孫中山最初訪問日本是在1895年，此後十多次訪問日本，在日本居留時間長達10年左右，日本在孫中山的革命生涯中佔有重要位置。
位於東京文京區的白山神社，以八仙花著稱，在神社入口處靠近大殿的一角，靜靜地佇立著一座石碑，這就是「孫文先生坐石碑」。這塊石碑和其下的坐石也是孫中山與宮崎滔天（1871−1922）友誼的見證。
根據碑文記載，宮崎滔天的兒子宮崎龍介回憶，1910年5月中旬的一個夜晚，孫中山和宮崎滔天一起在白山神社內，坐在這塊石頭身上談論中國的未來和治國方略，闡述了自己的抱負，正在這時，一顆絢爛的「流星」劃過夜空，看到這顆流星，孫中山發誓要在祖國發動革命。這顆「流星」據說就是著名的哈雷彗星。石頭的長度和形狀，正好夠兩個人落座。看著這塊石頭，眼前彷彿出現了中山先生執著求索革命道路的身影。
1897年7月，孫中山在橫濱與宮崎滔天首次相會，當初，因語言不通，兩人是通過漢文筆談的，現在，筆談的記錄還保留在宮崎滔天的孫女宮崎蕗苳手中。宮崎滔天在1902年出版的《三十三年的夢》一書中記道：「他思想高尚，見識卓群，抱負遠大，感情真摯，我就是在這個時候傾心於他的。」
根據《宮崎滔天全集》記載，當時孫中山在距離白山神社很近的宮崎滔天家中寄宿，為了傳遞這個歷史事實和孫中山與白山神社的緣分，白山神社和神社信眾等一起捐款，在1983年6月1日建立了紀念碑。
在與日本的關係中，最值得大書特書的是孫中山領導的中國同盟會是在東京設立的。1905年7月，在宮崎滔天斡旋下，孫中山與華興會的黃興在位於現東京都新宿區神樂阪的一家名為「鳳樂園」的中餐館舉行了會談，協商了建立統一革命團體的問題。當年8月20日，中國同盟會成立大會在赤阪的阪本金彌議員宅邸舉行，孫中山當選總理。據說，同盟會的綱領，即著名的「驅除韃虜、恢復中華、創立民國、平均地權」中凡人「平均地權」主張受到了宮崎滔天的哥哥宮崎民藏的影響，在三民主義的民生主義中，平均地權也是重要內容。
1962年，大倉財閥第二代的大倉喜七郎在同盟會誕生地建立了大倉飯店，如今，大倉飯店是與帝國飯店、新大谷飯店並列的東京三大飯店之一。
宮崎滔天是熊本縣荒尾市人，結識孫中山後，他邀請孫中山到自己位於荒尾市的家中居住了兩週。如今，宮崎滔天的故居保存完好，並從今年10月1日起舉行一系列紀念活動。現在，宮崎滔天故居內還展示著孫中山書寫的匾額「博愛仁行」。
