。
2000年，余秋雨曾表示：在今年（2000年）完成《自传》后，将比较彻底地告别文坛。但是，近几年，余秋雨频繁出现在政治、文化的边缘，发出了一些“不和谐音”。前南京师范大学学者郭泉则认为：不过，说余秋雨先生“不和谐”是不全面的，因为，至少他和中共是很和谐的，只是时常地与人民不和谐而已。
错误导向为“豪华别墅”
2000年第2期《书屋》杂志刊登了肖夏林所写的针对余秋雨的文化批评文章《文化中的文化》，里面写有“他做深圳文化顾问，为深圳扬名，深圳奉送他一套豪华别墅。文化在这里已是具体的名利”的文字。2000年8月，这篇文章又被收入湖南人民出版社出版发行的《余秋雨现象再批判》一书，随著书的出版批判随着而来。
2003年7月，书海出版社出版金文明《石破天惊逗秋雨——余秋雨散文文史差错百例考辩》一书，指出《文化苦旅》、《山居笔记》等书中存在的差错多达126个，其中“时、地、书、名”差错30个；职官旧制差错3个；“文词音韵”差错 61个，另有由于误书和排校疏漏等所造成的差错16个。这些差错的具体分布是：《文化苦旅》65个，《山居笔记》56个，《霜冷长河》4个，《智者的声音》1个。
是否识字辩音
2006年第十二届“青年歌手大奖赛”中，作为评委的余秋雨因将“仁者乐山”中的“乐”“yao”字读成“le”音，将“杯水车薪”的“车”（che）误读成“ju”，遭到观众的短信挑错。
2008年网友E更总结了三大口误：
针对 “哪个不属于战国七雄”的选择题，余秋雨在点评时对“鲁国”这个答案的解释是“它太弱小”。 随后有观众在网上纠正说：“鲁国之所以未列战国七雄，不是因为弱小，而是因为它已经不存在了。”
点评一个流行组合的回答时，余秋雨评委发出一连串提问：“孔子，字什么？名什么？”答题者没答出孔子字仲尼，是儒家创始人，余秋雨在点评时突然冒出了一句“孔子是战国后期的人”。随后，有观众在网上发帖纠正说：孔子是春秋时期人，生于公元前551年，而战国时期大约是从公元前475年开始的，当时孔子刚刚去世。
余秋雨曾问一位选手：“请说出一位文艺复兴的代表人物。”选手答“但丁”。余秋雨却认为不对。有观众立即在网上留言说：“余秋雨对选手回答文艺复兴的代表人物有但丁感到惊讶，这使我也很惊讶，恩格斯早就说过，但丁是中世纪的最后一位诗人，也是新时代的第一位诗人。显然他应该是文艺复兴的最早代表。”
“故居门”等死了以后
2008年9月上旬，一则“慈溪为余秋雨老宅申报文保单位”的消息见诸于省外几家媒体。报道说，余秋雨在慈溪的老屋，也就是慈溪桥头镇“2层7间房的老宅”已经重新修葺，成为当地著名的景点，而当地文化站也正在努力，争取让这幢老宅成为慈溪市文物保护单位。
一时间“余秋雨故居有可能成为文物”的言论快速传播开来，对此，文物专家、国家历史文化名城专家委员会委员谢辰生表示，名人旧居、故居的核定标准是，故居肯定是人死了以后才能评，目前国内的众多名人故居、旧居都是名人逝世后才评定的。而网上口水四溅，来自民间、媒体、网络的各路评论员亦纷纷发表评论。
地震假捐款
前段时间，余秋雨再度为5．12汶川地震写下《不准继续侮辱中国人》，斩钉截铁的这么回答了批评他的人：“我可以断定，这些人一定没有捐款，没有默哀，没有到过灾区，家人亲族中也没有人参加过灾区援救队和志愿者队伍。”
结果，转头一查资料，原来余秋雨当时口头捐赠的这20万，到目前看还是一个虚拟的景象，遭到网民评论：那座“秋雨希望小学”至少到目前为止比海市蜃楼还要飘渺。人家海市蜃楼至少还有点影子，“秋雨希望小学”基本就是唾沫星子。
