從共產黨員到經濟學家
取得古巴政權後，卡斯特羅莊嚴宣告，他和他的人民要為這個嶄新的國家，創辦一所同樣嶄新的銀行，所急需的，是一個 「好的經濟學家」。卡斯特羅想知道，他的同志中，是否就有他需要的人。
又是格瓦拉，他總是習慣第一個舉手。讓人難以置信，連卡斯特羅也詫異道：「切，我不知道你還是一個好的經濟學家！」 格瓦拉笑了：「對不起，我聽錯了，我以為你說你要的，是一個好的共產黨員！」
這不知是事實還是傳說。總之1959年11月，格瓦拉被任命為國家銀行行長。這個昔日的醫生、革命者在一瞬間成為了國家核心管理層中的一員。他還先後當上了工業部長、中央計畫委員會委員、經濟委員會委員等，成為一個國家經濟的掌舵人。
勝利後從戰士成為國家管理者，這是許多革命者都必須經歷的角色轉換。但輪到格瓦拉身上，他雖然雄心勃勃，但其執政業績卻遭致不少非議。
格瓦拉有革命的激情，但卻未必有恰當管理國家經濟的能力，所有的經濟事務在他看來，似乎都能通過革命激情來彌補。作為國家銀行行長，他卻主張廢除貨幣建立 「不用錢的文明」。從事建設時，他反對「物質動力」，主張消滅個人主義，要求用勞動競賽來驅動工作。他固然可以身先士卒，但可惜不能要求別人也同他有一樣的覺悟。人民歸根到底，所要求的還是吃飯穿衣。
1959年在古巴市場上有5.1億比索在流通，而次年，流通比索的總量就達到了10億，幾個月後更是飆升到11.8 億，而此時還有約4.7億面值的比索即將投放。
格瓦拉還曾動員古巴人參加義務勞動。修建學校，碼頭搬貨，去農場種地，工廠做工。記者的膠片一次次地記錄下格瓦拉在田間勞動的場景，並被當作一種革命宣傳而四處散發。但好景不長，隨著人們熱情的退卻，勞動不再義務。到1964年，格瓦拉所宣傳的這種義務勞動已然名存實亡。
古巴是一個缺乏資源的國度，長久以來的經濟命脈都是糖業。但在格瓦拉統領古巴經濟期間，他似乎完全忽略掉了這一古巴經濟的先天缺陷，一味強調勞動積極性，強調革命理想。他治理經濟的理念就是一種完全超脫物質層面，講求精英效應的方式，格瓦拉不止一次地談到過他的「新人」理論，但這種新人理論超過當時古巴民眾甚遠，注定無法企及。
在格瓦拉成為工業部長以後，他更是將自己的革命經濟理念發揮到極致。格瓦拉從不討論如何進行「物質刺激」，只是一味強調 「精神鼓勵」的重要。他說：「社會應該成為一個巨大的學校」，在經歷過社會的「直接教育」以後，人就完全擺脫自身的「異化」得到「全面發展」從而達到「共產主義」的境界。
格瓦拉還在古巴推行工業體化過程，要求各種門類的工業體系都要健全，他理想中的工業古巴將能製造大型船舶、機械，還能利用榨糖的廢渣造紙，為工業提供原料。格瓦拉完全忽視了古巴沒有礦產，原油需要進口，沒有專業人才等一系列事實。他認為只要依靠蘇聯，這個他所認為的「 全世界最好的國家」，這一切就都不是問題了。但蘇聯給予古巴的許諾，在導彈危機後也變得飄渺虛無。
1962年，在格瓦拉擔任工業部長一年後，古巴經濟開始滑坡，蔗糖產量甚至低於50年代中期500萬噸的最低數。大米、玉米產量也大幅下滑，導致卡斯特羅不得不在3月12日宣布，從 1962年3月19日起實行食品配給制。
1964年，針對前兩年甘蔗歉收的情況，格瓦拉定出1964年的蔗糖產量應達到 550萬噸，1965年應是700萬噸，更提出在1970年將要達到1000萬噸。工業化道路的失敗，只能讓古巴選擇單一蔗糖經濟，但結果只是古巴由美國的「糖罐」變成了蘇聯的「糖罐」。
格瓦拉未必需要對所有的這些狀況負責，但從破壞者到建設者，他和他的同事們，的確有很多東西需要學習。
「完美的人」？
1965年3月，切在埃及開羅和《大金字塔日報》一個記者觀賞夜景，一個煙花女子向他暗送秋波。他不顧記者勸阻將這個女子帶進了下榻的酒店，還讓警衛再送幾個姑娘來。
