一通中國農業部下屬的一個轉基因安全審定機構2009年11月底給兩種轉基因水稻和一種轉基因玉米頒發了生產安全證書。2010年年初，中共中央頒發1號文件，強調要加速轉基因技術在中國農業領域的應用。這兩個事件在中國城市社會中引發了越來越強烈的質疑，而國際生態環境保護組織也在這場討論中開始扮演重要角色。
綠色和平組織中國組於2009年年底農業部下屬機構頒發生產安全證書之後不久，就利用網際網路提出了自己的質疑。綠色和平組織中國組農業問題專家方立峰先生指出：
「到底是由誰來替十三億的中國老百姓做這樣一個決策？說這些轉基因水稻和玉米是可以商業化種植的，是足夠安全的。因為在國際範圍內有對於轉基因生物監管的一個條約。這裡面其實明確地提到在轉基因生物商業化審批決策的過程中，應該有消費者和公眾參與的。而且最終應該把決策結果告知公眾。此次事件我們可以發現，在中國現在無論是公眾的參與權還是知情權，在轉基因安全審批的這個事件上，是沒有得到完全的體現的。"
方立峰先生還特別緻信中國農業部，要求公布審批頒發證書機構的人員身份和構成。但據中國官方媒體稱：迄今為止中國農業部對此沒有做出答覆。只是由幾個據稱參與了審批的農業科學家在官方人民網上，和網友展開討論，宣傳轉基因糧食的產量高，抗病蟲害能力強，有利於解決中國糧食安全問題。對此，世界反全球化組織阿塔克（ATTAC）德國分部生物技術專家猶塔-松德曼女士（Jutta Sundermann）提出強烈質疑：
" 現在有一系列證據顯示，即便是短期內提高產量，也無法持久。印度很多種植棉花的農民發現，種植美國孟山都公司的轉基因棉花，雖然可以防禦某一種棉花害蟲的攻擊，但和正常棉花自然品種相比，卻出現了容易遭到另外一種棉花病害威脅的問題。在歐洲範圍內，我們也知道比方說轉基因玉米，就其產量而言，遠遠不像國際生物育種大公司印製的精緻說明書上吹噓的那樣驚人。"
據參與目前社會討論的中國國務院發展研究中心研究員程國強介紹，中國江蘇省也曾遇到過松德曼女士提出的轉基因棉花的問題。在綠色和平中國組方立峰先生看來，目前中國即將遇到的問題要嚴重得多：
" 轉基因水稻是要進入食物鏈的，水稻是中國人民的主糧。我們可以從食品安全性這一塊考慮，轉基因食品的安全性就其長期性來說，一直都有爭論，雙方都沒有拿出足夠的證據說轉基因食品是安全的。比方說拿轉基因的玉米來餵養小白鼠，對小白鼠的免疫系統，肝臟，腎啊，都是有一定的不同程度的影響的。那我們就擔心人吃了以後會不會同樣會有一些風險。"
目前活躍於中國網際網路上的中國馬克思主義左派，已經把食品安全風險和國家安全聯繫起來，提出一旦中國主要糧食作物被美國的孟山都，德國的拜爾這樣的國際生物技術公司提供的技術所掌握，勢必會造成對中國國家的巨大傷害。歐洲同屬左派的反全球化阿塔克組織雖然不強調轉基因糧食會對整個人類造成損害，但這個組織在德國分部的生物問題專家松德曼女士（Sundermann）卻提出了專利費對一個國家的影響：
" 遺傳生物技術傳播主要依靠這種技術專利的所有者，向儘可能多的人傳播自己的育種技術，與此同時他對於這樣的育種技術專利，又擁有絕對的受益權。美國很多稻農現在就已經吃盡苦頭，因為向他們提供種子的孟山都公司建立了舉報熱線，鄰里之間誰發現別人哪怕和使用孟山都種子技術有關，都可以舉報，以此來保護孟山都作為專利唯一的獲益人的權利。"
截至到發稿，來自不同消息來源的信息證實：目前在中國獲頒安全證書的三種轉基因技術裡，至少有8到12項是來自國外的專利。因此，反對在中國推行轉基因糧食商業化的人也在紛紛議論，一旦中國人自己食用的主糧，其價格要受國外專利費的影響，會有什麼後果。方立峰先生對此提出：目前事態還只是在頒發安全證書這樣的專業論證階段：
"這個離整個商業化，還是有一段距離的。這三個品種，還需要品種審定，同樣還需要經過部級的聯席會議，來最終審定這三種轉基因作物是否進行商業化的種植。"
