接着，大会即开始讨论雅加达宣言内容，马英九代表台北市民向其他会员城市致上最深的谢意，感谢协助台北市取得后年主办年会的优先权，强调北市会尽全力筹备。
北京的退席动作，引起东京都知事石原慎太郎的不悦，他说，如果北京不顾事前的协商，让讨论又回到原点，违背原先达成的共识，非常没有意义。最后主席雅加达省长向北京表示，这已经是最后的决定，希望他们能理解，整个事件才拍板定案。
雅加达宣言除了载明明、后年的主办城市外，包括共同防治传染病流行、共同防止亚洲恐怖主义发生等都列入其中。
“亚洲主要城市网”发表雅加达宣言，列明台北取得主办后年年会的优先权，北京以退席抗议，台北市长马英九会后表示，北京千方百计、挖空心思排斥台湾参与国际事务的机会，令人非常遗憾；北京一天到晚说他们是“和平崛起”，外界看到的却是“蛮横崛起”，对北京形象非常负面。
另据报导，台北市争取亚洲主要都市网年会遭到中国无理打压，行政院对于中国以政治力蛮横干预不涉及主权问题的城市交流活动深表遗憾，行政院全力支持台北市举办亚洲都市网年会，并呼吁国人在面对中国无理打压时应不分蓝绿、团结一致对外。
对于北市取得二○○六年亚洲主要都市网年会的优先主办权，行政院公开肯定台北市政府与马英九市长在争取主办过程中所做的努力。此外，对于东京都知事石原慎太郎等其他会员代表对台湾的支持，行政院也代表政府表达感谢之意。
行政院发言人陈其迈指出，亚洲主要都市网（Asia Network of Major Cities,ANMC）会议，是亚洲主要都市间的联谊性组织，由东亚十二个首都城市组成，成立宗旨在于促进城市之间的合作，并协商交流亚洲各都市间共同面临的教育、交通、文化、经济等问题，根本不涉及政治或主权问题，中国不分青红皂白蛮横干预无关政治的城市交流活动，行政院深表遗憾。
中国时报的特稿分析说，台北在这场两岸城市外交战中，虽略居下风，但塞翁失马焉知非福，台北虽然没有争取到明年主办权，但在其他十个会员国签署保证下，取得后年的主办优先权，台北只是慢一年举办，获得多数会员城市的友谊。
对马英九而言，在这场城市外交战上，力战北京当局，对累积国内政治声望应有积极且正面的帮助；再就明年北京主办“亚洲主要城市网”大会，届时马英九势必亲自与会，由于现行法令规定，地方首长赴大陆须经行政院陆委会同意才可成行，先前高雄市长谢长廷大陆行迟迟无法成行，马英九是否可在明年顺利赴北京与会，政府态度又是如何？大陆是否同意马英九赴北京，都是马英九可以“发挥”的空间。
其次，北市取得后年的“亚洲主要城市网”主办权，尚在马英九最后一年的任期内，届时经由亚洲主要城市首长与会，为他的两届任期做一个圆满的结束。因此“亚洲主要城市网”大会昨日的最后结论，看似对台北有些不公平，但后势却仍大有可为。
海峡两岸主要城市台北及北京，为争取明年“亚洲主要城市网”大会的主办权，经过一番角力后，十一月二十三日终于协商获致原则性共识，以透过会员城市共同签署雅加达宣言方式，明列北京主办明年年会，台北则有主办后年年会的优先权，但北京代表强力反对台北有优先权，经抗议无效，最后以退席表达不满，并未参与宣言的签署。
为确保台北能够顺利取得后年“亚洲主要城市网”大会的主办权，除北京以外的会员城市代表，也另外签署一分共同信函，强调接受后年大会由台北取得主办的优先权，签署城市不争取主办后年年会。
亲自到雅加达与会的台北市长马英九说，台北虽然在争取明年主办年会一事上失败，但其他十个城市都已经表达不会在后年争取承办，台北市一定尽全力筹备，让台北后年的年会圆满成功。
