新华社报导说，该补充协定中方从俄方收回了部分被占领土，包括位于黑龙江和乌苏里江交界处的黑瞎子岛和靠近内蒙古满洲里的阿巴该图洲渚在内近375平方公里，双方将各得约一半。
李肇星表示，签署补充协定以及互换协定批准书，标志着协定正式生效，两国长达四三○○公里的边界线走向以法律形式全部确定下来，对两国关系及世界和平稳定具有特别重要的意义。
由于此协定是将把原本属于中国、目前为俄罗斯占领的黑瞎子岛一分为二，中国部分学者认为“这不算双赢”，也有中国官员认为，中国“外交部没必要唱那么高的调子”。中国时报曾评论说，这等于用一套西装换回一件半内裤。更可怜的是，一件半内裤原本就是中国自己的。
国际舆论也称：表面上看中国好像争回了337平方公里的领土，实质上却是损失了144万平方公里，相当于40个台湾或1360个香港的土地。因为协定的确立，变相承认了清朝过去与俄国签订的《尼布楚条约》、《瑷珲条约》、《北京条约》、《勘分西北边界约记》一系列不平等条约，以及1900年被俄国强占的土地。
《苹果日报》评论员李怡在题为〈爱国与卖国－－程翔的“钟国仁”〉专栏中指出：“中俄边界谈判在九一年签署东段国界协定，九四年签署西段国界协定。对这两个协定的内容，中国至今未有公布。去年十月俄国总统普京访华，与胡锦涛签署了 《中俄国界东段的补充协定》，在十月十九日的外交部记者会上，发言人章启月面对媒体两度询问，一律回避，只说‘中俄已就黑瞎子岛的边界走向问题达成协议’。当网友提出质疑的时候，中国当局干脆将‘中俄边界’四个字列为‘黑字’，阻止进入官方互联网。今年四月二十七日，人大常委通过有关协定，但协定内容 从未见中国官方公布，也未见内地传媒报导。昨天，中俄两国外长在海参崴互换协定书，也不见公布协定内容。涉及中国国土的划分，竟然是国家机密，好像与中国 人民无关似的。这实在是二十一世纪最荒唐的‘代民作主’的丑剧。 ”
美国之音报道说，香港明报曾发表多篇署名为“钟国仁”的文章，质疑中共当局在中俄边界谈判上的做法。据香港报界确认，钟国仁就是程翔在明报专栏上的笔名。钟国仁在文章中分析了中国政府为什么不敢向老百姓公布和解释条约的三大苦衷： 一是它表示中共在这个问题上连被它讥笑为卖国而赶下台的国民党政权都不如。二是江泽民在这个问题上比共产党其他领导人都不如。三这个标志着中国正式放弃偌大一块领土的条约，从谈判的过程到最后签署，都没有公开过。
从4月22日至今，程翔一直被中共关押，迟至5月31日中共才公开此案，并声称程翔涉入 间谍活动，程妻刘敏仪则声明否认当局说辞。此案已引起各方关注，海外舆论指出，当局一再黑箱动作，随意罗织罪名，让人对中共彻底失望。
