有害的不是微波，是溫度
師大化學系教授吳家誠指出，微波是一種電磁波，能量比一般可見光還要低，甚至低於紅外線。
而要發生如食物變質等化學反應，需要比可見光還要高的能量。就這層次來說，微波是很安全的。
輔大食品科學系教授陳炳輝解釋，傳統的加熱，熱的傳導是由外到內，但微波釋放的能量直接穿透食物內部，讓食物內的水分或有極性的分子震動，摩擦生熱。因為是直接穿透，因此加熱的時間短。臺安醫院營養師陳曉蒨指出，微波加熱的時間短，營養素流失的比例反而相對少。
吳家誠指出，微波造成的不安全，如食物變質或者容器釋出毒素等，不是因為「微波」本身，而是微波後的「溫度」。這樣的危險，在用電或用火加熱，也可能存在。
例如，過度的加熱或高溫會傷害食物營養素。陳曉蒨舉例，一般認為長時間加熱蛋白質會產生致癌物質，但那是在「過度加熱」的情況下，如果微波時間固定，且按照建議與指示加熱，是沒有問題的。
而不同材質的容器也有不同的耐熱度；舉例來說，塑膠就分成好幾類，能承受的溫度也不同。
安全而營養的食用微波食物
要安全健康地食用微波食品，專家們建議：
1 將微波拿來溫熱食物，不要拿來烹煮食物
吳家誠指出，食物裡材料種類多，依據水分含量、極性高低、脂肪多寡等，加熱容易的程度不同。而煮食物通常要花的微波時間長，容易造成食物中某些部分過熱，營養價值流失。
2 正確使用容器與包材
不同的材質會對微波起不同的作用，也可能帶來不同的危險性。
3 注意熱量與攝取均衡
在安全性之外，陳曉蒨提醒，許多常吃微波食品的人都是外食族，要特別注意營養素和熱量的均衡，例如吃一份冷凍義大利面時，可以多加一份生菜沙拉。
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