针对公民投票法，台湾朝野共有五个版本交付审查，自星期四下午4点半起，立法院展开逐条表决。
其中较具争议性的第二条条文，民进党籍立委蔡同荣版本、亲前总统李登辉的台联党版本，提议将“国旗”、“国歌”、“国号”及“领土”变更列入公投，但表决结果都遭到否决，最终通过的是不涉统独议题的国亲版本（即国民党、亲民党的泛蓝军版本）。
国亲版本规定的公投法适用范围包含：法律之复决、立法原则之创制、重大政策之创制或复决、宪法修正案之复决。
其他各项条文的表决中，泛蓝军占立法院席次较多的优势，大多通过的是国亲版本。包括，公投的发动权应只限于人民（有一定的联署人数规定），政府机构无权提出公投；以及，设“公民投票审议委员会”，来决定公投议题等。
“防御性公投”
不过在第十五条条文，则是通过民进党政府所提出的“防御性公投”条文（所谓行政院版本）。
“防御性公投”内容，是在“国家遭受外力威胁致领土有变更之虞时，可由总统经行政院院会就国家安全事项进行公投”。
舆论一般认为，这是指北京当局一旦对台动武，台湾即可发动公投，由民众决定是统是独。
除这条“防御性公投”条文之外，台湾这次公投立法几乎通过的都是国亲版本，因此有媒体称为“泛蓝军大获全胜”。
支持公投立法的台湾群众
“复议案”
不过立法院外持续守候一整天的大批独派民众，则相当不满。台联党立法委员除到群众前“致歉”之外，也召开记者会，抨击国亲版本的公投法将“窒碍难行”，希望行政院能提出复议，重新来过。
民进党立法院党团方面，也指责国亲版本的公投法并未真正做到民主。
另一方面，亲民党立法院党团同时也召开记者会，呼吁行政院尊重国会决议，不要提出复议案。在表决结束后，朝野双方持续“交战”。
受到公投法周四“表决大战”的影响，台北股市这天大跌120点。而国防部军事发言人黄穗生则在面对媒体询问时，向外界“信心喊话”表示，根据国军掌握，共军目前仅有例行性活动，没有异常，台湾国防部有万全准备，对共军动态也都严密监控、长期掌握。
整体而言，这次台湾公投立法通过以国、亲两党为主的版本，有评论者认为，是暂时拆除了敏感的统独烽火“引信”，但行政院是否会提出复议案，泛绿军有何反扑动作，朝野是否另辟修宪“战场”，以及中国大陆、美国方面的反应，都是得持续观察的重点。
