报导指出，马英九这次未能来港，虽然具体操作单位是香港特区政府，但决策却是来自北京。在此事件中，港府一直只是扮演着仲介的角色。亚洲周刊获悉，其实早在去年十二月，港府已经接获北京“不给马英九发签证”的指示，于是董建华派出密使到台北，向马英九说明情况，并要求马英九对外宣称是由于“自己抽不出时间”，才导致无法赴港。马英九对此无理要求非常不悦，拒绝配合说谎。
报导指出，北京之所以拒绝马英九在此时此刻访港，既和目前两岸关系有关，也和香港的政治形势有关。其中最重要的因素，是去年十二月底，北京“反分裂法”草案提交全国人大常委会审议。这部草案的立法工作，目前已进入如火如荼阶段，相信一经三月召开的全国人大通过，就可以正式成为法律。
报导引述消息人士指出，马英九较早前曾评论过“反分裂法”，认为大陆没有必要立法。所以马英九在这个时候访港，时间上很不恰当，但一旦时机容许，香港还是欢迎马英九的。而这个“恰当”的时机，很可能就是今年四月。其中的玄机就是，三月大陆全国人大结束后，立法工作也尘埃落定，相信也是马英九可以访港的适当时候。
报导也指出，为什在“反分裂法”立法期间，马英九不宜访港？报导引述接近北京的分析家指出，马英九之前曾公开对“反分裂法”作出过负面评论，这时来港，虽说是参加文化学术交流，但马英九能回避本地传媒有关“反分裂法”的提问吗？届时，如果传媒就马英九对“反分裂法”的看法大作文章，而在香港再引起对反分裂法的争议，这对香港本身，对台港关系，对两岸关系，乃至对马英九本人，都并不是好事。
自从港府拒发签证给马英九后，连日来在香港引起不小的风波。台湾驻香港代表鲍正钢曾致电港府，要求说明未发给台北市长马英九签证的原因；香港民主党也致函所有立法会议员，希望联署致函行政长官董建华，要求香港政府重新考虑发出入境签证给台北市长马英九；亲台团体港九工团联合会代表到政府总部请愿，并批评港府这项举动会破坏香港与台湾间的交流和关系。
台北市长马英九原定于十一至十三日来香港访问三天，参加香港大学举行的“从台北看华文城市的兴起”讲座，并发表专题演讲，但因未能取得香港入境签证，香港政府建议马英九访港延后至四月。
无论是透过任何管道表达抗议和不
