孫中山最終選擇南京為首都。圖為南京的國民政府總統府。（網絡圖片）
開國定都，一向是中國歷朝歷代的傳統。大凡開國定都總要考慮當地的地理形勢和交通方便與否等因素。西漢定都長安，因為關中號稱天下膏壤，地勢險要，挾制東方郡縣好像按著別人的脊背。東漢定都的洛陽雖然不如長安，這是因為長安經西漢末年兵燹，殘破不堪。何況洛陽卻也是有山有水的好風光，亦算有險可憑，況且歷來就是古都。東晉的京都南京，號稱石頭城，虎踞龍盤，扼江而擋北方，自然是風水寳地。北宋的京都汴梁雖地處中原，但無險可守，金兵南下，一舉就把北宋滅亡了。明朝開國時定都南京，但是，後來明成祖朱棣遷都北京，目的是為了對抗蒙古的兵馬，不得不如此。
說起來，首都是一國的政治、經濟和文化的中心，中央政府的所在地。從中國的歷史看，歷朝歷代關於都城的選擇，多是人口密集、經濟發達、位置適中、交通便捷，而且地勢險要之地。統治者對都城的選擇均十分慎重，主要是從有利於鞏固統治和經濟發展的角度去考慮。孫中山要創建中華民國自然也必然有定都何地的選擇。但是，他開始選擇的並不是南京。
據有關資料記載，早在1887年，孫中山就對中國首都的選擇有過縝密的考慮，他曾主張「一都四京」，一都即武漢，四京即西京重慶、東京江寧、南京廣州、北京順天。可見，孫中山關於首都的第一選擇，應是武昌。
1902年，孫中山在與章太炎的一次談話中強調說，「金陵猶不可宅。」意思就是說，南京不可做一個國家的首都。他認為，武昌揚靈於大江，東趨寳山，四日而極，足以轉輸矣……北望襄樊以鎮撫河雄，鐵道既布，而行理及於長城，其斥侯至窮朔者，金陵之絀，武昌之贏也。除此，他還曾說過，「謀本部則武昌，謀藩服則西安，謀大洲則伊犁……」孫中山和章太炎首先考慮的定都武昌，其理由是關中、洛陽等地自然環境已經不如古代，而武昌揚靈於大江，東可控江浙，北望襄樊振撫河洛，靠著鐵路交通，而北達長城，南理兩粵，這是石頭城的南京所達不到的。他們還認為當年太平天國洪秀全建都南京，偏安一隅難以制遠，實為失策，也是滅亡的一大原因。由此不難看出，孫中山說來說去，最中意的首都是武昌。
1911年10月10日，武昌起義爆發，各省紛紛響應，建立一個統一的臨時政府已是迫在眉睫。由於武昌地處中原腹地，乃九省通衢，是辛亥革命諸次起義中第一個在省會城市取得成功的地方，況且又是孫中山的一貫主張，並得到章太炎的支持。因此，將首都設在武昌也是順理成章的事，多數省份都主張將中華民國臨時政府的首都設在武昌。
11月7日，湖北都督府通電全國，呈請己脫離清王朝的省份派出全權代表赴武昌設立臨時政府。然而，其時清朝大軍屯兵江北，虎視江南，漢陽已經失守，武昌極度吃緊，湖北軍事形勢極為嚴峻。而當時革命黨人的政治基礎在東南沿海，江浙革命黨人就主張將新國家的政治中心放在上海。為此，江蘇都督程德全、浙江都督湯壽潛聯名致電滬軍都督陳其美，提議在上海設立「臨時會議總機關」。
但是，就在此時，傳來了江浙聯軍於12月2日攻克東南重鎮南京的消息。於是，各省代表精神為之一振，兩日後在武昌立即開會作出決定，將臨時政府設在南京，同時決定各省代表會議也遷至南京召開。
12月12日，各省代表會議在南京召開，籌組中華民國中央臨時政府。在以同盟會委員為主的參議院「國都」問題時，又出現了南京與北京之爭，主張建都北京的竟有20人之多，而主張建都南京的只有8人。
12月25日孫中山從國外回來時，看到如此新形勢，就放棄了將首都設在武昌的考慮，反而支持定都南京的主張。在參議院多數人投票反對定都南京之後，經孫中山、黃興等人一再堅持和勸說，參議院復議時才確定在南京建都。
