大豆對健康有許多益處。（圖片來源：Adobe Stock）
大豆含有名為「大豆異黃酮」的植物雌激素。研究發現，「大豆異黃酮」與不同雌激素受體的複雜關係，使其在乳腺組織中具有抗雌激素的正面效果，對於骨骼也有模擬雌激素的益處。
基因改造食品
有些人會對於大豆有基因改造的疑慮，美國農業部對於「有機食物」禁止使用轉基因生物技術。
當有機大豆農場附近有轉基因的大豆農田，必須做好防護措施，避免發生花粉交叉污染。對於農田的檢測中，轉基因大豆出現在鄰近的有機大豆田中的機率僅有0.1%到0.5%之間，10公尺距離以上的鄰近農田不會被轉基因大豆所影響，因此所有大豆有基因改造的猜測沒有科學根據。
蛋白粉的選擇
許多蛋白粉使用濃縮大豆蛋白與和分離大豆蛋，這些大豆食品遺失原有的大部分營養。
攝取大豆蛋白粉能夠增加血液中的類胰島素生長因子，通常是動物蛋白能夠增加，所有植物蛋白就屬大豆蛋白的氨基酸含量與動物蛋白最相似，因為如此大豆蛋白粉比其他植物蛋白更容易增加類胰島素生長因子，而相比乳清或其他動物蛋白，大豆蛋白對於類胰島素生長因子的影響也比較小。
致癌的疑慮
雌激素會使乳腺癌細胞增殖，可能導致罹患乳腺癌的風險提高，因此早期認為大豆食品與乳腺癌可能有所關聯。
隨著許多研究的發現，這項疑慮被打消，以大豆為主食的亞洲國家發病率遠低於美國，一些研究的結果沒有表明大豆會導致乳腺癌風險增加，反而是下降的，能夠預防乳腺癌初期發生，並降低死亡率，在青春期攝取得到的保護力最好。
另外，在2009年的《營養與癌癥》分析中發現，較高的大豆攝取，能使前列腺癌罹患風險降低26%，大豆還能夠降低肺癌、胃癌與結直腸癌的罹患風險。
男性出現女性性徵
有篇報導稱有男子發生乳房腫脹的現象，他半年以上每天喝下接近3公升的豆漿，但他停止過度攝取的行為後就停止了。正常人對於任何一種食物都不該攝取過量，即便是遠高於西方國家的亞洲國家也是，男子對豆漿的攝取量是正常的7到8倍之多。
美國聖凱瑟琳大學的一項研究中，配置15組安慰劑對照組的實驗，對於大豆食品、大豆蛋白或大豆異黃酮攝取進行分析評估，發現男性的睪酮水平、雌激素水平或精子質量並未受到顯著的影響。另外對於大豆造成潛在女性化影響的研究得到樣結論，近期對於體外受精的夫妻的觀察性研究發現，大豆食品與大豆異黃酮的攝取量對體外人工受孕成功率沒有影響，表明大豆攝取量對男性生育能力沒有負面影響。
發酵的大豆食品
大豆含有植酸鹽，曾被認為是抗營養物，最近發現植酸鹽有益身體健康，特別是骨骼健康。
大豆中的纖維與抗性澱粉為腸道細菌提供養分，這些碳水化合物在結腸中發酵，會導致一部分人產生脹氣或不適感。發酵的大豆食品可能減少不適感的發生，但也會減少有益的益生元纖維，另外發酵的大豆食品可能獲得更多的大豆異黃酮，不論有無發酵的大豆都具有相當的營養效果。
大豆的攝取
許多說法都談到最低限度的大豆攝入量與降低罹癌風險有關，但是不意味著將大豆當作基礎飲食是最好的，攝取其他多樣的營養食物獲得保護性也是至關重要的，每星期攝取2到4份大豆是合適的份量，不含任何添加劑與加糖的豆漿可以製作冰沙或沙拉醬；醬汁，偶爾攝取如黑豆、扁豆、毛豆等其他豆類也相當重要。
