孫思邈之像。（圖片來源：公有領域/維基百科)
孫思邈駐世之時曾撰寫過大量的著作，如《千金方》三十卷、《福祿論》三十卷、《攝生真籙》、《枕中素書》、《會三教論》各一卷。另外，他還親自為《老子》和《莊子》作了註解。除此之外，他還顯示過不少神奇之事。
昆明池之龍獻仙方 孫思邈助其增池水
在唐朝開元年間，有人發現孫思邈隱居在終南山。在他隱居期間，人們獲知他與寺廟中的一個姓宣的戒律之師經常來往。因為宣律師常常與孫思邈來往，以向他參學和請益有關佛教宗旨等類的問題。
當時正逢大旱之時，有一個西域的僧人（當時人稱胡僧）向皇上請求在昆明池筑壇求雨，當時皇上便下詔讓下面去準備香燈。在這期間，池中之水一下子下降了好幾尺。
就在這時，有一個老人突然在夜裡來到宣律師那裡求救。他對宣律師說：「我是昆明池中之龍。現在雖然已經很久沒下雨了，不過原因並不是因為我。然而前幾天有一個胡僧竟然欺騙天子說為了求雨，要用我的腦子來做藥，因此我的命已經危在旦夕了，請和尚用法力救護我。」
宣律師當時就推辭說：「貧僧只是操守戒律罷了，你可以去求孫思邈老先生。」於是老人就來到了孫思邈那裡去求救。孫思邈對他說：「我知道昆明池龍宮裡有神仙藥方三十個，如果能讓我看一看，我就救你。」老人說：「這些藥方平時上帝是不准隨便外傳的，不過現在情況緊急，也就絲毫顧不得這些了！」
過了不多一會兒，老人就捧著藥方來了。孫思邈接過藥方後說：「你天明就回去，不用擔心胡僧。」從此池水忽然開始暴漲，沒過幾天就漫上岸來了。於是胡僧便又羞又怒而死。
後來有一個神仙從天而降，他對孫思邈說：「你所寫的《千金方》，其救濟世人之功效的確很大，不過用生命之物來做藥，殘害的生物也太多了，因而你只能成為一個屍解之神仙，卻不能做白日飛升之仙了。
另外過去有一位叫桓闓的真人也曾告訴過另一個在修行的醫學家陶弘景。他說事情的確是這樣，你本來就是知道此事的。
孫思邈聽了神仙之語後，便開始一律採用草木做藥而從不用虻蟲、水蛭等生物，這樣就不至於為了製藥而大量傷及這些生物之生命。孫思邈後來寫出了《千金方翼》三十篇，每一篇中附有一個《龍宮仙方》。後來這些仙方都在世上得以流傳。
向皇上求取雄黃 抄錄表章失蹤影
在安史之亂時，唐玄宗為避亂而向西來到蜀地之後，有一天晚上在夢中看到一個鬚髮皆白的老漢，穿著黃色衣服，再三在面前參拜，然後奏道：「我是孫思邈，在峨嵋山結廬居住多年了。現在聽說皇上的鑾駕來到成都，我所以等候在這裡拜謁。」
唐玄宗回答道：「我熟悉你的名字很久了，現在你不怕道路遙遠來到這裡，是否有什麼所求嗎？」孫思邈說：「我隱居在雲泉之間，喜歡吃金石之藥，聽說這個地方出雄黃，希望賜給我八十兩。如果能滿足我的要求，請派使者到峨嵋山來。」唐玄宗在夢中答應後，心大跳而醒了過來。
於是唐玄宗立即命令侍臣陳忠盛帶著八十兩雄黃，去峨嵋山賜給孫思邈。陳忠盛奉詔之後來到峨嵋山，在走到屏風嶺時，遇見一位容貌俊逸而古樸的老者，身穿黃色衣服立在嶺下。老者對陳忠盛說：「你莫非就是天子的使者嗎？我就是孫思邈。」
陳忠盛說：「皇上讓我把雄黃賜給你。」那老者躬身接受，然後說：「我承蒙天子賜給我雄黃，現在有表章致謝，但這裡是山野之居，沒有筆墨，請您執筆轉抄送進宮中。」陳忠盛立即讓官吏拿來筆墨。
老者指著一塊石頭說：「表章在那塊石頭上，您可以將其抄錄下來。」陳忠盛看到那塊石頭上果然有一百多個紅字，細看之下確實是表章。於是就把那些字抄錄了下來。等到寫完之後，回過頭來再看老者和石頭，竟然全都不見了。
於是陳忠盛回去後將這件事詳細地奏明唐玄宗。唐玄宗向陳忠盛詢問老者的相貌，結果與夢中他所看到的那個老者果然一樣，因此不禁感到非常驚奇。在此以後，孫思邈在山中有時隱沒，有時顯現。
處士遊客度有緣 童子喝湯後飛升
到了咸通末年，山下的一戶人家有一個十幾歲的男孩，他由於不吃葷血而被父母認為他喜歡善行，就讓他到白水僧院做了一個童子。有一天忽然有一位自稱孫處士的遊客在院中游了一週之後，從袖中取出一包湯藥碎末交給童子說：「為我像烹茶那樣煎好。」煎好之後，處士飲了一些，將剩下的湯汁讓童子喝。
童子喝了覺得湯汁的味道極美，希望再給他一碗。
孫處士說：「這藥就是專為你而帶來的！」於是就把方寸大的一匙藥沫再讓他煎著吃。童子便走進僧院向同伴們說了這件事。然後再出門一看，那個孫處士已經離去了。而童子突然也乘空飛了起來。眾人正在驚異，一看那煎藥的鍋子已經變成金的了。
在那以後也時常有人在山中見到孫思邈。
