其中最值得重视的问题是，ＳＡＲＳ防疫过程中，党、政与军事体系不同步现象，严重暴露了当前中共党军结构中二元化的制度性问题。问题的核心在于，中共国家主席、党的总书记胡锦涛没有权力调动解放军，而只有军委主席江泽民可以亲自批准。至多，身兼军委副主席的国家主席兼总书记胡锦涛，只有建议权。
其实，这几天，北京内部对于解放军与江系人马自外于ＳＡＲＳ防疫工作的不满声浪已逐渐高涨，甚至有消息指出，北京ＳＡＲＳ防疫网的解体已至于疫情一发不可收拾，北京的军医院负有不可推卸的责任。北京三○一、三○二、三○九三个军医院收容大量ＳＡＲＳ病患，却始终自外于政府的医疗体系，而军医出身的原中共卫生部长又刻意掩饰军医院的疫情，才造成今日北京防疫之艰难。
日前美国“华盛顿邮报”发自北京的报导更透露，中共国务院总理温家宝在巡视北京疫情时，曾批评中共解放军隐瞒疫情。更早以前，解放军医出身的老军医蒋彦勇不惜严重违返军纪，直接向美国“时代杂志”透露北京解放军医院的内幕，亦说明了军方的严重失误。
严格的说，当前中共军队与地方分属“军、地”两个系统，各有所属确实易于出现不易协调之处，北京市政府无法管理北京的军医院仅为问题之一段，这在全大陆各地均是如此。问题的严重之处实在于，中共一再宣称的“党指挥枪”原则，在ＳＡＲＳ疫情中，已明确的看到解体的命运。北京市政府无法管理军医院，这问题还不算太大，最严重的是中共中央总书记、国务院总理也无法直接指挥北京的军医院。所有解放军、所有解放军的军医院，均听中央军委主席江泽民的。
形势的发展已相当明显，当前中共党、军二元化的结构，使中共国家与党的最高领导人无权指挥军队，在防治ＳＡＲＳ方面事小，权力结构的二元化问题事大。
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