布什“9·11”后签署密令
恐怖袭击发生的第二天，中情局局长特内特先生将他的部下召集到总部大楼的隔音会议室内，心情沉重地说：“我们没能阻止这场可怕的袭击，对我们来说，现在最重要的工作就是找到这个可恶的敌人－－一个禽兽不如的家伙。”美国总统布什随即签署了一份保密令，授权中情局消灭“基地”组织高层领导人。
然而中情局此时的资源状况根本无法胜任这个工作。冷战过后，中情局对于美国国家事务的参与程度就一直在下降，政府预算也大幅削减。到90年代中期，中情局行动处的特工人数缩水25%，很多长期潜伏在海外的特工都被召回本土，负责招募间谍的官员也不像从前那样活动频繁，只偶尔才出国转转。每年中情局新招募的情报人员不过几十个。
在欧洲，中情局已经停止招募为他们提供伊斯兰极端组织信息的阿拉伯间谍。巴基斯坦原是中情局最大的海外基地之一，但此时潜伏在那里的多数情报人员也因为苏联从阿富汗撤军而回到了本国。
因此，当“9·11”恐怖袭击发生时，中情局剩下的雇员不是快到退休年龄的“老头子”，就是没有任何实战经验的新手。
为反恐大举招募人才
鉴于上述情况，2001年9月17日，中情局情报处负责人詹姆斯·帕维特通过总部的电视闭路系统宣布了改组方案，开始了中情局自1947年成立以来规模最大、速度最快的改组。
首先中情局成立了一个7人“反恐特别行动小组”，作为这次行动的总指挥，由实战经验丰富的前特工科弗·布莱克担纲。严重缩水的工作队伍是中情局当时面临的最大问题，为此中情局从该局其他部门紧急抽调了数百名雇员加入这支反恐队伍。一些久负盛名的退伍特工也受到老东家的邀请，同意回来助阵。此外，中情局还从退伍军官中招募了许多优秀人才，组成一支准军事行动小组，凡是去过阿富汗、掌握相关语言的军官都被揽到了旗下。
随后，中情局对这些新招募的人进行了突击培训，课程包括后勤、通讯等多项内容，当然最重要的还是让他们明白这次的任务究竟是什么。
为特种部队打前阵
9月底，第一支经过培训的中情局反恐特别行动小组就出发了。他们驱车从巴基斯坦进入阿富汗，在北方联盟的后方班吉沙山谷扎营。不久，许多经验丰富的退伍特工也加入了这个行列，他们迅速组建起多支情报小组潜入阿富汗内部和周边国家，每个小组的负责人都通晓普什图语或是达里语(阿富汗的两种主要语言)，小组中至少有一人懂武器使用和后勤学。第一阶段总共有约100名特工在美国特种部队之前进入阿富汗，为美军提供情报、寻找安全的驻扎营地。同时他们还负责侦察塔利班和“基地”组织的位置，用武器和礼物向当地军阀示好。
一开始，美国情报人员的出现令阿富汗北方联盟深感不安，他们无法确定美国人这次究竟出于何种目的，于是美国特工安慰他们：“我们来这儿是为了消灭‘基地’组织，帮助你们击败塔利班。”
北方联盟内部的矛盾是令特工们最为头疼的问题，为了让这些军阀团结起来对塔利班作战，中情局必须在他们中间扶植起一个领袖。90年代末，中情局曾经大力栽培马苏德，每年向他资助5万美元，但为了掩人耳目，这些钱都是通过英国人转给北方联盟的。可是就在“9·11”袭击发生的三天前，马苏德突然遇刺身亡，中情局不得不重新培养另一位军阀法希姆。
当美军特种部队10月中旬乘直升飞机抵达阿富汗时，中情局在短短半个月内已经同当地军阀建立起关系，并为特种兵准备好了安全的营地和大量有价值的军事情报。
“007”阿富汗建功
此时的中情局再也不是过去那个囊中羞涩的角色了，它的每个小分队都拥有大量资金，用以收买军阀和开展其他活动。最开始，中情局付给那些可以召集到士兵的军阀的酬金是5000美元，后来这个数目变成了10万。一位中情局官员透露：“我们同每一个可以联系到的军阀接触，后来(随着酬金上涨)，他们开始主动联系我们。”几个星期的时间内，中情局就召集起了一支3000多人的反塔部队，为美军冲锋陷阵。
据统计，从反恐行动开始，中情局共派出了几百名特工，花费高达数百万美元，而这些特工为推翻塔利班也是不遗余力。据说，带领第一支特别行动小组进入阿富汗的老特工11月回到美国的家中时，体重整整轻了20磅。在阿富汗战场上阵亡的第一个美国人也是中情局的特工。在这些“007”的帮助下，美国以摧枯拉朽之势取得了军事行动的胜利。
中情局所取得的上述成就，都得益于“9·11”后的这次突击改组。情报人员的工作效率大幅提高，有人形容，他们在短短几个月内所取得的成果甚至比几年来的总和还要多。
拉丹仍是中情局心病
但是在追踪“基地”组织的行动中，中情局的工作却进展得很不顺利。早在“9·11”发生的五年前，中情局就盯上了本·拉丹，但由于当时资金和人员有限，他们除了跟踪拉丹的卫星电话外并未采取更多实质性的行动。后来，这个方法被媒体曝光后，拉丹就不再用这个电话了。
另外，由于“基地”组织纪律性极强，即便是经验丰富的老特工也很难渗透进去。自开展反恐行动以来，中情局在追踪“基地”分子上只有两个较大的收获：一是其无人驾驶飞机追踪到了拉丹头号助手阿提夫的下落，帮助美军除掉了一个心头大患；再就是挖出了三号人物祖巴耶达赫的下落并将其抓获。
据称，由中情局资助的一个阿富汗情报机构目前正在同拉丹的一个儿子联系，希望他能够提供父亲的下落，但最起码到现在为止，他还没有背叛自己的父亲。
