康熙大帝有许多事迹流传给后世，其中与施琅与间的史事，一直被后世称颂。
施琅是福建晋江人，原是明朝总兵郑芝龙的部下，顺治三年，清军攻占福建，施琅随郑芝龙降清。后来郑芝龙的儿子郑成功占据海岛反清，招施琅一同反叛，遭到施琅的拒绝，施琅的父亲、弟弟、子侄都被郑成功杀害。康熙即位后，施琅被升迁为福建水师提督。此后，朝廷一直任用施琅打击郑成功的海上势力。
康熙七年，施琅上疏密奏，极力要求加紧进攻台湾。此时郑成功己死，其子郑锦继续统治，但因兵部意见不一而未付诸实施。施琅也因此被裁撤了福建水师提督之职，授为内大臣。
康熙二十年，郑锦死，康熙重授施琅为福建水师提督，加太子少保。施琅治军严整，精通水战，了解海上风向气候，所以战无不胜。康熙二十二年，他率军攻打澎湖，眼睛被乱箭射中，但最终取得了胜利，统一了台湾。施琅因功被封为靖海侯。
捷报传来时，正值中秋，康熙大帝非常高兴，赋诗表扬施琅之功，并赐给他御用袍及其它服饰衣服。施琅上奏推辞侯爵，乞请依内大臣故例赏赐花翎，当时朝廷议论纷纷。但康熙命施琅不要拒绝封爵，并依允他的请求赐他花翎。根据施琅的建议，朝廷在台湾设立三个县、一个府、一个巡道。这充分表现了康熙帝对施琅的信任。
康熙二十七年施琅入朝觐见，康熙大帝对他说：“你此前做内大臣共十三年，当时还有人瞧不起你，只有朕对你了解深刻，待你优厚。后来海上寇贼占据台湾、为害福建，朕对你特加擢用，你不负任命，一举歼灭寇贼。有人说你恃功自傲，朕便命令你北上来京。又有人建议应当把你留下来而不要再归遣南方。朕想到动乱之时尚且能够用人不疑，现在天下己平定，难道反而怀疑你而不放你回去吗？现在朕命你仍然回覆原任，你应当更加谨慎，以保持自己的功名。”
施琅攻克台湾后，有人认为他必定要为父报仇，对郑氏大加杀戮。施琅深明大义的说：“孤岛刚刚收复，一旦杀人，恐引起不测。我之所以辛劳苦战，是为了国家重任，不敢因此而顾及私情。”
康熙大帝用人不疑，施琅兢兢业业，更加尽心效力。康熙三十五年，施琅逝于任上。