格瓦拉說：「從來沒有人規定一個男人必須一輩子和一個女人過日子。不要偏袒婦女，並且認為男人是罪魁禍首，這本身就是瞧不起女人。馬克思主義不是清教主義。」看到未婚妻奇奇娜給他的斷交信，他說：「我相信她是愛我的，我應當用思想去征服她。她是我的，我曾經跟她睡過覺！」
這些或許僅僅屬於私德，那種放浪不羈甚至可能讓浪漫青年們著迷。但格瓦拉身上的另一些東西，或許不僅僅關乎他個人。
Fontova的書中一份文件記錄了1961年４月，哈瓦德.安德森被處死時，體內的血液被抽乾。從古巴逃出的奎斯塔博士和其他一些在南佛羅里達的古巴流亡者也證明了在被處死前，受害者的血液被抽出。這些人並非遭受了什麼酷刑，而是被格瓦拉授意，將他們的血賣到了越南。受害人的血液被抽出後就存在血液銀行中，然後再運到亞洲。一些受害者因體力不支被抬上刑場，還有一些身體不好的受害者在抽血過程中就死去。
格瓦拉的賣血運動從1961年他擔任工業部長就已開始， 這種行為對格瓦拉來說似乎是革命的另一種方式。1967年4月7日，美國人權委員會對這一行為發布了一份詳細報告。但在此之前，這一賣血計畫沒有引起主流媒體和一般學者的任何注意。
1965年，反革命行動在古巴放慢了。肯尼迪與赫魯曉夫的交易使反卡斯特羅抵抗組織沉寂下來，於是卡斯特羅政權將反革命罪行稍微放寬，變為「反社會分子 」，而如「行為不軌者」、「有違法傾向者」和「流浪者、無業遊民」則是由格瓦拉提出，尤其長頭髮的青年更是其打擊目標。不僅如此，欣賞西方音樂、穿緊身褲、公開的基督教信仰等都會被視作違反了革命道德。關押這些違規人員的勞動營被稱作 「幫助生產的軍事單位」。而此時的格瓦拉則絲毫沒有掩飾自己對高尚生活的喜好，帶名牌手錶，打高爾夫，更在一年後迷戀上了「甲殼蟲」樂隊。
格瓦拉對待自己和對待別人似乎永遠都是雙重標準，而他也似乎是一個矛盾的人。1959年1月4日，在《紐約時報》對格瓦拉的訪談中，格瓦拉就說：「我從來不曾是一個共產主義者。被稱為共產主義者給我帶來巨大的痛苦。」
與此相似，在格瓦拉任古巴工業經濟要職期間，其緊縮政策使很多古巴藝術珍品遊蕩海外市場。其中一部分是流亡國外古巴人的財產，這些藝術品被古巴政府沒收，又私下賣給了歐美的私人收藏者和部分博物館。其中的絕大多數流落到了美國。對反美的堅定鬥士格瓦拉而言，這確為一個悖論。這些藝術品的原主人幾乎不可能收回自己的財產。對於他的行為，格瓦拉在1960年3月23日，作為國家銀行行長的演講中說：「為了征服某些東西，我們不得不從某些人手中拿走它。」而他們所拿走的，從美國商人手中換來了20億美金。
這些光環後的事實，很難和人們想像中的格瓦拉連接起來，人們想像中的格瓦拉是一個聖哲式的人物，但現實中的他，卻帶有對血的嗜好。真實的格瓦拉和那個符號化的他之間有一條不可跨越的鴻溝，但真實的格瓦拉，才是一個立體的人。
病人格瓦拉
很多人為格瓦拉的死亡迷醉，那聖人般的最後一瞥，讓他迅速成為60年代青年人的偶像。但是，恐怕很少有人知道，其實，死亡，正是格瓦拉的獨特嗜好。
「他的做法就是在最危險的境地裡，用最冒險的方法解決問題……」，古巴領導人卡斯特羅這樣評價他的老搭檔。如果缺少格瓦拉自己寫下的日記，我們現在就很難看到一個走下神壇的格瓦拉。
1967年4月，在和別人談論作戰經驗的時候，格瓦拉將他的經驗總結為：「仇恨是鬥爭的一個要素，對敵人刻骨的仇恨能夠讓一個人超越他的生理極限，成為一個有效率的，暴力的，有選擇性的，冷血的殺戮機器。」 格瓦拉在他的早期著述中也體現了這一思想。在他的《摩托日記》中有這樣一段文字：「我覺得我的鼻孔在不停的擴張，因為它聞到了火藥的強烈味道和敵人的身體散發出的血腥味。」
在其他時候，這個年輕的革命者更是分不清普通的死亡和殉難之間的輕重。1954年格瓦拉在瓜地馬拉寫了一封信給母親，當時，他們親眼看到革命政府被推翻。格瓦拉在信中敘述：「這真是太有趣了，我看到炸彈，然後是一場場的演講。這裡有太多好玩的事為我平淡的生活帶來了樂子……」
