由于54路公交车每晚收班后都要接受多项安全检查以及卫生打扫，因此炸药被推断为应该是当天行驶过程中被人放置的。关于对可疑人员的描述，目前，在乘客中存在多个版本，比较流行的是，云AS2035（发生第一起爆炸的54路公交车）上的乘客赵宁回忆，爆炸发生前，有一名25岁左右的男子在文庙站上车，坐在司机身后第四排位置，该男子手提两个黑色人造革皮包。她怀疑他就是制造爆炸案的凶手。此外，云AS1822（发生第二起爆炸的54路公交车）同样有乘客提到这名"穿黑衣服、灰白裤子，剪平头，手提黑皮包"的矮个子男子。
对于乘客的证词，警方至今没有予以证实，不过，"穿黑衣服、灰白裤子，25岁左右男子"的描述让在第二辆54路上遭遇爆炸身亡的陈大飞备受猜疑，而且，陈大飞被发现一直在冒用其三弟陈仕飞的名字。
记者在昆明小渔村72号找到了陈大飞的女友，她回忆，陈大飞那天穿着"黑衣服、灰白裤子"。"这种穿着很正常。我不知道外界为何怀疑陈大飞是人肉炸弹，他打死都不可能干出这样的事情，他人性格很好，有很好的发展前途，没有遇到不公平的事情，就是一个普通的乘客而已。"女友说，陈大飞那天早上出门时是空着手的，"他平素从不带包。出门时是7点，走到交三桥站要十分钟，那时候第一辆54路已经爆炸了。"
陈大飞与好友吴波办的家具厂现在仍在艰难运转，一个工人告诉记者，家具厂共有9个员工，开办一年来一直亏损，原定每月15日发工资，但7月份的还没有发。对此，陈大飞的二弟认为，任何一家这样的小企业，都可能遇到资金运转困难，"这不能说明问题"。
案发后，警方曾经拿了几张照片给幸存乘客辨认，其中就包括陈大飞的，不过幸存乘客韩先明说，他对这个人没有印象。现在陈大飞身边的人还在接受警方的调查，他的电脑也被警察拿走，女友有些不满，认为警方应该尽快给陈大飞正名。
"陈大飞冒用弟弟名字没有必要过多联想，我们已经调查过，十多年前就开始冒用了，应该与案情无关。" 不过，警方并不愿正面回应是否排除了陈大飞的嫌疑。
