其时，由于京城政治圈内一些官员也或多或少同情学生，迫使总统徐世昌、总理钱能训无法完全听从段祺瑞摆布，安福系、新交通系压制学生的计划因而不能实现。5月7日，三十二名被捕学生获释。不久，亲日官员也只得引咎辞职，上海和其他地方全面罢课罢市风潮歇止。至此，大家都以为事件已经胜利结束。然而，蔡元培则因事情闹大了，深感到意外，特别为营救学生得罪了当权的亲日派，京中又哗传政府将明令免其校长之职，为缓和亲日派的愤怒，蔡元培不愿因个人去留致使事态进一步扩大，于是，蔡元培5月5日递交了辞呈，8日闻已允辞，别任马君昶为校长。得此讯后，蔡元培担心这一消息发表后，学生会拒马氏到职再起风波，增加学生与政府之间纠纷，自己则有把持地位恋栈之嫌。同时，一位接近政府的友人也警告他：“如君早去，则彼等料学生当无能为，将表示宽大之意敷衍之，或者不复追究也。”〔2〕
因此，蔡元培剃掉长须于5月9日悄然离京，后于《晨报》登了一则广告，引了《风俗通》与《诗经》里的几句话：“杀君马者道旁儿，民亦劳止，迄可小休，我欲少休矣；北京大学校长，已正式辞去。”表示闹大了的五四事件出乎个人意料，乃是社会过高期待，致使北大为满足各方社会呼求而不得不疲于应命。《风俗通》里原语为：“长吏马肥，观者快之，乘者喜其言，驰驱不已，至于死。”蔡元培以被杀之马自喻，表示自己之所以离京实为苦于应接，萌生倦勤之意，亟思休息。事实上，蔡元培也确实身心疲惫，且愤于无聊无效的公文呈递，痛感不自由之苦，“不但为校务的困难，实因校务以外，常常有许多不相干的缠绕，度一种旁苦而无功的生活”〔3〕。
他先到天津，再到上海，最后悄然抵达杭州，寓寄从弟临湖依山之居，后又借寓西湖杨庄。他希望能像传统文人雅士那样，归隐西湖，息心听林，温习德法文，准备翻译一部《西洋美术史》或若干美学名著，决意不再回北大。然而，北大学生却认为蔡校长乃被逼离京，轰然而起学潮，5月19日北京各校罢课请愿，力促政府迎还蔡元培，惩办亲日官员曹、陆、章等人。北京高校的这一罢课举动，迅即获得全国各地学生的响应，事情再次闹大。北大学生组成“南下代表团”，劝请蔡校长回校主持校政，由学生领袖之一的张国焘带队。其他方面“劝回”的代表，纷至迭来，汇集杭州西湖。
虽经多方敦请，蔡元培仍不肯回北大。6月15日发表不肯再任北大校长的宣言，称校长一职须承仰上级官僚鼻息，自己从1916年12月26日接到大总统黎元洪任命出为北大校长，已忍煎受熬两年半，决不愿再尝滋味。蔡元培还在宣言中说：“我绝对不能再作不自由的校长”，认为各方掣肘太多，借民国元年袁世凯之语抨击“北京是个臭虫窠”，对邀请其返校者答以“谨谢不敏”。同时，他在其他场合说自己从来无意鼓励学生闹学潮，学生示威游行，反对接受凡尔赛和约及有关山东问题的条款，乃是出于爱国热情，实在无可厚非。另一方面，他也敏锐地意识到北大今后将不易维持纪律，学生尝到了权力的滋味，为胜利而陶醉，欲望会越来越高，自我约束力则越来越松懈，恐怕越来越难以满足。蔡元培在自述中说： “《易传》说‘小人知进而不知退。’我国近年来有许多纠纷的事情，都是由不知退的小人酿成的。而且退的举动，并不但是消极的免些纠纷，间接的还有积极的努力。”〔4〕蒋梦麟后来评曰：“有人说他随时准备鼓励学生闹风潮，那太歪曲事实了。”〔5〕最后，迫于北大不能没有校长这一现实问题，7月14日，蔡元培与三十四岁的留美教育学博士蒋梦麟面商，请其代表自己到校顶职办差。
