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由あばさ所拍攝的三內丸山遺蹟土偶。（圖片來源：維基百科 公有領域）
公元1877年，美國學者愛德華•摩斯從橫濱赴東京的途中，偶然看見一個露天的貝丘，因此發現繩紋陶器的存在，1萬年前的繩紋時代也開始被人們所知曉。
繩紋時代
繩紋時代是指日本的舊石器時代末期到新石器時代，關於它的開始時間，學術界的論點眾說紛紜，從1萬6千年前、1萬3千年前到5千年前的說法都有。日本考古學協會將日本石器時代出現的兩種文化定名為「繩文時代」與「彌生時代」，從公元前3世紀前後，大部分地區已進入「彌生時代」。
繩紋文化的遺蹟廣泛分布於北海道至沖繩的日本全境，因繩紋陶器而聞名。例如位於日本北海道和北東北的「日本北部的繩紋史前遺址群」，是「世界文化遺產」的一員，這時期出土的陶器被認為是日本最古老的陶器，有17處遺蹟分布在山區、丘陵、平原、海灣與湖泊各種地理環境中。
石器與陶器
繩紋時代早期的石器以打製製成，例如石斧或是石槍，到了中後期時，磨製石器慢慢變成主流，當中的定角石斧流行於日本地區。
繩紋文化最知名的陶器，除具有飲食或貯藏等一般用途，還有著宗教儀式與喪葬祭品的意義。這些陶器隨著生產的時期、地點的不同，會表現出完全不同的特色，有尖底深缽形器、底圓筒形陶器與缽形陶器等陶器，表面則有各式各樣的形紋，千奇百怪的陶器曾在不同時間、不同地區流行過。繩紋時代晚期，東北地方流行著龜岡式陶器，而西日本則是流行無紋陶器。
值得一提的是在繩紋文化遺址中，發現與中國大汶口文化一模一樣的帶孔石斧，還有具中國古代文化的陶器與飾品，這代表繩紋時代的日本與古代中國在石器與陶器上曾經存在密切的交流。
生產活動
繩紋時代的日本人主要進行狩獵、捕魚與採集活動，已經出現魚叉、漁網與獨木舟等工具能夠使用，日本存在的1900多處貝丘遺蹟，高達90%以上都屬於繩紋時代，能看出貝類是他們重要的食物之一。學者研究指出早在4千6百到3千9百年前，他們已經會以加熱方式打開貝殼、取出貝肉，並有專門加工貝類的場所。
考古發現繩紋時代已有早期農業，部分遺蹟出現炭化米或大麥粒的壓痕，另外也發現能調整水量的水田遺蹟。到了晚期時，水稻從長江下游經過東海，傳入到日本與朝鮮，北九州成為日本最早種植水稻的地區。
建築與社會
繩紋人住在竪穴式房屋中，他們會在室內設有爐竈。通常部落是以相同血緣關係的家族組成，部落當中有公共建築，能夠作為大型宴會場所或是公共議事場所。
此時的社會形態是母系的氏族社會，工作有明顯的男女分工，能從考古發現的人骨傷痕看出，男性出現外傷所致的骨折數量遠多於女性。社會的族人之間沒有明顯的階層分化現象，人們會穿著以獸皮與植物纖維製成的衣物，配戴木、土或貝類製成的飾品，會通過這些衣著或身體上的特殊標識區分身份地位，不過到了晚期開始出現明顯的階層分化。
拔牙習俗
根據考古學家的發現，繩紋文化有拔牙、研牙的習俗，可能是結婚、服喪、護身咒術，亦或是成年儀式的習俗。從遺骸發現的特殊研齒形狀，發現叉狀研齒有著特殊的意義，同一處遺蹟擁有這種牙齒的人骨不到2%，可能是巫師或身分特殊的人。
埋葬方式
當部落中的族人離世後，會將其安葬於氏族的共同墓地中。早期這些墓地位於聚落之外，到了前期以後則位在部落內中心廣場的周圍。他們主要安葬在貝丘中，或是將已逝者的遺骸放置於大型深缽形陶器中，在一些遺蹟中，能看見已逝者的的胸部放了一塊大石頭、頭部扣上了深甕，是對已逝者靈魂恐懼的表現。
