今年是清華大學建校100週年的大慶。在百年大慶的時候，是否應該問一問，什麼是清華大學的靈魂？
北京《中國週刊》主編朱學東認為，獨立自由的探索精神應該是一所不朽大學的靈魂，它不應因社會變遷和政權更替而改變。筆者贊同這個觀點並認為，馬寅初，梁思成和黃萬裡是清華大學院獨立自由探索精神的代表。
另一種觀點認為：「愛國奉獻、追求卓越」是清華大學的靈魂，更有人把它簡化為「精忠報黨」。百年大慶，官方推出了水利系的張光斗作為當今清華大學的代表，其生日也成為百年校慶的最主要內容。校慶期間，清華校友追思黃萬里的集會，因遭受壓力被迫取消。章立凡寫道：「百年清華園，不再有梁啟超、王國維、陳寅恪、趙元任，不再有梅貽琦，不再有黃萬里，不再有「獨立之精神，自由之思想」，只剩下標準件製造和「工程師治國」。特此致哀。」
黃萬里和張光鬥，兩個早年從美國留學歸來的學子，一個博士，一個雙碩士；一個右派份子，一個優秀黨員；一個永持批判態度，一個常寫思想匯報；一個挺著胸脯說話，一個夾著尾巴做人；一個布衣教師，一個兩院院士。雖然兩人同在清華大學水利系同事幾十年，卻代表了兩個截然不同的清華大學靈魂。
2011年4月15日在陸欽侃先生的遺體告別上有這麼一副對聯：
人云無法亦云三峽關乎民生子丑寅卯是非有賴我公砥中流
敢做未必敢當國事居然兒戲張錢鄧李功罪無需他人付信史
張錢鄧李，第一個張是張光鬥。「敢做未必敢當」一語，可謂擊中要害。張光斗被官方譽為是中國水利泰鬥。中華人民共和國幾代領導人都特別喜歡治水，都把張光斗作為其水利政策的顧問。表面上是對張光斗言聽計從，實際上是政治家把他們想幹的事，通過張光斗的嘴說出來，傳播出去。張光斗所缺乏的正是獨立自由的探索精神。張光斗一生參與或主持設計的有黃河三門峽大壩工程，密雲水庫大壩工程和長江三峽大壩工程等。但是在百年校慶的《清華大學隆重慶祝張光斗先生奉獻祖國水利水電事業七十週年》消息報導中，只提密雲水庫工程，卻不提黃河三門峽工程，也不提長江三峽大壩工程。黃河三門峽工程的失敗是不爭的事實，儘管張光斗說，當年他和錢正英都是反對黃河三門峽工程，但是現存資料不能證明這個說法。那麼為什麼不提長江三峽大壩工程？難道三峽工程也是張光斗的走麥城？
建設三峽工程的最主要目的是防洪
建設三峽工程的最主要目的是防洪，依靠的是水庫的防洪庫容。官方公布的三峽水庫防洪庫容是221億立方，這是誇大的防洪庫容，是技算錯誤的結果。這個錯誤張光斗早已知道。他寫信告訴中央領導：「三峽大壩的防洪能力比我們對外宣稱的要低，清華大學曾做過一份調查研究，政協副主席錢正英看過後曾以此質疑長江資源委員會，該委員會承認清華大學的這份報告沒錯。但是，我們只能以降低蓄洪量到一百三十五公尺來解決這個問題，即使這會影響長江江面的正常航行。」
最後，政治家拒絕張光斗降低水位的建議，張也不敢據理力爭。張光斗的這種行為於國於民於清華大學有百害而無一利。
三峽工程可行性論證環境組的結論是，三峽工程對生態環境的影響是弊大於利。但是到審批時結論被改為利大於弊，對此張光斗一言不發。當世界最大的水電工程截流之後，張光斗又給中央領導寫信，表示他對三峽庫區水污染問題十分擔憂，建議投資三千億元處理水污染問題。三峽庫區水污染問題的最根本原因是建壩之後流速變緩，河流自淨能力減弱。三峽工程總造價兩千億元，處理工程帶來的水污染問題投資三千億元，弊大利小，一清二楚。張光斗的這種「愛國奉獻、追求卓越」精神，於國於民於清華大學有百害而無一利。
黃萬里則是在沒有一分科研經費的條件下，完成對三峽工程工程的多項研究。他多次上書中央，明確指出，以中國的自然地理和（礫石泥沙運行的）自然規律，一個尊重科學民主的政府根本不許可建造三峽筑高壩這樣的工程。他預警了蓄水後卵石淤塞重慶、四川水患、浩大的工程開銷和必將釀成禍患的移民安置。就在他生命的最後一刻，在清華大學醫院的普通病房中，他仍然關心的是長江防洪，指出要加固長江堤防。
目前中國流傳一個說法，黃萬里在黃河三門峽工程上的觀點是正確的，但是在長江三峽工程上的觀點卻是錯誤的，理由是三峽水庫淤積問題並不如黃萬里預測的那麼嚴重。
其實，三峽工程至今尚未找到解決礫卵石和泥沙淤積的辦法，所謂的「排渾蓄清」措施已經被水庫運行的實踐證明是不可行的。採用「排渾蓄清」，三峽水庫在枯水期不可能蓄水至海拔175米。目前採取的補救辦法就是在三峽水庫上游建造大量的水庫大壩，阻攔進入三峽水庫的礫卵石和泥沙。這不是解決了礫卵石和泥沙淤積問題，而是把問題向後推移，推給子孫後代。
自2003年三峽水庫135米蓄水以來至2010年9月，金沙江和嘉陵江進入三峽水庫的泥沙約為15.7億噸，加上三峽庫區入庫泥沙約7.2億噸（絕對不能忽略不計），共計23.2億噸，出庫泥沙約為4.1億噸，水庫淤積泥沙約19.1億噸，水庫排沙為17.7%。累積淤積泥沙量已經超過黃河三門峽水庫！2010年重慶港因淤積已經出現礙航現象。
目前，重慶港現在已經開始下移到重慶寸灘，未來將下移到萬州。當年黃萬里先生預測的重慶港被淤，雖然由於上游建庫攔截礫石泥沙而有所推遲，但是卻是不可更改的發展事實。因此，關於張光斗的報導中，不提他主持長江三峽大壩工程初步設計，也算是有先見之明。
什麼是清華大學的靈魂？這個問題關係到清華大學的未來發展。如果清華大學把目標定在2020年達到世界一流大學水平，並在2050年躋身世界一流大學前列，那麼非提倡馬寅初，梁思成和黃萬里所代表的獨立自由的探索精神不可；如果清華大學滿足於為中國提供了最多的領導人和院士這樣的成績，那麼大力宣傳張光斗的「愛國奉獻、追求卓越」，正是最容易的途徑。
