南怀仁深得康熙皇帝的信任，常要他讲解西方数学、科学及人文地理方面的知识，并授予他从一品顶带。南怀仁于1688年逝世，埋葬在利玛窦和汤若望的坟墓旁边。康熙继续重用天主教传教士主持“钦天监”的工作，并请几位法国耶稣会修士为自己和皇子们讲授西方天文、地理、数学、科学、人文及宗教知识。这几位传教士在写回本国的书信中，都乐观地认为康熙皇帝已经接受天主教信仰，他下令全中国人民皈信天主已然是指日可待的事，沙勿略(FrancisXavier)和利玛窦等人理想中的“东方康士坦丁大帝”即将出现在“中央帝国”(TheMiddleKingdom)。康熙是否准备皈信天主教，仍可存疑。但从他所作的七言律诗【基督死】的内容看，他对福音书的信息显然有着相当深入的了解，耶稣基督的事迹也明白无疑地打动了他的心。请看他的诗是怎样写的:
基督死
功成十字血成溪，
百丈恩流分自西。
身裂四衙半夜路，
徒方三背两番鸡。
五千鞭挞寸肤裂，
六尺悬垂二盗齐。
惨恸八垓警九品，
七言一毕万灵啼。
这首诗把主耶稣受难的事描述得十分完备，文字简洁、生动。如果没有熟读圣经，绝对写不出来。十字架、彼得三次不认主、鞭挞肤裂、与二盗同死以及“十架七言”等，都有所交代。诗中特别引人注意的是“百丈恩流分自西”一句，的确表明康熙有让中国人民同西方人民一道分享基督宝血所成就的“百丈恩流”的心意。 所谓“礼仪之争”及其后果
康熙几乎接受了天主教信仰，这点在他所写的【基督死】一诗中表达得十分清楚。不过，他所愿意接受的天主教信仰，就是利玛窦所阐释的，与中国的儒家礼教相融合的天主教。其中最有指标性意义的，就是对祭祖和祭孔的态度。利玛窦在深入了解中国的社会文化之后，清楚地认识到祭祖和祭孔在中国人心目中近乎神圣的地位。对于普通老百姓来讲，祭祖是他们最重要的宗教活动，也是他们维系家族传统的有力手段。而祭孔则是当时国家体制中的盛大庆典，与朝廷科举选士制度紧密结合，对于维护皇朝官僚统治体制的传承，有着无可代替的功用。因此，祭祖和祭孔是关系到整个皇朝统治基础的大事，是无论如何都不能废弃的。
利玛窦看清了这个问题的重要性，所以就想要绕开这个阻碍中国人，特别是阻碍士大夫和上层贵族接受天主教信仰的问题。利玛窦借用中国古籍中的“上帝”一词指称圣经中的创造主耶和华神。他指出祭祖和祭孔只不过是表达人们对祖先和古圣先贤的怀念及感恩之情，就像西方人去墓地向故人献花凭吊一般，并没有什么属灵的意义。他甚至认为供在家里的祖宗牌位和孔庙里的孔孟牌位，都只是祖先和圣贤的象征，并没有鬼神或灵魂附在其中。因此，他认为中国人信仰天主教之后，仍然可以参加祭祖和祭孔的典礼，只要他们心中不把所祭拜的对象看成神灵，也不敬献供品就可以了。
自利玛窦提出以上解释之后，在华传教的耶稣会修士都认同他的做法。他们这种对中国传统礼仪妥协的态度，得到康熙皇帝的赞赏，这也是他得到朝廷保护的关键所在。然而，继耶稣会之后来华传教的其他宗派中，有很多并不认同利玛窦所作的阐释，因而一方面在中国与耶稣会争辩，另一方面也去欧洲散布攻击耶稣会流言，尤其是屡次上书给教宗，要求就所谓“中国礼仪问题”作出裁决。当时的教宗先是按多明我会(Dominican)和方济格会(Franciscan)修士的告诉否决了耶稣会的作法(1645年)，后来又接受耶稣会的申辩，认可了他们的作法(1656年)。但是，反对派却一直不服，不断抗争。耶稣会也努力维护自己的立场，并要求康熙作出裁定，康熙亦于1700年11月30日宣布了他对耶稣会的支持，并将敕文寄给教廷。结果，教廷却认为耶稣会让一位世俗君主裁定教会事务是很严重的错误，因而新教宗格勒门十一(ClementXI)于1704年11月20日正式发出谕令，禁止用“上帝”一词称呼造物主，禁止中国信徒祭祖祭孔。1705年，教宗特使多罗(CharlesMillarddeTournon)，要求康熙允许中国信徒遵守“禁约”。康熙先以礼相待，后来因对方态度顽固而发怒，将多罗驱逐出境，软禁在澳门的一处修道院里，直到病死在那里。
教宗又于1715年宣布谕令，再次强调中国信徒不可祭祖祭孔，不可用“上帝”一词，并再派特使嘉乐(JeanAmbroseCharlesMezzabarba)来华，试图说服康熙。嘉乐于1720年11月25日抵达北京，康熙于12月2日召见，次日又设宴款待。12月17日再次召见，明确答覆他拒绝教宗谕令，并在教宗谕令上朱批说:“以后不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事。”嘉乐遂被驱逐出境。
1722年康熙逝世，雍正继位后采取了更加严厉的禁教措施。从此以后，在一百多年里，清廷严禁西方传教士进入中国，直到鸦片战争西方列强用大炮轰开中国国门为止。这其间只有少数天主教宣教士秘密进入中国，在各地活动，信徒人数也大幅度下降。
