有“世界屋脊”美誉的青藏高原对人类与自然的重要性，在于青藏高原不仅是北半球气候的启动区与调节区，其高海拔、大面积的各式独特生态系更直接影响着长江、黄河等流域的稳定性。
废气废物原车回收 降低影响
此外，青藏高原因海拔高、温差极端，整个生态系十分脆弱，根本经不起人为破坏，许多高原土壤层厚度仅一、两公分，遭破坏后需数万年才能复原，青藏铁路兴建环评报告也指出，遭破坏的植被若要重新恢复，时间至少要六十年以上。
鉴于兴建铁路势必破坏沿线动植物生态，工程队伍在兴建青藏铁路格外谨慎，反覆勘查各便道、砂石料场地点，建筑废弃物一律外运并采取逐段移植方式尽量恢复原有植被生态，而为避免铁路切断藏羚羊等野生动物迁移路线，更在西西里、羌塘等自然保护区内设置卅三个野生动物通道，目的是将铁路对当地动物的生态影响降至最低。
在营运后环保部分，沿途各无人车站、警示标志等采用太阳能发电运作，以减少燃油、燃煤所产生的废气，就连过去常见沿铁路排放的“人类废弃物”，也不准排放，全部原车回收处理。
青藏铁路的特殊性在于无前例可循，但最担心的还是通车后大量游客进藏对高原环境造成的伤害，藏人又该如何因应游客的“凝视”。
大草原全成公路 沙漠化明显
“生态旅游”是近十年为兼顾环保与旅游喊出的口号，但夏铸九教授直言道，观光客都有花钱是大爷的心态，当游客要求住五星级饭店、要求去草原开车奔驰时，“环保与旅游该如何兼顾？”
担忧不是没有道理。在西藏那曲地区尼玛县境内因生态旅游盛行，目前已出现一条当地观光业者私下戏称的“全世界海拔最高且最宽阔的公路”：一望无际的大草原上全是到此享受奔驰之乐的旅客，越野车留下的轮胎痕迹，至少上百条。
青藏高原生态系的脆弱性与难以回复性也可从藏药经济看出，过去曾有药商发出口服液制程并大肆收购需十年生长期才能制药的红景天，结果导致该药用植物被挖掘一空，迄今十年仍无法再栽育出一棵新树。
游客破坏青藏高原环境的后果早已在气候上显现，目前西藏自治区的沙漠化土地面积高达廿一万平方公里、足足是台湾面积七倍大，而青藏高原也成为全球重要的沙尘暴发源地之一。
“为何游客到西藏不是体验当地传统牧民生活，而要过现代生活？”夏铸九教授点出关键是“人”如何看待其与青藏铁路、与自然间的关系，这是人类首次大规模进入高原地区，人们必须小心、谦虚地看待青藏铁路对高原环境的冲击，“毕竟谁都没有经验！”
中时电子报