果如蔡元培所料，“五四”胜利之后，学生有点忘乎所以，竟取代学校当局，执行起决定聘请或解聘教员的权力来，一旦所求不遂，辄搬出罢课闹事相要挟。教员如束以纪律或考试上要求严格一点，也马上罢课反对，罢课成为学生手中威胁校方与教师的万灵法宝。而且，学生还提出一系列极其过分的要求，如要求学校发放春假津贴以补贴旅行费用，学生活动的经费也要由学校补贴，免费发给讲义等等。他们向学校予取予求，但从不考虑对学校的义务。蒋梦麟描述道：“他们沉醉于权力，自私到极点。有人一提到‘校规’，他们就会瞪起眼睛，噘起嘴巴，咬牙切齿，随时预备揍人。”〔6〕此时的北大，长幼全无，规矩尽失，当年不过二十六岁的梁漱溟也觉察到学生中有些人的自私，对道德规范的败落导致青年任意而为率性而行感到失望，“我们没有法律、司法的意念，……这是我们民族的弊病”
蒋梦麟虽然代行职事，但许多校内纠纷非蔡元培亲往而不能处理，迭经函电交驰敦请，蔡元培只得于9月10日离杭启程，12日抵京，重进北大执掌校政。 1920年冬，蔡元培奉派赴欧美考察教育，于12月底抵法，先后到比、德、奥、意、瑞士、荷兰、英、美考察，于1921年8月中旬出席夏威夷太平洋教育会议后返国。其出国期间，北洋政府久欠教育经费，各校教职员向政府请愿，反遭警卫殴打，故而宣布罢教，各校学生起而声援，迁延数月，北洋政府乃为补发欠薪，表示歉意，各校始复课。蔡元培回国后，对教师罢教大不以为然，召集北大教职员痛责：学校教育青年不要轻率闹事罢学，教职员应为学生模范，岂可因索薪罢教，贻误后生？他坚决要求将罢教期间的薪水交出归公，得到教职员的附议〔8〕。此后，北大再未发生教职员罢教之事。
1922年10月，北大教务会议通过一项议案，因讲义印刷需要费用，规定需要讲义的学生必须先购讲义券，然后才可得到讲义。每学期每门课收入讲义费一元，平均每学期每位学生负担不过六、七元。数百学生马上集合示威，反对此项规定，包围蒋梦麟总务长，要求收回成命。蔡元培闻讯，非常震惊，立即赶到现场，亲入重围，告谕学生必须服从学校规定。多数学生散去，但仍有一些示威学生不予理睬，鼓噪叫嚣，涌进教室和办公室，要找主张这条“可恶规定”的人算账。蔡元培告诉学生，有关讲义费的规定由他一人单独负责。蔡元培气愤极了，袖子高高卷到肘部以上，两只拳头不断地在空中摇晃：“有胆的就请站出来与我决斗。如果你们哪一个敢碰一碰教员，我就揍他！”学生在校长面前围成半圆形，蔡元培向他们逼近几步，他们就往后退几步，始终保持相当距离。往日驯如绵羊静如处子的谦谦蔡氏，这会儿被激怒了，成了一头正义之狮。
学生与围观者渐渐散去，蔡元培回到办公室。可门外仍旧聚着五十名左右的学生，坚持要求取消讲义费，走廊上挤满了好奇的围观者，事情成了僵局。教务长顾孟余出来打圆场，答应考虑延期收费，这才算将事情解决，平息了这场著名的“讲义费风潮”。蔡元培在自述中将这一事件称之为“十八日少数学生暴动”。事后，蔡元培深感焦虑，表示立即辞职。学生们得知后，翌日上午在大礼堂集会，共商挽留蔡校长之策，学生踊跃参加，座无虚席，登台发言者均主张挽留校长，台下嘘声一片，反对者竟至上台殴打，发生冲突。下午在原地重新集会，事前声明系商议挽留校长会议，不同意者不许参加，到场人数更多，一致决议挽留校长，对滋事学生请学校予以处分。旋召集教授会议，决议将为首滋事的学生冯某开除学籍。可是，伤心失望的蔡元培仍然决定赴欧旅行，再由蒋梦麟代理职事。“讲义券事件”后，因北大学生对过激分子的捣乱有所警觉，很长一段时间内再也没有起过风波。
在清华，“五四”过后也频起风潮，张煜全、金邦正两位校长接连被学生列队“欢送”离校，其后的校长罗忠诒则根本未敢到差，便就被学生驱逐了。清华学子梁实秋后来评述：“罢课次数太多，一快到暑假就要罢课。……罢课这个武器用得次数太多反而失去同情则确是事实。……人多势众的时候往往是不讲理的。学生会每逢到了五六月的时候，总要闹罢课的勾当，如果有人提出罢课的主张，不管理由是否充分，只要激昂慷慨一番，总会通过。罢课曾经是赢得伟大胜利的手段，到后来成了惹人讨厌的荒唐行为。” 〔9〕“五四”时期，学生上街游行时砸车烧楼，甚至迁怒于章宗祥之子
