关于潜艇失事原因，当年大陆媒体笼统以机械事故搪塞世人耳目，而前期海外及其网络媒体的报道多数捕风捉影，甚至胡编乱造。
据参与事故处理的人员事后透露，事实是渔民率先发现361号潜艇出事，潜艇顶部长时间露出水面后没有动静，随海浪漂流的情况后，向军方报告后，北海舰队司令带领司令部人员乘坐舰艇连夜冒着风浪前去查看救援。
当发现里面人员已经死亡多日后，什么行动都没有采取，当即带领就离开现场回到基地睡觉去了。 为什么没有采取任何行动？ 原来这里涉及到中国海军潜艇技术战术的重要机密。
首先，出事海域离开基地不远，附近就是北朝鲜海军基地。海军将此潜艇当误成了北朝鲜的潜艇。因为北朝鲜装备的潜艇同中国海军是同样型号的，又接受的是中国海军一样的训练，连在潜艇上穿的服装都是一样的。两国海军中，所有潜艇人员在出海作战训练过程中都是穿工作服，而不是军服。当时潜艇内一片漆黑，艇外月黑风高又是巨大的海浪。加上艇上人员死亡多日已经发臭，进入艇内查看的人员，发现乘员全部死亡，现场恐怖令人窒息后，便匆匆检查后离开，根本没有详细查看及验证。
而造成此重大处置失误的重要原因是，按照北海舰队的作战记录，这个361潜艇此时应该已经在台湾岛附近潜伏多日了，根本不应该出现在此！
原来，解放军海军学院的技术战术教官教授们，为了让技术落后的潜艇达到满足现代战争的需要，不顾海军官兵的死活，在没有先进的潜艇通讯设备情况下，发明了一种静默潜伏的战术。就是为了避免被反潜侦查定位，采取在潜艇离开港口后不开无线电通讯设备，不同基地联系，提前按照计划进入预定的战场区域停机埋伏，等待战斗开始时候突然出现，已达到突袭的效果的战术。当年，在96年本来准备以台海军演为掩护，计划突然袭击占领金门等台湾离岛的军事行动中，网上和媒体大肆吹嘘的共军潜艇突然出现在美军航空母舰前面的一幕，就是采取的这种办法达到的，而不是海军潜艇有什么过人的技术进步。这是以军人生命为赌注的战术技术。
也就是说，潜艇离开基地后，舰队司令部根本无法了解，掌握，潜艇动向，更不要说指挥潜艇作战了。美国潜艇30年前就已经成熟的通讯技术，我们中国潜艇在2003年时仍还没有，目前是否具备该技术还不清楚。
这个战法，已经在1996年台海危机前后多次使用，基本上海军所有的潜艇都到台湾岛附近演练过潜伏执行任务。所以，这次导致北海舰队司令部认为不是自己舰队的潜艇的判断错误。
直到后来朝鲜方面确认自己没有潜艇在那片海域，才第二次白天登艇确认为361潜艇失事。
博讯记者陆士绅报道称，事故发生后，江泽民震怒，亲自到北海舰队处理。
然而，事情还没有完。在事故原因认定和死亡人员后事处理上发生的事情更加令人震惊。
发生事故后，必须确定事故原因，而事故原因的认定牵涉到谁承担责任。如果是操作失误，责任自然在海军；如果是机械故障，制造潜艇的设计生产单位都将承担责任。然而，在事故责任鉴定时，江泽民安排了全部由地方制造研究单位专家组成的鉴定小组进行责任认定，没有一个军方专家参加，最后自然认定是操作失误所致。
这样的作为，江泽民的用心何在，不得而知。
为此，北海舰队司令及其相关的将领都受到处分。
从事件发生后北海舰队司令部基本上全部被撤换，随后海军司令被撤换，换上了最近又被撤职的王副司令等，可以说中国海军高层全部受到影响。然而，时至今日，被撤换的海军将领和军官们都坚持认为处理不客观公正，这也是今天这个事件秘密外泄的内在原因。
此外，北海舰队希望给死亡的70名官兵以烈士待遇的要求，江泽民也没有同意。只以因工死亡，发放丧葬费打发了事。为此，海军遇难者家属和被撤职查处的军官们均以各种方式表达不满。
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