亚洲时报报导,马英九本来是应香港大学和美国民间组织百人会邀请，计划从1月11日起在香港访问三天，并出席研讨会。代马英九申请入境签证的香港大学4日接获通知，香港政府无法批出签证予马英九，但建议主办单位将研讨会延后至四月。
对于马英九被拒到港，两岸三地有不同说法。香港特区政府一名不具名的官员对传媒透露，是次决定跟马英九早前公开反对中国制订反分裂法有关。有关官员又指，现时不是马英九访港的适当时间。马英九去年12月19日公开表示，北京订定反分裂国家法是“不必要和不明智”。中国大陆十届全国人大常委会刚于12月29 日表决通过反分裂国家法草案，将该法律案提交今年三月举行的全国人大审议，完成立法程序。
另外一个坊间流行的说法则认为，马英九被拒入境，可能是因为去年11月在争取“亚洲主要城市网”主办权时，大骂中国大陆政府蛮横，令中国大陆政府颜面尽失有关。马英九11月22日表示，中国大陆透过外交关系对其他国家施压，力阻台北取得主办权。最后，大会经投票后，决定由北京夺得2005年主办权，台北则取得2006年优先主办权来平息纷争。
《中国时报》1月5日引述北京人士称，马英九过去一年言行，似乎已偏离一个中国原则，所以要藉此给予马英九一个警示。消息心士指，共产党并不在意马英九的批评，因为共产党是经得起骂，但却不能接受马英九在一个中国原则上摇摆不定的态度。
台湾总统陈水扁去年12月提出，要为驻外馆处争取正名为“台湾代表处”，马英九12月6日表示，若真想为外馆正名理应将行动默默地进行，私下与各国协调。有一种意见指，这番言论显示马英九也支持正名，只是不同方法而已。
也有一些观察家指出，香港政府拒发签证，但建议香港大学将研讨会改期在四月举行，此举可能与中国大陆在年初都属政治敏感期有关。今年三月在北京将召开中国全国人大和全国政协两会，到时会审议反分裂国家法草案。另外，中国新华社公布，仍担任中国国家军委主席的江泽民，将在两会时辞去现时这项唯一担任的职务，完全退出中国政治舞台。有评论指出，到四月时中国政治局势将较为明朗，到时才让马英九访港的风险系数会较低。
这种意见指出，因为香港是新闻自由社会，很难避免记者向马英九提出有关反分裂法等敏感问题，假如马英九在香港发表有关两岸言论时，香港特区政府难免尴尬。香港政府12月才被中国国家主席胡锦涛当面训示，着令特区班子要“查找不足”，特区官员自然不想在短期再有差错。
不过，这次事件究竟是否香港特区官员自行揣摩上意，还是向中央请示后得到授意，现阶段仍无确切的官方说法，外界也只有继续猜测下去。
不过，无论是北京抑或是香港特区，都可能没想到，这次事件有可能反过来帮了马英九一把。过去马英九因为香港出生身份，加上2001年曾到港与香港行政长官董建华会面，与香港关系较好，曾被民进党人士揶揄为“第一届台湾特首”、暗指马英九倾向统一，有“亲中共的立场”。透过这次被拒入境，北京反而间接为马英九洗去与中国大陆关系良好的印象；就连台湾的行政院，这次也无法不声援马英九，为这位政敌背书。
马英九1月4日对被拒入境表示遗憾，并指若因为自己之前反对反分裂法言论而不获签证，香港政府的做法实属很不智，这与北京希望香港维系不同体制的一国两制精神互相矛盾。
香港保安局局长李少光5日以不评论个别事件为理由，拒绝解释马英九未获发入境签证事件。
邀请马英九出席研讨会的香港大学新闻及传媒研究中心总监陈婉莹形容，不给予马英九签证是一个“不可思议的决定”。
马英九原订1月11日到香港大学，出席“从台北看华文城市兴起”研讨会，12日上午出席台北观光推广活动，下午则到香港科技大学与该校师生座谈，13日上午出席旅美华人团体“百人会”及演讲。
