中华民国第十二任总统副总统选举仅有民进党与国民党推出候选人，由谢长廷与苏贞昌代表民进党；马英九及萧万长代表国民党参选，分别为第一号及第二号候选人。
由于本次选举距离立委选举仅有两个月，许多人都以立委选举得票率为这次总统大选的评估指标，泛蓝阵营在上次立委选举不分区中获得约56%的选票，泛绿则为 41%。以目前局部的开票结果来看，绿、蓝双方得票率与上次立委选举相差不大，谢长廷、苏贞昌获得约42%的选票，马英九、萧万长得票率则约为58%左右。
国民党这次是第二次在公民直选中赢得中华民国总统大选，而得票率也较民国85年时李登辉、连战的54％为高。在8年前因为总统选举而从国民党分家的亲民党，由于势力日渐萎缩，之间几度有意合并至国民党，也将于这次选举后正式完成。
与这次总统选举合并举办的"入联"与"返联"两个公民投票案虽然同意者均远高出不同意者，但由于投票率都没有超过半数，所以两案都遭到否决。
号次一号的民进党籍总统候选人谢长廷为美丽岛大审辩护律师，曾任台北市议员、立法委员、高雄市长、行政院长及民进党主席。谢长廷选举与执政经验丰富，除了台北市议员、立委外，他在高雄市顺利当选两任市长，任内多所建树，受到高雄市民好评。谢长廷此次参选以"幸福经济"为主轴，并主张与其他族群与政治竞争"和解共生"。
号次二号的国民党籍总统候选人马英九担任过总统府秘书、研考会主委、国大代表、陆委会发言人、法务部长、台北市市长及国民党主席。马英九早期政治生涯以中央文官为主，并也曾任教于政治大学，生涯后期才参与选举，两次都顺利击败对手，但因为特别费案，成为我国第一位因为贪污被起诉的总统候选人。马英九代表在野的国民党，以"台湾向前行"为竞选主轴，并主张两岸共同市场。
民进党籍副总统候选人苏贞昌曾任台湾省议员、立法委员、屏东县长、台北县长、总统府秘书长、民进党主席及行政院长等职务，地方行政经验丰富。苏贞昌曾经于本次总统大选前与谢长廷一起角逐党内提名，并于初选期间内对重炮攻击谢长廷，但依旧败给谢长廷，随后接受民进党征召，以"长昌配"担任谢长廷的副总统候选人。
国民党籍副总统候选人萧万长曾经担任外交部驻吉隆坡总领事馆领事、经济部国贸局局长、经济部部长、立法委员、行政院长、国民党副主席等职务，虽然长期服务中央，但也曾于民国84年参选过立委并高票当选，不过与其他候选人相较，萧万长选举经验较少也没有地方首长经验，但国民党器重其财经经验与族群特质，征召为本届副总统候选人。
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