進化論對於批評意見的反駁本身存在著很大的缺陷。(圖片來源：Adobe Stock)
對於進化論，從它出現以後一直有著反對的意見。其中之一就是物種的進化證據不足，因為進化的本身缺乏中間過程的物種進化證據。對此精緻進化論的反駁立場是，物種進化是非常緩慢的，它經過漫長的時間只變化一點點，物種的改變雖然是普遍的，但物種進化需要很長時間，所以不可能被人類觀察到。而且因為時間的漫長導致了化石有所缺損，因此無法收集到完整的化石記錄來證明物種是逐漸進化的。
但是最近的發現卻顛覆了達爾文的逐漸進化論。在北美，馬的5千年進化現象曾經是逐漸進化論的一個典型性的教科書案例。馬的祖先在其進化論模式中是每一代的牙都比較長一些和複雜一些。而馬的臉會更長一些，馬的中間腳趾更突出，這個模式看似強有力地證明了生物是漸漸進化的。
但是所出示的化石證據卻揭示了一個相反的事實，即馬的變化不是連續緩慢進化的，而是其中每一個特徵都保持了上百萬年時間，然後突然變了。比如，已滅絕的四腳趾曙馬曾經穩定地出現了上百萬年，然後忽然出現了三隻腳趾的中新馬。在北美，馬的化石沒有出現一個從四腳趾馬到三腳趾馬的變化過程，只有四腳趾馬化石和三腳趾馬的化石，連細微差別的馬化石也沒有發現。
以上用來支撐達爾文進化論的經典教科書案例足以說明逐漸進化論是不存在的，至於達爾文自己說的由於進化時間漫長導致化石的缺失，這個解釋有待今後的生物學家考察。找不到化石可能是時間漫長導致缺損，也可能根本不存在中間過程的化石，至少目前沒有被發現。1972年古生物學家斯蒂芬和尼爾用北美馬的例子，站在進化論的立場上提出進化是突變而非逐漸。以下例子說明瞭進化過程很快，快得可以使人觀察到。
有一種雲雀分長嘴雀和短嘴兩種，短嘴雀只能吃很小的種子。有一年乾旱導致了沒有小種子，食物的短缺導致很多短嘴雀死亡，長嘴雀存活下來了。但是等到雨量充沛的時候，又出現了短嘴雀。生物學家發現，第二代的短嘴雀相對於它們的第一代嘴比較長。還有很多發現顛覆了達爾文逐漸進化論，認為進化和變種是突發的，快得足以肉眼可以觀察到。畢竟一個基因的改變就足以使單翅蒼蠅變成雙翅。
儘管達爾文逐漸進化論的最大缺陷是沒有中間變化過程，但他的理論被大家奉為經典真理，即使以後發現的化石無法證明生物是進化來的，生物學家還是站在進化論角度上解釋進化是突發而非逐漸，他們否認逐漸進化論非進化論本身。
在此提醒大家，解釋非事實。對於同一事實可以有不同的解釋，比如第一例北美的馬，它們有沒有可能是四腳趾馬出現了上百萬年消失後出現了三腳趾馬？而非四腳趾馬進化成三腳趾馬？第二例的雲雀案例只能說明生物隨環境變化而變化，但不足以說明進化本身。
好比被當作寵物的貓狗比自然界生存的同類肥胖，捕食能力差，但肥貓還是貓，胖狗還是狗，而非成為新的物種。或許未來的生物學家會從新的角度從內部來突破進化論的框架而重新解釋物種的變化，由此來解釋生命的起源，從而回答古老而又是人人想知道的問題，生命來自哪裡？人類來自哪裡？不過進化論的根本缺陷所在好像還是無法突破的。