人們發現一張格瓦拉在1957年寫下的工作部署，這時的格瓦拉和卡斯特羅正從墨西哥轉移到古巴。格瓦拉寫到：「這裡是古巴叢林，我們生龍活虎地戰鬥著，我們渴望的是敵人的鮮血。格瓦拉認為對敵人絕不能手軟，一定要用酷刑。」
1957年格瓦拉槍殺了一個游擊隊員歐蒂米奧，因為他懷疑歐蒂米奧向敵人透露信息。「我用32口徑的手槍解決了這個麻煩，就站在他腦袋的右邊……現在，他的一切都是我的了。」殺完人後，格瓦拉如是說。
然後，他又把槍對準一個鄉下人，只因為他為歐蒂米奧求情。在完成這一切後，他在寄給父親的信中寫道：「我得承認，爸爸，在那一刻，我發現我真的喜歡殺戮。」
格瓦拉還非常殘酷地對待那些不是敵人的敵人，當一個17歲的童軍被押到格瓦拉面前時，格瓦拉沒有絲毫猶豫地槍殺了他，美國裔古巴作家Fontova在《探尋真實的格瓦拉》一書中敘述了這件事：儘管這個孩子一再求饒，述說自己是一個寡婦的獨子，手上從未沾染過鮮血，參加巴蒂斯塔的軍隊也只是為了那份餉金，好每個月寄給自己的母親。
一些新的著作披露，在反對巴蒂斯塔的戰鬥勝利後，格瓦拉的部隊開進哈瓦那，他策劃處死以及放縱私刑致死的人就有12 個。這些人中包括證據確鑿的敵人，嫌疑人，以及一些不該在錯誤時間在那個地方出現的無辜的人。
格瓦拉在1959年最初的幾個月的大屠殺有的與復仇和正義都沒有關係，而是理性而冷血的行為。這似乎是他對保護革命成果的一種認識——為了防範復辟。他看到過瓜地馬拉總統阿本斯被推翻，他認為阿本斯的錯誤在於沒有及時處死他潛在的敵人。
在巴蒂斯塔政權垮臺後，卡斯特羅讓格瓦拉掌管卡瓦尼亞堡監獄。格瓦拉命令他的手下給所有的人定罪，「要用革命的手段毫不留情地鏟除敵人。」
Fontova還得到了當時卡瓦尼亞堡監獄牧師沙勿略的證詞。沙勿略作為當時安撫這些死囚的牧師，這樣描述當時的狀況：「那裡大概有800個死囚，他們擠在只能容下300個人的房間裡。這些人是前巴蒂斯塔政府的憲兵和警察，也有的人是記者，以及少部分的商人……切.格瓦拉負責上訴法庭的工作，但是，他從來都是維持原判——死刑。」「我在 5月就離開了，就我看到的而言，他們處死了55個人……我們稱他為屠夫，因為他喜歡殺人……」
1959年年初，一位名叫斯臺芬的羅馬尼亞記者有幸拜見格瓦拉，會見的地點即在卡瓦尼亞堡監獄的格瓦拉辦公室裡。斯臺芬準時到達，正好聽見格瓦拉向他的執刑隊下達命令「Fuego」，一個人抽搐著倒下。這位受到刺激的記者立刻離開，並為此寫下一首詩歌，題目是：《我不再歌唱切》。據記載，在這次屠殺中，共有600多人喪生。
兩個研究格瓦拉文稿的研究員發現了一份前革命軍指揮官吉米.科斯塔的證詞。他說很多死刑的命令都是格瓦拉的意思。格瓦拉一直堅持 「如果有疑點，幹掉他」。甚至在勝利前夕，格瓦拉還命令他的縱隊在古巴中部處死了24個嫌疑人。
1959年9月，格瓦拉便不再在卡瓦尼亞堡監獄任職，但他所建立的審判系統卻一直在有效地運行。1961年4月17 日，一位名叫阿米莉婭的女青年被當作反革命者處死。聖誕前夜，一名身懷六甲的婦女被處死。據記錄共有219名婦女經過審判被處死，其餘被處死的婦女則未經審判。在這些被處死的人中還有兩名修女。
格瓦拉是檢察院的首腦，但很多死刑卻未經審判。一名叫帕德羅的古巴軍隊上尉被法庭裁決為無罪，最終還是在格瓦拉的要求下被執行死刑。格瓦拉的一個親信，檢察官費納多這樣解釋這一行為，他說：「我們把死刑作為社會預防的一種手段。」
《探尋真實的格瓦拉》引用的資料認為，1961年，殺戳也不僅僅限於卡瓦尼亞堡監獄以及數十個與之相似的官方死刑場。軍隊、警察在街頭搜索著他們的目標。在6400萬古巴人中，有30萬人被投入監獄。不過，書中未註明上述數據的來源。
1962年，格瓦拉發表名為「一個年輕社會主義者應該是怎樣的」的演講，他說：「一個年輕人一生中最快樂的日子就是當他把子彈射向敵人的時候……」
