由于台南市连宋阵营质疑扁吕三一九当天的枪击事件，违反总统选举的公平性，因此向法院提出证据保全的请求，做为未来诉讼之用。
昨上午十点左右，台南地方法院法官洪碧雀与杭起鹤等人由连宋阵营委任律师查名邦随行，前往奇美医学中心执行证据的保全。奇美方面则由法律顾问蔡淑文协助处理，副院长邱仲庆、急诊部主任林宏荣等高阶主管也到场因应。
对于地院的要求，奇美医学中心相当配合，提供所需的资料，经过五个多钟头的调阅，最后查封了病历、Ｘ光、就诊纪录与监视器影像等六项物品。
查封物品包括陈总统的病历原本（共十五页）、吕副总统的病历原本（共十三页）、陈总统的Ｘ光片拷贝片（六张，含三张电脑断层扫描）、吕副总统的Ｘ光片拷贝片（三张）、报告单和申请单影印本（共九张），以及监视系统的光碟（六片）与ＶＨＳ录影带（一卷）等。
其中又以影像部分的调阅作业最为费时，法官查封的是急诊室区与入口的监视器影像纪录，自三月十九日下午一点五十七分起到当晚八点止。
从监视画面可看出陈总统在没有随扈的搀扶下，很坚强地走入急诊室，护理人员立即拉起布幕，展开治疗，也能见到部分吕副总统的就医过程。
法官执行证据保全期间，不少泛蓝支持者前往奇美抗议，并声称握有民进党作票的情资，高喊选举不公，要求医院说明总统枪击的真相，永康分局调集大批警力戒护。
而民进党籍立委张秀珍与南县议员黄伟哲也到场关切，并透过媒体呼吁泛蓝群众要理性、冷静，一切由法律途径解决。
对于外界的质疑，副院长邱仲庆指出，奇美是单纯医疗机构，不论国家元首或普通民众，都以救人第一，绝无政党色彩，而且生病的人，也没有蓝绿之分，希望枪击事件的政治联想能到此为止。
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