中共外交部发言人朱邦造指出，美国希望中共支持打击恐怖主义活动，中共也有同样理由要求在打击民族分裂和恐怖主义的斗争中，得到美国的理解和支持。这句话被西方媒体解读为，中共希望以支持美国对阿富汗动武为条件，换取美国支持中共打击疆独、藏独及台独。不过，朱邦造随后公开宣称，美国军售台湾与反对恐怖主义是不同的问题，中共不会在此问题上与美国交易。同时，中共国务院台办副主任王在希在“九一一”事件的第二天已明确表示，美国受到恐怖份子袭击，对两岸关系不会产生直接影响。
由此看来，被中共视为“五毒”之二的疆独和藏独运动，才是中共当前最感头痛的问题，因为独立问题挑战了中共维护主权与领土完整的决心，这些民族分离主义成员提出的人权及民族自主口号，受到世界各国关注，增加中共解决两地区问题的难度。
流亡海外的西藏精神领袖达赖喇嘛多次强调，他所追求的是西藏的真正自治，希望维护西藏独特的宗教、文化与语言，并且保障西藏的人权，同时希望与中共对话解决西藏问题。但是中共多年来不断鼓励汉人大量移往西藏定居，被西藏人视为意图消灭西藏特有的语言和文化，达到巩固中共政权的目的。中共并且声称，除非达赖喇嘛公开承认西藏是“中国”的一部分，也声明台湾是“中国”的一省，否则北京不会与达赖喇嘛进行对话。
西藏问题在中共的严格控制下，近年来并未出现失控的暴力抗争事件，不过，中共已经注意到，随着时间的推移和形势的发展，一批在西方国家受过现代教育的原西藏贵族子弟，正逐步接掌流亡政府。由于他们了解西方的政治体制和当代国际关系准则，强调要对中共开展“合法斗争”，并与西方社会各界密切联系，活动手段更加多样化，对中共稳定西藏、打击藏独势力构成严重的新威胁。
新疆问题比西藏更加严重，中共新疆社会科学院中亚研究所所长潘志平指出，目前有恐怖主义、分裂主义和极端宗教主义三股势力影响新疆的稳定，新疆正处于与这三股势力斗争的第一线。
新疆位于大陆西北边陲，与外蒙古、俄罗斯、哈萨克、吉尔吉斯、塔吉克、阿富汗、巴基斯坦及印度八个国家接壤，边境线长达五千多公里，外在环境十分复杂。再加上新疆境内有多种民族聚居，还有众多的伊斯兰教信徒，与外界有历史传统的联系，地缘政治因素影响新疆的安全稳定。
根据中共的分析，新疆维吾尔族独立分子成立了以建立伊斯兰国家为目的的组织，并在新疆各地设有秘密联络点和据点。以宗教教义做为掩护的民族分裂主义活动，在新疆有很强的号召力和凝聚力，加上独特的文化、语言、生活习俗和居住环境等因素，为独立运动提供了天然的屏障和保护，增加中共防范和打击民族分裂势力的工作难度。
最令中共困扰的是，九十年代以来，新疆民族分裂主义势力十分活跃，已经在当地发动若干起武装暴动和骚乱事件，而且在国际的支持下，大陆境外的民族分裂主义势力已经联合起来，与境内势力共同进行活动。不过，从事新疆民族运动的东土耳其斯坦信息中心负责人迪里夏提强调，他们争取的是改善新疆人权，虽然同属回教世界的一部份，但他们却反对恐怖活动。
事实上，发生在巴尔干半岛的科索伏战争曾经引起中共强烈的危机感，担心美国以保护少数民族人权为理由，将武力干涉南斯拉夫的模式，运用在干涉西藏及新疆等地区的民族矛盾问题上。中共为此考虑重新调整政治、经济、军事和外交战略以及处理内部民族问题的态度，包括实施西部大开发战略、适当调整民族区域政策、加强新疆和西藏在经济上与大陆其他地区的联系与合作、结合俄罗斯和中亚国家成立上海合作组织解决边境问题等。但是中共透过极权统治手段控制少数民族社会发展，才是当地抗争事件不断的主因。
美国遭受恐怖份子袭击引起世人震惊，恐怖主义已使人类社会的安全面临严峻挑战。中共自认为也是国际恐怖主义的受害者，在美国寻求合作之时，将支持美国打击恐怖主义做为筹码，希望美国不再反对其对新疆与西藏的镇压活动，进一步将民族独立运动“消灭在萌芽状态”。然而，有关资料显示，过去中共向中东地区销售武器企图削减美国影响力，暗中鼓励回教恐怖主义的做法，证明极权中共才是世界和平的最大威胁。
