对公务员打击最大的是董建华一意孤行，推行高官问责制。
让我们先来看看高官问责制到底是什么？董建华于前年十月的《施政报告》中，已曾宣称要推行这个行政结构改革，但却一直讳莫如深。直至今年二月七日，董建华到立法会回答质询，重申此项改革要在七月一日（即他的第二届任期开始之日）推行。随即立法会举行连串冗长的会议，讨论实施的方案，但出席的政府官员在回答议员的查问时，对有关内容仍然说得不清不楚，可见构思还是不成熟的，但却坚持于七月一日开始实施而不改。
这项改革的主要内容是：在原来政务司司长、财政司司长、律政司司长之下的十三个决策局，改为十一个，并直接向行政长官负责，如决策失误，须负上政治责任而辞职。这十一个高官一律以合约聘用，任期不超过任用其为部长的行政长官的任期，可由公务员或在公务员以外物色。未被任用为部长的原来决策局局长，改为该部的常务秘书长，须听命于局长而负责政策的执行。
舆论的批评如下：一、董建华是由小圈子选举产生，他不必向选民问责，由其任用的部长却要向市民问责，这只是一句空话。二、他大权独揽，把本来是公务员之首的政务司司长驾空了，直接管辖全体公务员。三、他藉此清洗港英留下来的高官，引进亲中共和财团分子，使特区政府更为听从北京和财团的意旨。四、由于决策者是这样的一群，缺乏立场中立的传统公务员制衡，决策的倾斜和失误会更为严重。
对高级公务员士气的影响
董建华提出这样的改革，理据是：一、过去由于负责决策的局长是长俸制的公务员，即使犯了错误，也不可撤职。二、他要物色理念相同的人组成内阁，这样才能提高效率，改善施政（一位身为人大代表和香港基本法委员会委员的北京宠臣，说得更露骨：高级公务员中有一些坏人。这对现任高级公务员的士气打击很大。）
首先，把过去几年的决策失误，完全归咎于他们，是公道的吗？那些重大的失误有：八万五的建屋计划，使地产市场一蹶不振；不检控胡仙；邀请人大释法，破坏了香港的司法独立，颁授紫荆金章给六七年暴动头子杨光，社会哗然；不通过正常的投标，把数码港私相授受：一口气提出要把香港建成十多个中心，结果一事无成；教育改革越改越乱，教师怨气冲天；福利机构一笔过拨款，工作人员逆来顺受，敢怒而不敢一言；等等。这种种，有哪些不是董建华亲自拍板或经其首肯的呢？现在，言下之意却要高官“损钟”，他们能服气吗？
其次，倘非得到董建华的青睐，现任的高官将不能高升为部长，有碍仕途，而且还要听命和受管辖于董任用的亲信之下。这样，即使不萌去意，也会采取“做一日和尚敲一日钟”的心态。
再其次，负责全体公务员的升迁和赏罚的公务员事务局局长，改为十一个向董建华负责的部长之一。这样，董建华便可以直接插手公务员事务，实无立场中立可言，升迁和赏罚的程序和规例都会受到破坏，助长了看风驶舵和趋炎附势的风气。
最后，从公务员以外物色而来的部长，不熟悉政府的运作，倘是亲中共或财团分子，不是那一套左倾思维，就是商业思维，与原来公务员的思维相左，难于合作。
政府内部火头处处
五年来，董建华政府民望低沉，作为他的下属的整体公务员的心情和士气也不会好的，现在再受到高官问责制和减薪的冲击，上、中、下层都同时受到触动，正面临分崩离析的局面。
另外，上月廉政专员公署和警队发生了公开“骂战”，更属不寻常的事件。看来，政府内部有处处火头之势。
特区政府不是单由董建华和他的几个亲信组成，上、中、下层的公务员才是主体。在他连任五年的交接之际，公务员队伍中出现了这样的情况，未来五年的香港，实难使人乐观。
