据香港媒体报道，中央政府为了更掌握香港实况，身兼中央港澳工作协调小组组长的中国国家副主席曾庆红，便决定在国务院发展研究中心下，成立港澳研究所，深入研究港澳事务，并委托曾任新华社香港分社副社长的朱育诚作领导。
朱育诚在1988至98年在新华社香港分社工作，曾任副秘书、秘书长、副社长，对香港情况较熟识，以及在香港人脉较广，对中央加深了解香港实际情况有帮助。
据了解，曾庆红和朱育诚份属中学同学；而曾对香港中联办的研究工作并不满意，认为对研究的广度和深度都不足够。连中央政策组首席顾问刘兆佳亦同意，港澳研究所的成立反映中央不满有关部门未能掌握香港实况。他接受香港无线电视访问时表示，回归后中央及中央驻港机构对香港研究减少，尤其是针对香港人心态的研究。
据消息人士指出，该所现已正式运作一个多月，并在中国大陆招揽人材，前新华社香港分社社长周南已答应为该所提供意见。
有报道指出，中国港澳系统官员也证实，中央原则上已通过在中心内成立港澳研究所的方案。
有意见认为，促使中央在中联办外另起炉灶的原因，相信是自1997年后中央减少干预香港事务，对于香港问题及有关情况，中央都倚赖香港特区政府及中联办的资讯。但事实摆在眼前，不论中联办及特区政府，都未能向中央提供真正全面可靠的讯息。
香港的官场流传着这样一个政治耳语：“去年七月一日早上，中国总理温家宝结束香港访问要回去国内，董建华向温家宝汇报七一游行情报时指出：估计会有五万人上街。事实上，中央政策组首席顾问刘兆佳当时也是估计七月一日将有五万人上街。可是，北京的国家安全部门的估计却是，可能会有二十万人参加游行。”
姑勿论上述政治耳语是否属实，七一游行当日50万人上街反对董建华，特区政府要向中央报告真实情况的诱因确是甚低。在七月二日，香港的“亲中”媒体，对“七．一游行”竟然只字不提，这也可以在某程度上反映了中联办确实是有“报喜不报忧”的可能。
有意见认为，从胡的办事作风看，他对董建华和中联办不满也是可以理解。中国国家主席胡锦涛1月12日曾提出“要弘扬求真务实精神” 。胡锦涛在去年12月3日，董建华到北京述职时，特别要求董建华 “加强与社会的沟通、贴近民众、体察民情、集思广益”。去年四月，中国中央政府甚至撤换了把北京疫情少报了的中国卫生部长张文康，而张文康甚至曾是江泽民的私人医生。
从该所的设立时间看，现时距离七月一日只有不足四个月，而香港的“民阵”又酝酿七月一日再次举办游行，加上今年九月香港进行立法会改选，有人差测“民主派”可能大胜，届时行政立法关系势必更加紧张。中央政府对香港情况感到担心，也是可以理解。
讽刺的是，较早时有香港“亲中人士”警告，如果香港人在选举中让“民主派”大胜，中央不排除会“另起炉灶”；某些“亲中人士”一直寄望中央再次上演1997年临时立法会取代港英立法局的另起炉灶”戏码，让他们再次被委任加入治港行列；这些人的企图未如愿，但中央却先行另一种“另起炉灶”。不少香港市民认为，要欺上瞒下，其实也不是那么容易。
