巨蟹座的马英九极度保护家人，家庭生活一直保持低调，非常不希望政治入侵，也不让家人涉入他的工作。日常的工作占据了他太多的时间和精力，但父女情深，就是在短暂的访美行程中，也要尽量抽时间看望、陪伴爱女。
父子关系“亦师亦友”
外表温文儒雅的马英九，感情丰富、学识过人，做事很有原则，这和他从小的家庭教育关连甚深。父亲马鹤凌既是马英九的启蒙者，也是仕途上的一面镜子。马英九形容父子关系“亦师亦友”，曾私下说，今天如有少许成就，都是父亲言传身教的结果。
还在马英九少儿时代，马鹤凌就要求儿子熟读唐诗三百首、古文观止、左传、论语等经史百家，并写得一手不输给名家的漂亮毛笔字。
他眼中的父亲，举手投足尽是儒生风范，恪守中国传统道德，却非食古不化，对新思想、新事物仍是宽宏大度地接纳。当连战还有能力和意愿担任国民党主席时，父亲基于心里那份传统礼教思想，出来浇儿子一盆冷水，也就不足为怪。马英九对此了然于胸，一句怨言也没有。
马英九不近黑金、不贪女色、不沾“台独”，人称“不沾锅”，在台湾政坛树立起自身清廉的形象。马鹤凌不止一次说，从儿子身上看到自己年轻时未能看到的希望，也深深期许儿子能完成自己未能完成的心愿，做大事、报效党国，而马英九的杰出表现，让他既欣慰，也感到骄傲。
家庭生活一直保持低调
马英九三十出头就在蒋经国身边历练，见识过宫廷的险恶，深谙洁身自爱的重要性。历史经验也告诉他，把家人扯入政治，不仅永无宁日，且常无好下场。
妻子周美青除了选举时期帮他拉票，一直都谨守分际，闭口不谈马英九工作上的是与非。她很珍惜自己在财经专业的成就，不让自己的专业形象减分。
他和一对女儿感情很好
马英九和他的一对女儿感情很好。在担任“法务部长”期间，马雷厉风行查察贿选，虽然大快人心，也得罪权势之人。尽管民调施政满意度高达八成八，但仍被调离“法务部”，转任“行政院”政务委员，令他感慨万千。这时，大女儿马唯中安慰他：“爸，想开点，其实你已很幸运了，在古代可能会被杀头的。”
马唯中中学毕业，选择赴父亲的母校哈佛大学深造，给了马英九很大的安慰。小女儿马元中赴美读书，他因忙于市政而无暇送行，内心不安、深深自责。他曾惭愧地说，在女儿身上下的工夫，远不如父亲当年在自己身上下的工夫。
稍早前马英九赴美访问，在哈佛演讲后，他便急着去与思念已久的女儿马唯中见面，幕僚称赞他演讲很棒，他心不在焉地笑着说 ：“演讲不重要，女儿最重要！”爱女心切，溢于言表。
